More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0862 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.31 
 
 		 684 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.92 
 
 		 685 aa  795    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 666 aa  812    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.8 
 
 		 659 aa  818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.79 
 
 		 672 aa  799    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.02 
 
 		 667 aa  796    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.79 
 
 		 672 aa  798    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.97 
 
 		 671 aa  795    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.6 
 
 		 717 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 718 aa  796    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.22 
 
 		 685 aa  796    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.47 
 
 		 664 aa  818    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 668 aa  777    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.94 
 
 		 702 aa  796    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.19 
 
 		 656 aa  818    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.43 
 
 		 685 aa  801    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.31 
 
 		 666 aa  792    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.37 
 
 		 664 aa  793    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.23 
 
 		 696 aa  865    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.16 
 
 		 667 aa  778    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.65 
 
 		 666 aa  771    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.46 
 
 		 667 aa  776    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 		 668 aa  771    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.41 
 
 		 698 aa  794    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.26 
 
 		 702 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.85 
 
 		 711 aa  791    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.2 
 
 		 717 aa  798    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.99 
 
 		 650 aa  974    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 638 aa  1293    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.88 
 
 		 674 aa  776    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.3 
 
 		 664 aa  795    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.33 
 
 		 669 aa  809    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.21 
 
 		 668 aa  788    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.46 
 
 		 683 aa  806    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 666 aa  797    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.57 
 
 		 710 aa  754    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.76 
 
 		 665 aa  813    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.42 
 
 		 649 aa  776    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 668 aa  777    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.55 
 
 		 681 aa  804    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.89 
 
 		 714 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.96 
 
 		 683 aa  587  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.71 
 
 		 707 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.63 
 
 		 608 aa  565  1e-160  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  46.66 
 
 		 622 aa  554  1e-156  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.66 
 
 		 622 aa  553  1e-156  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  50.96 
 
 		 599 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  49.69 
 
 		 644 aa  548  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.41 
 
 		 612 aa  549  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.81 
 
 		 619 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.77 
 
 		 631 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.11 
 
 		 611 aa  544  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 618 aa  539  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.89 
 
 		 611 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.89 
 
 		 612 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.72 
 
 		 612 aa  539  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.92 
 
 		 631 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.92 
 
 		 624 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.56 
 
 		 612 aa  537  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.97 
 
 		 621 aa  536  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  47.48 
 
 		 805 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.76 
 
 		 602 aa  536  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.56 
 
 		 612 aa  537  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  49.76 
 
 		 612 aa  536  1e-151  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.74 
 
 		 802 aa  536  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.72 
 
 		 598 aa  538  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.04 
 
 		 629 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.96 
 
 		 623 aa  533  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 602 aa  532  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 		 647 aa  533  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.97 
 
 		 621 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.56 
 
 		 623 aa  534  1e-150  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.44 
 
 		 808 aa  532  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  50.48 
 
 		 613 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.32 
 
 		 613 aa  529  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 		 613 aa  530  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 		 624 aa  528  1e-149  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.6 
 
 		 610 aa  531  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.48 
 
 		 613 aa  531  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 		 613 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.48 
 
 		 613 aa  531  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.23 
 
 		 819 aa  531  1e-149  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.77 
 
 		 855 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 		 613 aa  530  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50 
 
 		 613 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  49.76 
 
 		 620 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 		 613 aa  530  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  50.48 
 
 		 613 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.21 
 
 		 797 aa  525  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.09 
 
 		 657 aa  527  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  46.59 
 
 		 805 aa  526  1e-148  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  49.92 
 
 		 784 aa  527  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 621 aa  527  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.52 
 
 		 618 aa  527  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.81 
 
 		 783 aa  522  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>