51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1221 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1221  modification methylase, putative  100 
 
 
204 aa  428  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000763333  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4984  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  60.19 
 
 
412 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.677083  normal  0.015231 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6265  hypothetical protein  71.83 
 
 
80 aa  119  4e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3185  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  46.75 
 
 
394 aa  80.1  2e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0277  hypothetical protein  43.56 
 
 
413 aa  79.3  3e-14  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.294361  normal  0.0427595 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5389  DNA methylase N-4/N-6  40.43 
 
 
355 aa  76.6  2e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.352939 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  55.74 
 
 
313 aa  75.1  7e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.304507 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3519  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.3 
 
 
331 aa  72.8  3e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  2.44279e-07  normal  0.486943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0454  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.71 
 
 
329 aa  68.2  7e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.558336  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3014  DNA methylase N-4/N-6  38.89 
 
 
301 aa  68.2  8e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.718378  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3337  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.31 
 
 
345 aa  67.8  1e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.149909  unclonable  1.99825e-08 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1593  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.59 
 
 
308 aa  67  2e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0446322  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1044  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.33 
 
 
330 aa  67  2e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4481  DNA methylase N-4/N-6  41.41 
 
 
416 aa  67  2e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4304  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.91 
 
 
874 aa  66.2  3e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4803  DNA methylase  42.67 
 
 
322 aa  60.8  1e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0407  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.91 
 
 
338 aa  58.2  9e-08  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0646308  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4974  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.41 
 
 
597 aa  52.8  4e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3217  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40 
 
 
471 aa  48.9  5e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.77024  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.06 
 
 
382 aa  47.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2333  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40 
 
 
276 aa  46.2  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0137927 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6856  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.82 
 
 
313 aa  45.4  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0555121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.3 
 
 
566 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1518  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40 
 
 
284 aa  45.1  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2756  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  54.05 
 
 
311 aa  45.1  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.89 
 
 
293 aa  44.3  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0940338  hitchhiker  0.00345461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  34.18 
 
 
380 aa  43.9  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0534  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.33 
 
 
239 aa  43.5  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000146587 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0844  hypothetical protein  36 
 
 
441 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.506962 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  42.22 
 
 
567 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.29355e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.72 
 
 
368 aa  43.9  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  31.88 
 
 
577 aa  43.1  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6933  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.93 
 
 
327 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0266817  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0283  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.3 
 
 
292 aa  42.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0790  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.18 
 
 
293 aa  43.1  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2332  DNA adenine methylase CcrM  38.98 
 
 
344 aa  42.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160434  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4184  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40 
 
 
350 aa  42.7  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0040014  hitchhiker  0.000116244 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0649  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.51 
 
 
380 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.909315  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2196  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.89 
 
 
292 aa  42  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1449  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.62 
 
 
360 aa  42.4  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.103238  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3164  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40 
 
 
225 aa  42.4  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0356148  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1826  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.71 
 
 
460 aa  42.4  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0704  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.51 
 
 
379 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.76 
 
 
358 aa  42  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.98 
 
 
359 aa  41.6  0.007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.38 
 
 
398 aa  41.6  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0229  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.94 
 
 
399 aa  41.6  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0324708 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0120  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.9 
 
 
225 aa  41.6  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0225106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  36.51 
 
 
377 aa  41.6  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  37.78 
 
 
560 aa  41.2  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3340  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.24 
 
 
347 aa  41.2  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  1.07199e-05  hitchhiker  3.55353e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>