70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1179 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1179  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.015483  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25090  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.657176  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0061  tRNA-Asp  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.213115  normal  0.210612 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0016  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.330685  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0050  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1589  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.153421  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0040  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000389023  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0008  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0028  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000248442  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0048  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0789708 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0025  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.086727 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0009  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0020  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00624346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0059  tRNA-Asp  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000000338363  unclonable  0.0000000922471 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>