More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0322 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  247  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  247  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
125 aa  221  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  221  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  221  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  221  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  220  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  87.8 
 
 
125 aa  219  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
124 aa  219  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0693  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000127901  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0661  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291952  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
202 aa  218  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2174  ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  218  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.123269  normal  0.537249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0416  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  217  5e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00364585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4281  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
124 aa  217  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000473434  unclonable  0.00000000000278938 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  217  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
125 aa  216  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  216  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  216  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03193  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000163524  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3644  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000993601  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3816  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000929578  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03144  hypothetical protein  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000164791  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000085622  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4651  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000289179  normal  0.0331168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3538  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.3416399999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3753  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00207543  normal  0.0353577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3645  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3759  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000474528  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3716  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000501374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3623  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000437781  hitchhiker  0.00102152 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3811  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  215  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000707874  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0398  ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  216  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000213628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  215  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00698  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  214  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000175527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0600  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  215  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00583114  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1683  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  215  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  215  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  214  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012429  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0762  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  214  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
126 aa  214  4e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042248  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  214  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000516158  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0453  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  214  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  214  4e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000880258  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  214  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  213  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000103775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  213  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  7e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1647  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  213  7e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000349263  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0358  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0968074  normal  0.576972 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  212  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00057  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3830  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
125 aa  211  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0290  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000638987  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4010  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000175361  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002297  SSU ribosomal protein S12p (S23e)  84.55 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000970736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0449  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245069  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4754  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0069971  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4551  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187962  normal  0.158783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  210  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0482  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00887343  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3914  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.455657  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  211  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000292606  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  4.9999999999999996e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4322  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00668981  unclonable  0.000000000093676 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2771  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000785263  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0226  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  209  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1244  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0194  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  209  7e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0259871  hitchhiker  0.00000480785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0189  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  209  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.019095  decreased coverage  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  209  7e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5084  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  209  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000372419  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4465  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  209  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  209  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4061  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000816625  hitchhiker  0.00000101857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0479  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135027  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0696  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  209  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  209  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0191  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00539976  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0195  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00503179  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  209  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5075  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  208  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.27607  normal  0.189155 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0165  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  208  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000589821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>