268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0308 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  2.91052e-05  hitchhiker  6.58966e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  5.22223e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.1625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  96.34 
 
 
85 bp  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  93.98 
 
 
87 bp  125  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.71426e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.42624e-10  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  93.83 
 
 
81 bp  121  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.66479e-09  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  9.11406e-05  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  6.04621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.4302e-07  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.71771e-08  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.16023e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.67845e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  9.86876e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.73726e-09  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  7.20201e-08  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  4.07125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.9467e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.791e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
85 bp  119  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
85 bp  119  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.87423e-09  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
85 bp  119  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
85 bp  119  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  4.87503e-06  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  6.39751e-07  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.78827e-09  hitchhiker  1.41998e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0004  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000171597  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.58457e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
88 bp  105  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  6.18223e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  94.03 
 
 
85 bp  101  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  90.7 
 
 
86 bp  99.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
82 bp  99.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>