More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3480 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
301 aa  618  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
297 aa  204  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.92 
 
 
325 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  32.88 
 
 
301 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 
324 aa  176  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  33.79 
 
 
315 aa  175  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.68 
 
 
300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 
300 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.14 
 
 
297 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.14 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.93 
 
 
312 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.67 
 
 
310 aa  145  6e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  25.83 
 
 
690 aa  91.7  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1711  putative PAS/PAC sensor protein  37.72 
 
 
354 aa  89.4  7e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0787  putative PAS/PAC sensor protein  33.05 
 
 
356 aa  80.1  0.00000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0219  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  24.17 
 
 
792 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  22.86 
 
 
425 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.1 
 
 
304 aa  76.3  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  30.65 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.42 
 
 
575 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.11 
 
 
646 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  28.47 
 
 
459 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.59 
 
 
818 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  31.71 
 
 
493 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  21.77 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.57 
 
 
423 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.39 
 
 
845 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.41 
 
 
820 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.9 
 
 
1017 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  24.58 
 
 
823 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  26.14 
 
 
451 aa  70.1  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  23.13 
 
 
420 aa  69.7  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 
705 aa  69.7  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 
625 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  21.5 
 
 
693 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  30.08 
 
 
493 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  23.67 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
493 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  22.82 
 
 
314 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  21.5 
 
 
693 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  21.5 
 
 
693 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  27.91 
 
 
371 aa  67.4  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  25.43 
 
 
689 aa  67.4  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.74 
 
 
302 aa  67  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.64 
 
 
565 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533493  normal  0.0709099 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  26.9 
 
 
387 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  28.46 
 
 
625 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  25.71 
 
 
477 aa  66.2  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.93 
 
 
441 aa  66.2  0.0000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  27.07 
 
 
368 aa  65.9  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.85 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  29.09 
 
 
686 aa  65.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  24.36 
 
 
389 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.91 
 
 
829 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3669  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.74 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  31.71 
 
 
494 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  29.66 
 
 
539 aa  65.1  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  22 
 
 
432 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0540  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 
693 aa  65.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  27.69 
 
 
624 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  24.32 
 
 
973 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26 
 
 
657 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.222198  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.38 
 
 
818 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  23.02 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  27.78 
 
 
609 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  26.49 
 
 
671 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  27.78 
 
 
709 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  30.71 
 
 
389 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  28.17 
 
 
354 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  29.92 
 
 
557 aa  64.3  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.87 
 
 
951 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.14 
 
 
458 aa  64.3  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  21.67 
 
 
311 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  26.53 
 
 
794 aa  64.3  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.55 
 
 
419 aa  64.3  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.71 
 
 
792 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  22.58 
 
 
949 aa  64.3  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  22.41 
 
 
292 aa  63.9  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  27.69 
 
 
625 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  27.69 
 
 
625 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.01 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.91 
 
 
855 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  29.46 
 
 
351 aa  63.5  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  29.13 
 
 
485 aa  63.5  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.13 
 
 
818 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.62 
 
 
791 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.78 
 
 
818 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2151  hypothetical protein  28.68 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.22 
 
 
312 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  27.27 
 
 
306 aa  62.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  29.27 
 
 
495 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  25.37 
 
 
485 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.3 
 
 
806 aa  62.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  25.35 
 
 
486 aa  63.2  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  25.32 
 
 
559 aa  62.8  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  28.03 
 
 
298 aa  62.8  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.2 
 
 
688 aa  62.4  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>