More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1692 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  684    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  52.61 
 
 		 316 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 316 aa  322  5e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 293 aa  322  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  50.17 
 
 		 323 aa  312  4.999999999999999e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 314 aa  309  4e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  51.96 
 
 		 301 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  52.61 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 300 aa  279  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  49.3 
 
 		 326 aa  279  6e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 315 aa  277  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  45.08 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 311 aa  272  5.000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  48.01 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  44.3 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  45.96 
 
 		 318 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 314 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  43.86 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  46.34 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  44.66 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 315 aa  256  5e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 315 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 326 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 310 aa  249  4e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 320 aa  249  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 316 aa  248  9e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 316 aa  245  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 314 aa  243  5e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  42.19 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 309 aa  242  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 313 aa  236  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.07 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 315 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  42.76 
 
 		 316 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  43.82 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 311 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 316 aa  223  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 329 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.19 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  41.58 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 328 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  36.73 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 325 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 318 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  37.54 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>