More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1583 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1583  integration host factor, alpha subunit, putative  100 
 
 
107 aa  223  7e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000127709  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1293  histone family protein DNA-binding protein  99.07 
 
 
107 aa  222  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000164009  unclonable  0.0000000000192229 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1070  DNA-binding protein, HU family  50.55 
 
 
91 aa  100  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0248006  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  50.53 
 
 
100 aa  97.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  47.92 
 
 
98 aa  94.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2314  histone family protein DNA-binding protein  46.74 
 
 
106 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000800126  normal  0.266059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  47 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1327  integration host factor, alpha subunit  49.44 
 
 
113 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125041  hitchhiker  0.0021642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2671  integration host factor subunit alpha  49.47 
 
 
100 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.998853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1604  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2068  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 
97 aa  90.5  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0298794  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  43.43 
 
 
99 aa  90.1  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1830  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00321456  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2214  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 
98 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.600475  normal  0.239128 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1909  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000003309  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0493  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 
101 aa  89.4  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1902  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000352289  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1875  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00111351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2417  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000508912  hitchhiker  0.0000292071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  47.78 
 
 
99 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  45.74 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 
97 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2087  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1314  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 
100 aa  89.4  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1865  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2468  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  88.6  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0406236  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2596  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  88.6  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184859  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1810  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2167  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
98 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0460926  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1710  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
99 aa  89.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.707381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4610  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 
110 aa  87.8  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428618  normal  0.0608017 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2093  integration host factor subunit alpha  44.57 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  43.62 
 
 
98 aa  87.4  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  47.73 
 
 
100 aa  87.8  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2014  integration host factor subunit alpha  44.57 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0886978  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
98 aa  87.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  43.62 
 
 
98 aa  87.4  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  46.67 
 
 
101 aa  87.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
98 aa  87  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
98 aa  87  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  45.74 
 
 
98 aa  87  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  46.07 
 
 
101 aa  87.4  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  47.19 
 
 
102 aa  87  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  43.75 
 
 
98 aa  87  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  42.71 
 
 
99 aa  87  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0835  integration host factor, alpha subunit  47.13 
 
 
107 aa  86.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2591  integration host factor, alpha subunit  46.07 
 
 
98 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.3815  normal  0.0354419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1552  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 
117 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.54168  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
136 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0699  integration host factor, alpha subunit  47.19 
 
 
110 aa  85.5  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101642  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1994  integration host factor subunit alpha  42.39 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00182495  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
103 aa  85.5  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  42.71 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  45.56 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  42.71 
 
 
99 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2297  integration host factor subunit alpha  42.39 
 
 
99 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000285509  normal  0.284194 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  45.83 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  42.71 
 
 
98 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  44.57 
 
 
96 aa  85.5  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  45.83 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0376768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  46.59 
 
 
100 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  46.59 
 
 
100 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  42.22 
 
 
97 aa  85.1  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  42.71 
 
 
98 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  46.59 
 
 
100 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1004  integration host factor, alpha subunit  47.13 
 
 
107 aa  85.1  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  46.59 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  46.59 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  46.59 
 
 
100 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1641  integration host factor subunit alpha  48.86 
 
 
138 aa  84.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860546  normal  0.370826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2394  integration host factor subunit alpha  46.51 
 
 
116 aa  84.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245494  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  41.67 
 
 
99 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2799  integration host factor subunit alpha  45.56 
 
 
99 aa  84.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>