85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_3186 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2785  restriction endonuclease  100 
 
 
305 aa  620  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3186  Mrr restriction system protein  100 
 
 
305 aa  620  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0477  restriction endonuclease  45.25 
 
 
303 aa  266  2e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.863286  normal  0.802026 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  45.72 
 
 
305 aa  266  4e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  45.42 
 
 
305 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  45.28 
 
 
305 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1084  restriction endonuclease  43.65 
 
 
304 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1094  restriction endonuclease  43.83 
 
 
310 aa  255  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907503  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  45.97 
 
 
293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  45.19 
 
 
310 aa  249  5e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  44.87 
 
 
310 aa  248  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  43.65 
 
 
302 aa  248  8e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1692  mrr restriction system protein  45.28 
 
 
303 aa  237  2e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12548  restriction system protein mrr  41.61 
 
 
306 aa  233  3e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00923915 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1408  restriction endonuclease  40.26 
 
 
302 aa  231  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  40.33 
 
 
302 aa  230  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1609  restriction endonuclease  43.93 
 
 
297 aa  225  6e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.355055  normal  0.341579 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  41.56 
 
 
304 aa  225  7e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22830  restriction endonuclease  42.81 
 
 
306 aa  221  9e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.275041 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05300  restriction endonuclease  41.35 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.979407  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  44.77 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0680  restriction endonuclease  37.66 
 
 
304 aa  202  6e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  37.01 
 
 
307 aa  198  7.999999999999999e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1958  restriction endonuclease  36.98 
 
 
312 aa  194  2e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.89806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  33.33 
 
 
296 aa  161  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  33.02 
 
 
304 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  35.24 
 
 
304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  35.24 
 
 
304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  35.24 
 
 
304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  34.6 
 
 
311 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  30.32 
 
 
297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  43.64 
 
 
128 aa  95.5  9e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  28.71 
 
 
291 aa  88.2  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1132  restriction endonuclease  27.33 
 
 
454 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.574602  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0036  restriction endonuclease  30.3 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0554  restriction endonuclease  26.3 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3348  restriction endonuclease  27.54 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.26696  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0411  restriction endonuclease  38.22 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1615  restriction endonuclease  26.06 
 
 
288 aa  75.9  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3744  restriction endonuclease  29.51 
 
 
291 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.464694  normal  0.208515 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3690  restriction endonuclease  29.7 
 
 
291 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  41.24 
 
 
585 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4639  restriction endonuclease  26.86 
 
 
286 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000167857  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1753  restriction endonuclease  27.91 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1858  restriction endonuclease-like  33.33 
 
 
349 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  34.68 
 
 
493 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0084  restriction endonuclease  26.2 
 
 
300 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  33.61 
 
 
346 aa  60.5  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  44.32 
 
 
421 aa  59.3  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1324  restriction endonuclease  35.11 
 
 
493 aa  59.7  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0899903  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  28.87 
 
 
305 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  31.06 
 
 
349 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0846  ATPase  34.21 
 
 
609 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.982991  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0829  ATPase  34.21 
 
 
609 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  34.34 
 
 
403 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4809  restriction endonuclease  38.18 
 
 
219 aa  53.9  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  37.62 
 
 
374 aa  53.1  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2295  hypothetical protein  24.55 
 
 
301 aa  52.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0214  Mrr restriction system protein  41.43 
 
 
70 aa  52.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  36.08 
 
 
368 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  37.36 
 
 
252 aa  50.4  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  35.24 
 
 
359 aa  50.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  31.62 
 
 
182 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  29.84 
 
 
326 aa  50.4  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3938  hypothetical protein  29.13 
 
 
384 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1674  restriction endonuclease  34.29 
 
 
345 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.890961  hitchhiker  0.000510843 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  34.48 
 
 
182 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1446  restriction endonuclease  29.45 
 
 
328 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0714463  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  32.58 
 
 
230 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1255  restriction endonuclease  33.7 
 
 
498 aa  47.4  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.185862  normal  0.543832 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  30.58 
 
 
154 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  30.58 
 
 
125 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  29.06 
 
 
400 aa  46.6  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2603  restriction endonuclease  26.14 
 
 
342 aa  46.6  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  30.58 
 
 
154 aa  46.2  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  30.58 
 
 
154 aa  45.8  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5336  hypothetical protein  32.99 
 
 
450 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.975729  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  32.77 
 
 
364 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2379  hypothetical protein  36.96 
 
 
196 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380658  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4795  restriction endonuclease  31.4 
 
 
197 aa  44.3  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0213  hypothetical protein  52.78 
 
 
84 aa  43.9  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  36.05 
 
 
440 aa  43.5  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1653  restriction endonuclease  31.4 
 
 
178 aa  43.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.447964  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  36.05 
 
 
327 aa  42.7  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52400  restriction endonuclease  25.41 
 
 
271 aa  42.7  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>