143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0827 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  100 
 
 
526 aa  1074    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  99.24 
 
 
522 aa  1061    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  68.64 
 
 
508 aa  721    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  52.5 
 
 
502 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  52.26 
 
 
500 aa  426  1e-118  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 
448 aa  154  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 
448 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 
455 aa  139  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
620 aa  133  6.999999999999999e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  30.74 
 
 
433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
457 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 
446 aa  127  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  37.35 
 
 
467 aa  126  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  29.75 
 
 
494 aa  125  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 
478 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  31.75 
 
 
383 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 
471 aa  120  7e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  28.03 
 
 
477 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 
481 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 
396 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 
519 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 
469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 
455 aa  110  7.000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
299 aa  108  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
385 aa  107  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 
386 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 
480 aa  103  7e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 
480 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 
468 aa  100  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 
484 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  31.02 
 
 
479 aa  97.8  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 
469 aa  97.1  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  30.62 
 
 
459 aa  96.3  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
391 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  29.48 
 
 
485 aa  95.5  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 
463 aa  95.9  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 
456 aa  92  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  33.9 
 
 
382 aa  91.7  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  36.91 
 
 
226 aa  90.1  8e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  29.08 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  30.74 
 
 
634 aa  87.8  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 
403 aa  87.8  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  28.74 
 
 
403 aa  87.8  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  30.13 
 
 
499 aa  87  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 
412 aa  87  7e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  34.58 
 
 
423 aa  84.7  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 
454 aa  84.3  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 
430 aa  84  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  27.24 
 
 
423 aa  83.6  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 
402 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  28.39 
 
 
235 aa  82.4  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 
467 aa  82.4  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 
606 aa  82.4  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  30.57 
 
 
198 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 
412 aa  81.6  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 
422 aa  80.9  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  28.12 
 
 
687 aa  80.1  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 
163 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  27.38 
 
 
1492 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 
462 aa  79  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  28.51 
 
 
548 aa  79.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 
509 aa  79  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 
571 aa  77  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 
545 aa  76.3  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  28.38 
 
 
473 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  23.82 
 
 
479 aa  75.9  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 
641 aa  75.5  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  27.55 
 
 
582 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 
538 aa  73.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  29 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 
462 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 
334 aa  73.2  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 
561 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 
572 aa  71.2  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
619 aa  71.2  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  25.09 
 
 
492 aa  71.2  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  23.77 
 
 
462 aa  70.9  0.00000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  25.64 
 
 
475 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 
483 aa  68.6  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.4 
 
 
462 aa  67  0.0000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  30.83 
 
 
453 aa  66.6  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 
611 aa  66.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  27.11 
 
 
311 aa  66.2  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 
413 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4772  hypothetical protein  31.08 
 
 
346 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 
472 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 
581 aa  63.9  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 
478 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 
628 aa  63.9  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1148  hypothetical protein  52.31 
 
 
113 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 
582 aa  61.6  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25 
 
 
475 aa  60.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  26.36 
 
 
205 aa  60.1  0.00000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 
374 aa  60.1  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>