295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0118 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 290 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  54.2 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  52.38 
 
 		 298 aa  252  4.0000000000000004e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  50.92 
 
 		 282 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  50.92 
 
 		 282 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  50.18 
 
 		 286 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  50.18 
 
 		 344 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  50.18 
 
 		 282 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  50.18 
 
 		 282 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  50.18 
 
 		 282 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  51 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  50.36 
 
 		 397 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  48.7 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  49.62 
 
 		 283 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  48.7 
 
 		 306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  49.08 
 
 		 285 aa  221  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  50.8 
 
 		 278 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  50.62 
 
 		 279 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  47.73 
 
 		 279 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  48.67 
 
 		 283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  50 
 
 		 282 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  49.61 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  48.97 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  49.64 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  49.64 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  49.64 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  49.64 
 
 		 282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  48.24 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  49.64 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  50.59 
 
 		 283 aa  215  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  47.22 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  50.2 
 
 		 283 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  50.81 
 
 		 283 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  51.63 
 
 		 284 aa  209  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  49.22 
 
 		 687 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  45.52 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  50.19 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  39.02 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  40.82 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  39.92 
 
 		 285 aa  153  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  40.58 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  38.49 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  38.49 
 
 		 279 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  38.64 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  38.4 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  38.29 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  37.31 
 
 		 280 aa  145  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.22 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  37.4 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  36.33 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.93 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  38.87 
 
 		 281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  37.22 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  36.93 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.63 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  38.75 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  36.94 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  34.48 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  36.05 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  30.85 
 
 		 268 aa  120  3.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.82 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  36.6 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 303 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  36.18 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  33.83 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  37.36 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  41.01 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  33.57 
 
 		 505 aa  108  1e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.51 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  31.62 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  31.23 
 
 		 273 aa  105  8e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  29.07 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  33.96 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  41.57 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.39 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  36.46 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  35.94 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  42.29 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  33.81 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  29.2 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31.14 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.66 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  35.94 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.66 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  32.71 
 
 		 284 aa  99.4  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  37.29 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.56 
 
 		 310 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  34.9 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  36.9 
 
 		 302 aa  95.5  8e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.94 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  38.64 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  31.52 
 
 		 330 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  35.62 
 
 		 342 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  35.8 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  36.89 
 
 		 351 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  34.62 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  38.3 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>