More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0056 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4002  aspartyl-tRNA synthetase  61.84 
 
 
591 aa  749  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2030  aspartyl-tRNA synthetase  57.68 
 
 
595 aa  700  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.019591  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2096  aspartyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
590 aa  684  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.356263  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1959  aspartyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
590 aa  684  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9398  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01597  aspartyl-tRNA synthetase  58.56 
 
 
592 aa  696  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0423  aspartyl-tRNA synthetase  61.43 
 
 
610 aa  767  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  9.68757e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2035  aspartyl-tRNA synthetase  59.28 
 
 
598 aa  705  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.1996  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2307  aspartyl-tRNA synthetase  58.22 
 
 
592 aa  717  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.41226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4545  aspartyl-tRNA synthetase  62.69 
 
 
590 aa  754  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.486893  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2187  aspartyl-tRNA synthetase  60.17 
 
 
590 aa  742  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.46204e-05  normal  0.319945 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2781  aspartyl-tRNA synthetase  58.63 
 
 
593 aa  691  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.332179  normal  0.0858323 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2366  aspartyl-tRNA synthetase  57.68 
 
 
597 aa  704  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00207934  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0670  aspartyl-tRNA synthetase  53.89 
 
 
597 aa  647  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  4.45499e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1320  aspartyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
590 aa  684  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1766  aspartyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
590 aa  684  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.836624  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2148  aspartyl-tRNA synthetase  59.28 
 
 
598 aa  706  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4205  aspartyl-tRNA synthetase  61.84 
 
 
591 aa  751  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103347  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2426  aspartyl-tRNA synthetase  59.28 
 
 
598 aa  705  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0626295  normal  0.119978 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1751  aspartyl-tRNA synthetase  61.6 
 
 
590 aa  768  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.2582e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0574  aspartyl-tRNA synthetase  62.61 
 
 
600 aa  756  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0673836  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5453  aspartyl-tRNA synthetase  60.58 
 
 
600 aa  741  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2423  aspartyl-tRNA synthetase  58.05 
 
 
592 aa  715  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  6.67018e-05  normal  0.106149 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1720  aspartyl-tRNA synthetase  53.05 
 
 
588 aa  639  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  2.19088e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0991  aspartyl-tRNA synthetase  60.1 
 
 
601 aa  735  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.25703e-08  unclonable  1.15783e-09 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1242  aspartyl-tRNA synthetase  61.67 
 
 
591 aa  749  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.276348  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2326  aspartyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 
600 aa  759  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1070  aspartyl-tRNA synthetase  62.58 
 
 
599 aa  758  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.17773 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2226  aspartyl-tRNA synthetase  64.29 
 
 
617 aa  773  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.544329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1326  aspartyl-tRNA synthetase  60.34 
 
 
604 aa  722  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.012055 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2752  aspartyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 
600 aa  759  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0874  aspartyl-tRNA synthetase  60.5 
 
 
603 aa  740  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.104539  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0787  aspartyl-tRNA synthetase  61.76 
 
 
605 aa  758  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.574625  normal  0.685476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3637  aspartyl-tRNA synthetase  60.34 
 
 
604 aa  733  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0028  aspartyl-tRNA synthetase  53.99 
 
 
610 aa  637  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.607813  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2038  aspartyl-tRNA synthetase  58.05 
 
 
592 aa  715  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.323108  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0675  aspartyl-tRNA synthetase  62.27 
 
 
600 aa  756  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0691  aspartyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 
600 aa  759  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.832914  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1687  aspartyl-tRNA synthetase  53.05 
 
 
588 aa  639  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  2.35097e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2196  aspartyl-tRNA synthetase  55.8 
 
 
593 aa  660  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.00775e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0735  aspartyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 
591 aa  726  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.82007e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1268  aspartyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 
591 aa  741  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132766  normal  0.965215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1935  aspartyl-tRNA synthetase  58.73 
 
 
592 aa  721  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0176325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2434  aspartyl-tRNA synthetase  56.58 
 
 
590 aa  678  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0126074  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1892  aspartyl-tRNA synthetase  63.11 
 
 
599 aa  777  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00404218  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2079  aspartyl-tRNA synthetase  57.68 
 
 
592 aa  697  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.725699  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2406  aspartyl-tRNA synthetase  62.44 
 
 
600 aa  759  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1707  aspartyl-tRNA synthetase  65.76 
 
 
599 aa  791  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  4.68378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2575  aspartyl-tRNA synthetase  58.02 
 
 
595 aa  706  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.63507e-05  hitchhiker  0.000702641 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0514  aspartyl-tRNA synthetase  63.14 
 
 
594 aa  774  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0356  aspartyl-tRNA synthetase  63.62 
 
 
623 aa  775  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2506  aspartyl-tRNA synthetase  54.28 
 
 
594 aa  637  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  2.73748e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4122  aspartyl-tRNA synthetase  61.28 
 
 
601 aa  736  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154751  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36730  aspartyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 
591 aa  754  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0593  aspartyl-tRNA synthetase  52.72 
 
 
594 aa  635  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00934088  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0803  aspartyl-tRNA synthetase  60.5 
 
 
603 aa  740  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.979885  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2240  aspartyl-tRNA synthetase  63.34 
 
 
592 aa  794  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12140  Aspartyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 
590 aa  662  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.46901e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0010  aspartyl-tRNA synthetase  55 
 
 
627 aa  655  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.000218304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2160  aspartyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
601 aa  702  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01825  hypothetical protein  57.07 
 
 
590 aa  684  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.765739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2262  aspartyl-tRNA synthetase  58.73 
 
 
596 aa  706  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.410754  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003926  aspartyl-tRNA synthetase  58.22 
 
 
592 aa  687  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0156949  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0475  aspartyl-tRNA synthetase  63.33 
 
 
596 aa  780  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  6.26629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2099  aspartyl-tRNA synthetase  58.73 
 
 
598 aa  699  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1673  aspartyl-tRNA synthetase  55.99 
 
 
597 aa  651  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0014  aspartyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 
602 aa  645  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2279  aspartyl-tRNA synthetase  53.83 
 
 
608 aa  644  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.16393e-05  hitchhiker  1.31011e-08 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2839  aspartyl-tRNA synthetase  56.8 
 
 
598 aa  665  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1322  aspartyl-tRNA synthetase  55.03 
 
 
593 aa  655  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34967e-29 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1815  aspartyl-tRNA synthetase  58.56 
 
 
598 aa  698  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0056  aspartyl-tRNA synthetase  100 
 
 
596 aa  1214  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.524796  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2040  aspartyl-tRNA synthetase  58.22 
 
 
592 aa  717  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00291501  hitchhiker  1.15872e-07 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1170  aspartyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 
599 aa  759  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0150  aspartyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 
602 aa  636  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00425968  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1292  aspartyl-tRNA synthetase  52.9 
 
 
585 aa  643  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0341  aspartyl-tRNA synthetase  63.62 
 
 
623 aa  774  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0656  aspartyl-tRNA synthetase  61.76 
 
 
599 aa  761  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.654045  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1106  aspartyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
590 aa  684  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0381  aspartyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 
599 aa  759  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26589  normal  0.586164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2643  aspartyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 
600 aa  753  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21858  normal  0.167975 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1597  aspartyl-tRNA synthetase  63.11 
 
 
600 aa  775  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.566711 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4013  aspartyl-tRNA synthetase  62.31 
 
 
598 aa  771  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44023e-06 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1622  aspartyl-tRNA synthetase  55.57 
 
 
598 aa  663  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.05655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3132  aspartyl-tRNA synthetase  55.03 
 
 
583 aa  645  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2060  aspartyl-tRNA synthetase  56.83 
 
 
590 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0198036 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2602  aspartyl-tRNA synthetase  57.24 
 
 
590 aa  685  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.445839  normal  0.911145 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1886  aspartyl-tRNA synthetase  56.39 
 
 
591 aa  681  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0057  aspartyl-tRNA synthetase  100 
 
 
596 aa  1214  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  2.41419e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1346  aspartyl-tRNA synthetase  56.83 
 
 
590 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0494228  hitchhiker  0.00190768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1222  aspartyl-tRNA synthetase  56.83 
 
 
590 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2903  aspartyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 
593 aa  653  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.05553e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01727  aspartyl-tRNA synthetase  60.38 
 
 
586 aa  720  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2055  aspartyl-tRNA synthetase  56.83 
 
 
590 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2115  aspartyl-tRNA synthetase  56.83 
 
 
590 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00789525 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2752  aspartyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 
600 aa  753  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314882  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6052  aspartyl-tRNA synthetase  62.27 
 
 
600 aa  754  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1844  aspartyl-tRNA synthetase  63.03 
 
 
592 aa  750  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00295429  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1183  aspartyl-tRNA synthetase  59.4 
 
 
608 aa  737  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  9.58333e-05  hitchhiker  0.00287943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1406  aspartyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 
591 aa  763  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  2.71682e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0378  aspartyl-tRNA synthetase  62.61 
 
 
602 aa  769  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.074249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>