More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1437 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
374 aa  749    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.52 
 
 
374 aa  525  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  57.87 
 
 
372 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  55.2 
 
 
372 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.6 
 
 
372 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.6 
 
 
372 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  53.6 
 
 
372 aa  390  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.39 
 
 
373 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.53 
 
 
372 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.8 
 
 
372 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.53 
 
 
372 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.13 
 
 
372 aa  384  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  53.46 
 
 
373 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  51.73 
 
 
397 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.93 
 
 
372 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  53.19 
 
 
370 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.46 
 
 
373 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  52 
 
 
397 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  52 
 
 
385 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.2 
 
 
372 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.13 
 
 
373 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.13 
 
 
373 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.4 
 
 
372 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  52.27 
 
 
371 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  52.39 
 
 
373 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  52.13 
 
 
371 aa  371  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  49.6 
 
 
372 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  49.33 
 
 
372 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  49.07 
 
 
372 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  51.6 
 
 
373 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  49.6 
 
 
412 aa  363  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  49.73 
 
 
372 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  49.6 
 
 
372 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  49.87 
 
 
372 aa  362  7.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  48.27 
 
 
372 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  49.33 
 
 
372 aa  359  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.73 
 
 
372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.47 
 
 
373 aa  350  3e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 
375 aa  349  5e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  49.87 
 
 
372 aa  346  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  45.53 
 
 
373 aa  319  5e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  37.8 
 
 
365 aa  259  6e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  36.14 
 
 
375 aa  251  2e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 
369 aa  249  5e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 
366 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 
372 aa  243  5e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.16 
 
 
366 aa  243  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 
366 aa  242  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.16 
 
 
366 aa  242  7e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  38.16 
 
 
366 aa  242  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.37 
 
 
366 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 
366 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.95 
 
 
372 aa  240  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.89 
 
 
366 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  37.89 
 
 
366 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.11 
 
 
366 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.11 
 
 
366 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.11 
 
 
366 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 
372 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.11 
 
 
366 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.4 
 
 
366 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.58 
 
 
366 aa  237  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.32 
 
 
366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.58 
 
 
366 aa  233  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.24 
 
 
372 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 
365 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  35.2 
 
 
366 aa  228  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 
372 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
366 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  36 
 
 
366 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.08 
 
 
376 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.37 
 
 
366 aa  226  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.17 
 
 
366 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  36.97 
 
 
366 aa  224  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.04 
 
 
373 aa  223  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.31 
 
 
367 aa  222  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  34.21 
 
 
372 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  35.64 
 
 
366 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  35.64 
 
 
366 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 
366 aa  220  3e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.91 
 
 
367 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.04 
 
 
373 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  35.64 
 
 
366 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.84 
 
 
367 aa  219  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.55 
 
 
367 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  35.64 
 
 
366 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  34.57 
 
 
366 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.65 
 
 
367 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  36.44 
 
 
366 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  35.37 
 
 
366 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 
367 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.47 
 
 
366 aa  217  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.72 
 
 
375 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.37 
 
 
366 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.45 
 
 
366 aa  216  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  35.9 
 
 
366 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.9 
 
 
366 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  35.9 
 
 
366 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.46 
 
 
375 aa  216  7e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>