More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_4562 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  501  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 
235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 
232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  42.86 
 
 
226 aa  193  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  42.86 
 
 
226 aa  192  4e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 
231 aa  191  9e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 
238 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
230 aa  188  5.999999999999999e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 
226 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.6 
 
 
228 aa  184  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  41.3 
 
 
242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 
228 aa  181  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 
229 aa  181  8.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 
240 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  43.3 
 
 
247 aa  179  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 
234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  43.61 
 
 
228 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  43.44 
 
 
226 aa  178  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 
226 aa  176  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 
241 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  43.04 
 
 
231 aa  176  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 
226 aa  174  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  42.86 
 
 
229 aa  174  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 
229 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 
222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 
227 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 
227 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  43.75 
 
 
227 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.3 
 
 
232 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  41.96 
 
 
229 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 
236 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.3 
 
 
232 aa  170  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 
228 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  43.3 
 
 
227 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 
227 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 
231 aa  169  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  39.27 
 
 
224 aa  168  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  40 
 
 
231 aa  168  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 
231 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 
230 aa  168  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 
230 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 
227 aa  168  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 
226 aa  168  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 
231 aa  168  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 
223 aa  168  9e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 
223 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.3 
 
 
247 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 
228 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 
223 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 
233 aa  167  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 
240 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  42.73 
 
 
228 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 
223 aa  166  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 
235 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  41.08 
 
 
241 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 
244 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 
233 aa  166  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 
253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 
223 aa  166  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 
234 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  43.13 
 
 
236 aa  166  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  41.96 
 
 
232 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 
232 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  41.26 
 
 
227 aa  165  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  42.99 
 
 
229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 
223 aa  165  8e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 
231 aa  164  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  42.99 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4198  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  42.13 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  38.74 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 
231 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  44.84 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  41.45 
 
 
236 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 
239 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 
230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 
232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 
244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  40.09 
 
 
228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>