More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_0030 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
370 aa  766    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  45.73 
 
 
362 aa  301  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  44.83 
 
 
349 aa  279  7e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.5 
 
 
351 aa  278  9e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  44.83 
 
 
335 aa  271  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.85 
 
 
319 aa  243  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 
318 aa  239  4e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
325 aa  239  5e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.48 
 
 
326 aa  239  8e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 
324 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.84 
 
 
347 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.94 
 
 
325 aa  236  4e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.06 
 
 
342 aa  231  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  38.46 
 
 
334 aa  231  1e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
321 aa  229  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
322 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
321 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
328 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
324 aa  226  4e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.78 
 
 
333 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.08 
 
 
337 aa  225  7e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 
320 aa  225  9e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.27 
 
 
358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 
320 aa  222  9e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.54 
 
 
332 aa  222  9e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.23 
 
 
332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.23 
 
 
332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 
322 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
331 aa  219  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.23 
 
 
332 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.23 
 
 
332 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.92 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.92 
 
 
332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.92 
 
 
332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.91 
 
 
329 aa  216  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.14 
 
 
333 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.87 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  36.16 
 
 
350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.94 
 
 
351 aa  214  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.28 
 
 
343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.76 
 
 
326 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.76 
 
 
326 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.5 
 
 
333 aa  212  7e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.54 
 
 
357 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.14 
 
 
332 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  35.71 
 
 
351 aa  211  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  40.84 
 
 
325 aa  211  1e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.11 
 
 
350 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.37 
 
 
351 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
324 aa  210  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 
327 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
324 aa  210  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
333 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.91 
 
 
321 aa  209  6e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.15 
 
 
337 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.19 
 
 
327 aa  208  1e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.78 
 
 
370 aa  208  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.82 
 
 
334 aa  208  2e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.47 
 
 
381 aa  208  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 
329 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  35.2 
 
 
334 aa  206  6e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  40.06 
 
 
325 aa  204  2e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.03 
 
 
354 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.3 
 
 
334 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  34.49 
 
 
352 aa  202  5e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
346 aa  203  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.9 
 
 
352 aa  202  8e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.34 
 
 
354 aa  202  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.56 
 
 
353 aa  202  9e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.01 
 
 
330 aa  202  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.67 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.59 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.85 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  42 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.56 
 
 
332 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.06 
 
 
330 aa  200  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  36.88 
 
 
337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.89 
 
 
355 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.29 
 
 
335 aa  200  3.9999999999999996e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.76 
 
 
347 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.89 
 
 
355 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.74 
 
 
353 aa  199  6e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.89 
 
 
356 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  34.76 
 
 
357 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.53 
 
 
343 aa  199  7.999999999999999e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.1 
 
 
325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.88 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  35.38 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  38.33 
 
 
362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.09 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  34.46 
 
 
354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.01 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>