More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0864 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  100 
 
 
224 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  54.85 
 
 
227 aa  194  9e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  48.4 
 
 
239 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  47.95 
 
 
239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  50.71 
 
 
224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  44.89 
 
 
234 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  46.15 
 
 
240 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  48.37 
 
 
249 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  48.85 
 
 
228 aa  165  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  50.47 
 
 
228 aa  164  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  44.59 
 
 
234 aa  160  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  42.13 
 
 
264 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  45.29 
 
 
250 aa  155  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  46.38 
 
 
227 aa  154  9e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  44.81 
 
 
222 aa  149  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  41.31 
 
 
255 aa  148  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  42.65 
 
 
264 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  35.53 
 
 
292 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.63 
 
 
224 aa  136  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.6 
 
 
330 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.52 
 
 
308 aa  126  3e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.46 
 
 
436 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  39.29 
 
 
329 aa  125  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.94 
 
 
308 aa  125  7e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  37.1 
 
 
326 aa  124  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.45 
 
 
327 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  43.12 
 
 
324 aa  124  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
330 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.2 
 
 
326 aa  122  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  40 
 
 
579 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.2 
 
 
318 aa  121  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.79 
 
 
307 aa  121  9e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  33.03 
 
 
306 aa  120  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  36.07 
 
 
326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 
293 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  39.81 
 
 
325 aa  116  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  43.02 
 
 
322 aa  116  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.89 
 
 
368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.95 
 
 
330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  39.27 
 
 
469 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  39.2 
 
 
331 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 
364 aa  115  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.66 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  38.42 
 
 
593 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  38.81 
 
 
457 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36 
 
 
405 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.42 
 
 
320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 
344 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32 
 
 
319 aa  113  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.58 
 
 
319 aa  113  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  38.89 
 
 
344 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.55 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  34.76 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  39.44 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  37.43 
 
 
567 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
327 aa  113  3e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.08 
 
 
346 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.43 
 
 
320 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  41.5 
 
 
295 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.19 
 
 
300 aa  112  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.35 
 
 
330 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 
543 aa  112  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.38 
 
 
316 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.55 
 
 
321 aa  111  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  45.38 
 
 
298 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.43 
 
 
322 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  44.62 
 
 
322 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.57 
 
 
315 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.43 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  39.57 
 
 
346 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  39.44 
 
 
346 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.74 
 
 
313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.97 
 
 
329 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.97 
 
 
329 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  41.48 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  38.55 
 
 
362 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.13 
 
 
352 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  36.67 
 
 
346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  38.36 
 
 
468 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.99 
 
 
315 aa  109  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.43 
 
 
329 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  39.13 
 
 
378 aa  109  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  37.22 
 
 
471 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  38.36 
 
 
468 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  38.36 
 
 
446 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.14 
 
 
318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.64 
 
 
309 aa  108  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  35.09 
 
 
329 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  30.73 
 
 
319 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.37 
 
 
211 aa  108  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.64 
 
 
318 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.73 
 
 
560 aa  108  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  38.25 
 
 
501 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 
364 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  36.21 
 
 
320 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  34.71 
 
 
330 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.76 
 
 
360 aa  108  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.2 
 
 
318 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>