More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_1308 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  100 
 
 
172 aa  337  6e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  62.5 
 
 
172 aa  194  6e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  63.41 
 
 
171 aa  194  7e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  1.40842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  62.11 
 
 
166 aa  188  3e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  61.35 
 
 
165 aa  187  7e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  61.49 
 
 
167 aa  185  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  60 
 
 
173 aa  183  1e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 
519 aa  181  5e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  56.71 
 
 
577 aa  174  6e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  56.33 
 
 
176 aa  173  1e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  60.9 
 
 
167 aa  172  2e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  53.25 
 
 
180 aa  171  6e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  54.17 
 
 
181 aa  170  9e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  56.17 
 
 
187 aa  167  8e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  54.94 
 
 
171 aa  165  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  58.79 
 
 
167 aa  163  1e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  53.99 
 
 
183 aa  162  2e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  55.35 
 
 
187 aa  162  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  59.24 
 
 
225 aa  156  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  52.44 
 
 
220 aa  155  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  54.88 
 
 
188 aa  156  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  52.98 
 
 
176 aa  154  7e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.21488e-08  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  50.61 
 
 
220 aa  150  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  51.23 
 
 
206 aa  149  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  50.6 
 
 
179 aa  148  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  51.22 
 
 
235 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  51.22 
 
 
235 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  51.22 
 
 
235 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  51.59 
 
 
192 aa  146  1e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  44.51 
 
 
169 aa  127  8e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  51.33 
 
 
182 aa  123  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  45.34 
 
 
180 aa  123  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.65 
 
 
172 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  48.67 
 
 
184 aa  122  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  46.45 
 
 
203 aa  120  1e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  41.57 
 
 
172 aa  120  1e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  44.03 
 
 
172 aa  117  5e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  44.38 
 
 
190 aa  118  5e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  41.1 
 
 
174 aa  116  2e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  42.77 
 
 
172 aa  114  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  44.03 
 
 
172 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  44.03 
 
 
172 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  42.14 
 
 
171 aa  113  1e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.1554e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  40.94 
 
 
204 aa  113  1e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  113  1e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  45.39 
 
 
182 aa  113  2e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  2e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.03243e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.58948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.13438e-09  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.83652e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.0137e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.25658e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.94714e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.58194e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  38.65 
 
 
182 aa  111  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  6.85723e-07 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.87 
 
 
181 aa  111  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  43.4 
 
 
171 aa  111  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.06831e-08  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  111  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.54257e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  42.14 
 
 
171 aa  110  7e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.4 
 
 
172 aa  110  8e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  39.16 
 
 
172 aa  110  8e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  45.03 
 
 
179 aa  110  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  49.64 
 
 
208 aa  110  1e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  42.77 
 
 
174 aa  110  1e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.25 
 
 
167 aa  109  2e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  109  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.34252e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  44.67 
 
 
174 aa  109  2e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  45.16 
 
 
163 aa  109  2e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  43.64 
 
 
199 aa  108  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.39 
 
 
195 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.96 
 
 
184 aa  108  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  39.35 
 
 
180 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  41.46 
 
 
175 aa  108  4e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  45.45 
 
 
191 aa  108  4e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  41.46 
 
 
175 aa  108  4e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  38.27 
 
 
181 aa  108  4e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  5.04262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  2.8278e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  7.16125e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  42.5 
 
 
172 aa  108  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  39.35 
 
 
180 aa  107  7e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  45.33 
 
 
184 aa  107  9e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  42.94 
 
 
591 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  106  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.04187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.93059e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  38.41 
 
 
225 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.63169e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  44.38 
 
 
185 aa  106  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  38.41 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  41.1 
 
 
171 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.02686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  38.41 
 
 
225 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.38429e-10  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.06668e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>