More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2336 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  61.04 
 
 
613 aa  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.88 
 
 
613 aa  696    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.08 
 
 
621 aa  670    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 
613 aa  698    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61 
 
 
627 aa  699    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 
616 aa  686    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  59.16 
 
 
617 aa  699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.23 
 
 
635 aa  636    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  57.74 
 
 
599 aa  684    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.3 
 
 
623 aa  670    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.33 
 
 
755 aa  670    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
680 aa  689    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  61.07 
 
 
616 aa  683    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.55 
 
 
616 aa  703    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  54.89 
 
 
746 aa  647    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 
612 aa  700    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  61.09 
 
 
616 aa  702    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  60.77 
 
 
616 aa  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.89 
 
 
754 aa  645    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
736 aa  689    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
736 aa  690    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
680 aa  689    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  59.08 
 
 
621 aa  681    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  59.24 
 
 
621 aa  683    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.77 
 
 
616 aa  695    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 
615 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.32 
 
 
657 aa  714    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  62.44 
 
 
620 aa  704    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.64 
 
 
618 aa  666    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.2 
 
 
783 aa  668    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.13 
 
 
829 aa  670    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.83 
 
 
620 aa  672    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  59.71 
 
 
656 aa  727    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.12 
 
 
623 aa  659    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
800 aa  691    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  59.48 
 
 
602 aa  679    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 
616 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  60 
 
 
615 aa  675    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 
612 aa  699    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.45 
 
 
647 aa  701    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  99.84 
 
 
631 aa  1251    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.94 
 
 
808 aa  683    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.51 
 
 
616 aa  688    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 
613 aa  698    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.11 
 
 
624 aa  657    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61 
 
 
627 aa  699    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.35 
 
 
707 aa  756    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.78 
 
 
685 aa  693    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 
615 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.55 
 
 
800 aa  689    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 
681 aa  697    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.37 
 
 
736 aa  643    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.71 
 
 
616 aa  686    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.3 
 
 
623 aa  670    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
736 aa  690    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 
613 aa  698    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  60.2 
 
 
613 aa  673    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.71 
 
 
616 aa  688    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  60.61 
 
 
644 aa  726    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  54.98 
 
 
784 aa  654    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 
615 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.23 
 
 
611 aa  688    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 
615 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 
680 aa  699    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  60.48 
 
 
617 aa  687    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 
615 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  59.94 
 
 
614 aa  676    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.16 
 
 
612 aa  687    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.69 
 
 
804 aa  687    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.27 
 
 
855 aa  683    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.52 
 
 
615 aa  681    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  58.54 
 
 
612 aa  682    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.35 
 
 
805 aa  678    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.96 
 
 
683 aa  679    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 
613 aa  698    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.96 
 
 
805 aa  679    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.26 
 
 
613 aa  688    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61 
 
 
627 aa  699    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.34 
 
 
797 aa  662    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.28 
 
 
808 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.24 
 
 
595 aa  650    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.93 
 
 
619 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.93 
 
 
619 aa  699    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.2 
 
 
598 aa  693    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.68 
 
 
614 aa  691    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.87 
 
 
618 aa  696    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 
612 aa  700    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.96 
 
 
805 aa  682    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 
613 aa  698    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.71 
 
 
617 aa  695    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.33 
 
 
631 aa  709    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.37 
 
 
781 aa  644    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  61.04 
 
 
611 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.36 
 
 
616 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
680 aa  689    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.42 
 
 
617 aa  703    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.96 
 
 
805 aa  681    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.24 
 
 
612 aa  686    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.25 
 
 
619 aa  701    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.46 
 
 
602 aa  691    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>