More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1006 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  619  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 299 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 343 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  48.45 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 292 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 299 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 299 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  47.77 
 
 		 304 aa  235  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 299 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.54 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.42 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.37 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.42 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.17 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.51 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 308 aa  169  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.08 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  32.54 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 300 aa  149  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.33 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>