27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1193 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1193  tRNA-OTHER  100 
 
 
72 bp  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000739328  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000249872  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000315288  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0023  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0053  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307129  normal  0.0211178 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0036  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.784357  normal  0.0160013 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0035  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.906537  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>