More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0039 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0040  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  99.79 
 
 
481 aa  943  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0039  RND efflux system, drug efflux transporter, outer membrane lipoprotein  100 
 
 
484 aa  952  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.29 
 
 
477 aa  173  8e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0863  RND efflux system, drug efflux transporter, outer membrane lipoprotein  32.29 
 
 
477 aa  173  8e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.353434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2738  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  29.19 
 
 
501 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2361  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.63 
 
 
478 aa  142  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2406  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.63 
 
 
478 aa  142  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144129  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2410  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.63 
 
 
478 aa  142  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2317  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.63 
 
 
478 aa  142  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2518  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.63 
 
 
478 aa  142  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.470192  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1724  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.42 
 
 
515 aa  140  4e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0905  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  28.31 
 
 
478 aa  136  7e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.601202  normal  0.184806 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0860  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.04 
 
 
490 aa  135  1e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2273  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  27.9 
 
 
478 aa  135  2e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2428  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  27.9 
 
 
478 aa  135  2e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1509  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  27.9 
 
 
478 aa  135  2e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  27.35 
 
 
519 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3265  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  27.9 
 
 
478 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0833  multidrug resistance outer membrane protein MdtQ  27.7 
 
 
478 aa  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.23 
 
 
509 aa  133  7e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  28.64 
 
 
489 aa  131  2e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5588  putative outer membrane efflux protein MdtP  28.48 
 
 
488 aa  130  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02068  predicted outer membrane protein  28.22 
 
 
454 aa  129  9e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.5 
 
 
498 aa  129  1e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.5 
 
 
498 aa  129  1e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.97 
 
 
498 aa  128  2e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.49 
 
 
509 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.99 
 
 
498 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3186  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
502 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.753905  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.75 
 
 
498 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03912  hypothetical protein  29.11 
 
 
488 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3947  putative outer membrane efflux protein MdtP  29.11 
 
 
488 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3912  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.11 
 
 
488 aa  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03952  predicted outer membrane factor of efflux pump  29.11 
 
 
488 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
514 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
498 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0323  Fis family transcriptional regulator  33.15 
 
 
556 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.362622 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
493 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1637  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.65 
 
 
502 aa  124  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.774452  hitchhiker  0.00150735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.54 
 
 
498 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
527 aa  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6556  putative outer membrane efflux protein MdtP  29.39 
 
 
494 aa  123  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.96 
 
 
498 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.96 
 
 
514 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1468  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
576 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0413  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
582 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.783273  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
582 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0935  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
593 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.96 
 
 
498 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.96 
 
 
498 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4544  putative outer membrane efflux protein MdtP  28.69 
 
 
488 aa  122  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1700  putative fusaric acid efflux protein  28.66 
 
 
585 aa  121  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1854  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
615 aa  122  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1678  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.66 
 
 
594 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1211  hypothetical protein  29.49 
 
 
496 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4325  putative outer membrane efflux protein MdtP  28.48 
 
 
488 aa  120  4e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2815  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.97 
 
 
502 aa  120  4e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.449733 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4637  putative outer membrane efflux protein MdtP  28.48 
 
 
488 aa  120  4e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
480 aa  120  5e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125917  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2023  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.9 
 
 
514 aa  120  5e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4278  NodT family outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 
483 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872817  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3582  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  26.24 
 
 
502 aa  120  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229082  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  29.6 
 
 
475 aa  118  2e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2417  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.74 
 
 
699 aa  119  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.83 
 
 
504 aa  118  2e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.48 
 
 
507 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2625  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  28.48 
 
 
601 aa  118  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4022  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
502 aa  118  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68120  putative outer membrane protein precursor  27.1 
 
 
492 aa  117  4e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00816319  normal  0.0233424 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.43 
 
 
490 aa  116  7e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0651418  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1346  aromatic acid efflux system, outer membrane lipoprotein  28.66 
 
 
514 aa  115  2e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.65009 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.02 
 
 
483 aa  115  2e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.248268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5896  outer membrane protein  28.26 
 
 
490 aa  115  2e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.19 
 
 
702 aa  115  2e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.63 
 
 
495 aa  115  2e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1582  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.81 
 
 
515 aa  115  2e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2912  hypothetical protein  27.25 
 
 
533 aa  115  2e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein  27.71 
 
 
504 aa  115  2e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174506  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01155  outer membrane efflux protein  30.71 
 
 
505 aa  114  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269459  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2781  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.71 
 
 
604 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193053  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02026  hypothetical protein  28.95 
 
 
362 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0263  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.12 
 
 
517 aa  113  8e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0258  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.12 
 
 
517 aa  112  1e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.389882  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1287  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.66 
 
 
498 aa  112  1e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.51 
 
 
482 aa  112  1e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3114  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.81 
 
 
475 aa  112  2e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.28 
 
 
482 aa  112  2e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  27.33 
 
 
479 aa  111  2e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  31.21 
 
 
470 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  28.06 
 
 
479 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.99 
 
 
482 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.14 
 
 
494 aa  110  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.63 
 
 
491 aa  110  7e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00975176  normal  0.397095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.53 
 
 
484 aa  110  7e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 
504 aa  110  8e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0319738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  32.08 
 
 
480 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4460  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.51 
 
 
509 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4888  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.65 
 
 
482 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.595836  normal  0.509529 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.94 
 
 
495 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.77 
 
 
495 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>