More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0182 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
298 aa  600  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
298 aa  600  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  43.62 
 
 
286 aa  206  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  38.4 
 
 
273 aa  197  3e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 
284 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  42.22 
 
 
279 aa  190  2e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 
290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  41.67 
 
 
283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  43.26 
 
 
286 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  44.81 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 
298 aa  179  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
308 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.2 
 
 
290 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
277 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  43.45 
 
 
286 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 
289 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
277 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.12 
 
 
298 aa  177  3e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
277 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 
277 aa  175  8e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 
278 aa  175  8e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 
289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
277 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
298 aa  172  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 
277 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
277 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
277 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  43.23 
 
 
289 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  45.71 
 
 
283 aa  169  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 
288 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
280 aa  168  8e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
288 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 
276 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 
289 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  41.33 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 
276 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  42.16 
 
 
284 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 
284 aa  165  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  45.21 
 
 
278 aa  165  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 
275 aa  165  9e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 
292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 
280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 
278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  40.67 
 
 
288 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 
279 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 
278 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
293 aa  159  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 
286 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
285 aa  158  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 
279 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 
283 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 
280 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
279 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
279 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 
288 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  37.26 
 
 
280 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 
280 aa  155  7e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
277 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
285 aa  155  1e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
315 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  39.71 
 
 
280 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.47 
 
 
301 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.51 
 
 
276 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
301 aa  152  5e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 
294 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 
280 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
285 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 
286 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.33 
 
 
297 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  43.51 
 
 
282 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
269 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 
289 aa  150  4e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  42.18 
 
 
290 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 
279 aa  149  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 
279 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 
271 aa  148  8e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 
277 aa  148  9e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 
291 aa  148  9e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 
290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  43.63 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.55 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  37.68 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.55 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
297 aa  146  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 
271 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.89 
 
 
290 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
289 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 
286 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 
273 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>