92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2203 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  100 
 
 
141 aa  290  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 
141 aa  290  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.03 
 
 
153 aa  72  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.66 
 
 
149 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.94 
 
 
143 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  29.53 
 
 
147 aa  68.6  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.61 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.61 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.61 
 
 
154 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  29.61 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.54 
 
 
176 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.21 
 
 
174 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 
160 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.99 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  32 
 
 
147 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.69 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 
160 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.17 
 
 
153 aa  60.5  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  29.93 
 
 
149 aa  60.8  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  29.93 
 
 
149 aa  60.8  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  29.93 
 
 
149 aa  60.8  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 
160 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  27.21 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.56 
 
 
167 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.08 
 
 
174 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  31.29 
 
 
149 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.08 
 
 
174 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  29.05 
 
 
147 aa  58.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  28.67 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  31.37 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  31.29 
 
 
149 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  26.53 
 
 
142 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  26.53 
 
 
142 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.86 
 
 
156 aa  56.6  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.14 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  31.33 
 
 
147 aa  56.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  28.68 
 
 
151 aa  55.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  24.16 
 
 
163 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 
156 aa  55.5  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.28 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  32.17 
 
 
140 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 
149 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  29.53 
 
 
154 aa  54.3  0.0000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  30.08 
 
 
144 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  29.84 
 
 
141 aa  53.5  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.46 
 
 
140 aa  53.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  26.76 
 
 
142 aa  51.6  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.2 
 
 
160 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  30.3 
 
 
157 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  26.76 
 
 
142 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  32.14 
 
 
143 aa  52  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  30.08 
 
 
145 aa  51.6  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  24.79 
 
 
144 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  29.03 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  31.58 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  28.35 
 
 
138 aa  51.2  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  28.1 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  27.46 
 
 
142 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  26.06 
 
 
142 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  25.38 
 
 
157 aa  49.3  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  23.77 
 
 
144 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  24.14 
 
 
149 aa  47.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000200147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  26.61 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  26.61 
 
 
146 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  23.33 
 
 
150 aa  45.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.95 
 
 
155 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  23.33 
 
 
150 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  25.35 
 
 
142 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  24.62 
 
 
154 aa  44.7  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  24.34 
 
 
142 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  27.35 
 
 
138 aa  44.3  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  27.35 
 
 
138 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1224  DNA polymerase III chi subunit  32.53 
 
 
152 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.009619  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.87 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  27.35 
 
 
138 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  25.85 
 
 
139 aa  41.6  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  28.3 
 
 
154 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.64 
 
 
146 aa  41.2  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  31.3 
 
 
144 aa  40.8  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  27.19 
 
 
150 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.87 
 
 
146 aa  40  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>