More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_0004 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  100 
 
 
402 aa  804    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  85.46 
 
 
401 aa  689    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.86 
 
 
377 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  55.31 
 
 
390 aa  410  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  54.33 
 
 
414 aa  398  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.16 
 
 
380 aa  399  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.35 
 
 
397 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.96 
 
 
381 aa  394  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  52.53 
 
 
390 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  53.9 
 
 
371 aa  375  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  54.05 
 
 
377 aa  377  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.17 
 
 
398 aa  376  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  52.66 
 
 
389 aa  372  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  51.55 
 
 
401 aa  373  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  52.27 
 
 
386 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  52.88 
 
 
390 aa  370  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.12 
 
 
401 aa  367  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.14 
 
 
379 aa  367  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  51.9 
 
 
380 aa  365  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  51.9 
 
 
380 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  48.76 
 
 
420 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  51.9 
 
 
380 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.34 
 
 
415 aa  360  2e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.28 
 
 
399 aa  355  5.999999999999999e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.96 
 
 
391 aa  354  2e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  50.12 
 
 
399 aa  353  4e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  51.65 
 
 
404 aa  346  4e-94  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.87 
 
 
397 aa  346  4e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  48.14 
 
 
378 aa  343  4e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  49.5 
 
 
376 aa  342  9e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  48.4 
 
 
377 aa  341  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  46.28 
 
 
414 aa  341  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  49.49 
 
 
385 aa  335  1e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.05 
 
 
485 aa  323  3e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  47.58 
 
 
371 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.26 
 
 
457 aa  246  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  36.91 
 
 
395 aa  222  9e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31 
 
 
375 aa  208  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  30.75 
 
 
375 aa  207  4e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  30.75 
 
 
375 aa  206  7e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  205  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  30.5 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  30.75 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.91 
 
 
375 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  30.75 
 
 
373 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  30.59 
 
 
374 aa  200  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  27.62 
 
 
433 aa  197  3e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.47 
 
 
386 aa  193  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.89 
 
 
392 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.41 
 
 
374 aa  191  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  27.51 
 
 
361 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  27.51 
 
 
361 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  33.82 
 
 
398 aa  186  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 
371 aa  183  4.0000000000000006e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.75 
 
 
371 aa  182  8.000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.64 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.97 
 
 
371 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.99 
 
 
370 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  30.96 
 
 
372 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.74 
 
 
366 aa  177  4e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.08 
 
 
382 aa  176  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  32.36 
 
 
370 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  32.36 
 
 
370 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.95 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.91 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  29.44 
 
 
374 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  28.31 
 
 
374 aa  173  5e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  29.89 
 
 
369 aa  172  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.5 
 
 
369 aa  170  5e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.8 
 
 
376 aa  170  5e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  35.49 
 
 
394 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
374 aa  169  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.96 
 
 
386 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27.14 
 
 
364 aa  167  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.75 
 
 
372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  29.72 
 
 
364 aa  162  1e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.07 
 
 
373 aa  160  3e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.07 
 
 
420 aa  160  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.76 
 
 
365 aa  160  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  28.95 
 
 
359 aa  159  6e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.83 
 
 
365 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.75 
 
 
363 aa  156  6e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.42 
 
 
360 aa  156  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  31.1 
 
 
384 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  32.59 
 
 
385 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  28.64 
 
 
369 aa  154  4e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.89 
 
 
365 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  24.16 
 
 
362 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.8 
 
 
358 aa  151  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  29.68 
 
 
378 aa  149  7e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  31.29 
 
 
376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.69 
 
 
370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.38 
 
 
363 aa  147  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.75 
 
 
364 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>