144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1167 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  98.08 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.52 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>