More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_4283 on replicon NC_011879
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 
337 aa  671    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  57.36 
 
 
344 aa  385  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  48.47 
 
 
337 aa  263  4e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  46.06 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  36.28 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  34.93 
 
 
354 aa  169  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  35.69 
 
 
369 aa  168  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 
352 aa  165  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 
369 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  35.17 
 
 
366 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  33.92 
 
 
366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  33.63 
 
 
359 aa  162  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  32.74 
 
 
357 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  34.72 
 
 
348 aa  160  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  34.74 
 
 
360 aa  160  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 
353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 
353 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 
353 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  36.04 
 
 
346 aa  154  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 
358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  35.17 
 
 
371 aa  152  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  33.43 
 
 
365 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  34.52 
 
 
363 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 
353 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  34.92 
 
 
361 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  33.02 
 
 
360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  33.71 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  33.04 
 
 
353 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  33.04 
 
 
353 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  33.43 
 
 
366 aa  145  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  36.47 
 
 
350 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  31.07 
 
 
351 aa  144  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  32.45 
 
 
359 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  31.95 
 
 
358 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  34.59 
 
 
374 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  30.3 
 
 
408 aa  136  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  32.83 
 
 
358 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  31.91 
 
 
342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  34.12 
 
 
341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  31.45 
 
 
374 aa  123  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  31.27 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  33.63 
 
 
365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  30.98 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 
341 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  33.89 
 
 
341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  33.89 
 
 
341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  30.42 
 
 
355 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  31.29 
 
 
314 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  31.87 
 
 
339 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 
337 aa  99.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.86 
 
 
582 aa  97.4  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.22 
 
 
495 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.38 
 
 
316 aa  92.8  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.95 
 
 
311 aa  92.8  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  35.98 
 
 
559 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  28.92 
 
 
341 aa  92  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 
534 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 
566 aa  89  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  37.21 
 
 
551 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.66 
 
 
477 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  25.35 
 
 
324 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.7 
 
 
584 aa  87.8  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  31.06 
 
 
684 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 
551 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 
561 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  30.08 
 
 
608 aa  86.3  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 
559 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  38.12 
 
 
535 aa  84  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.27 
 
 
847 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 
545 aa  82.8  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 
546 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  35.64 
 
 
558 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 
558 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.92 
 
 
522 aa  82.4  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.95 
 
 
584 aa  81.6  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  34.46 
 
 
584 aa  81.3  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  30.34 
 
 
658 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.22 
 
 
351 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  37.43 
 
 
544 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  28.95 
 
 
584 aa  80.5  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 
546 aa  80.5  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  29.96 
 
 
759 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 
546 aa  80.1  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  29.8 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  27.71 
 
 
285 aa  79.7  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  32.67 
 
 
530 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  33.04 
 
 
622 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 
563 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.87 
 
 
825 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 
554 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  34.45 
 
 
532 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  27.72 
 
 
343 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  29.74 
 
 
896 aa  77.8  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.91 
 
 
316 aa  77.4  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  35.82 
 
 
542 aa  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  34 
 
 
552 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  30.54 
 
 
551 aa  76.6  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  33.48 
 
 
622 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  26.59 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>