More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_3856 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
293 aa  584  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  86.01 
 
 
293 aa  472  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.23 
 
 
292 aa  294  9e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  58.01 
 
 
284 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 
291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  58.04 
 
 
304 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
284 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
284 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
284 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  59.41 
 
 
289 aa  271  9e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  52.61 
 
 
310 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  269  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  269  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  269  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  57.46 
 
 
284 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  58.58 
 
 
284 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
284 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 
284 aa  266  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  56.99 
 
 
315 aa  265  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.49 
 
 
284 aa  265  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  56.94 
 
 
296 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 
284 aa  255  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  51.07 
 
 
284 aa  251  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  52.9 
 
 
284 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  52.5 
 
 
282 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  54.48 
 
 
278 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  51.72 
 
 
289 aa  248  1e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  52.54 
 
 
284 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  53.41 
 
 
284 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 
289 aa  244  9e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 
282 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  51.77 
 
 
282 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  51.77 
 
 
282 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  47.89 
 
 
286 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  48.76 
 
 
299 aa  228  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 
289 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 
276 aa  205  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 
293 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 
285 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  40.37 
 
 
296 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.91 
 
 
289 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 
277 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 
284 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 
277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 
294 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.22 
 
 
278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
268 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
268 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 
279 aa  132  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 
280 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 
277 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
290 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
278 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 
279 aa  129  6e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.21 
 
 
286 aa  128  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.19 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.04 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 
289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 
276 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 
280 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 
297 aa  125  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.02 
 
 
283 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 
286 aa  124  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 
269 aa  123  4e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 
288 aa  123  4e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.74 
 
 
273 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 
288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
291 aa  119  7e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 
283 aa  119  7e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.05 
 
 
289 aa  116  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
289 aa  115  6e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.88 
 
 
289 aa  116  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
288 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 
311 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 
273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>