More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0031 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0032  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
451 aa  890  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.189606 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0031  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
451 aa  890  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.785205  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  49.56 
 
 
458 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  47.25 
 
 
475 aa  376  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  50.67 
 
 
446 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  45.98 
 
 
446 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  46.55 
 
 
446 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 
448 aa  364  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  46.09 
 
 
456 aa  362  8e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  46.48 
 
 
452 aa  361  2e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  49.56 
 
 
455 aa  358  1e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  48.46 
 
 
456 aa  358  1e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  46.29 
 
 
452 aa  357  2e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  46.29 
 
 
473 aa  357  2e-97  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  48.03 
 
 
456 aa  355  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  49.34 
 
 
456 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  46.85 
 
 
458 aa  353  4e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  45.67 
 
 
453 aa  353  5e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  49.13 
 
 
455 aa  352  6e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  49.13 
 
 
456 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  47.15 
 
 
452 aa  351  2e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  47.58 
 
 
454 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.96641e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  44.69 
 
 
459 aa  350  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.79125e-09 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  46.77 
 
 
453 aa  350  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  47.58 
 
 
454 aa  349  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  47.58 
 
 
454 aa  349  5e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.80111e-06  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2599  tRNA modification GTPase TrmE  48.77 
 
 
437 aa  346  6e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.157289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  47.36 
 
 
454 aa  345  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  44.86 
 
 
455 aa  345  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  48.8 
 
 
453 aa  343  4e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  46.48 
 
 
454 aa  343  4e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  46.75 
 
 
454 aa  343  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  48.92 
 
 
456 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  46.97 
 
 
454 aa  342  7e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  46.97 
 
 
454 aa  342  7e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  46.97 
 
 
454 aa  342  7e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  48.25 
 
 
455 aa  342  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  46.48 
 
 
454 aa  342  8e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  46.97 
 
 
454 aa  342  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  46.83 
 
 
454 aa  341  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  46.46 
 
 
448 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  44.49 
 
 
453 aa  341  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  3.63316e-06 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  45.32 
 
 
462 aa  340  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  44.49 
 
 
457 aa  341  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  46.75 
 
 
454 aa  340  3e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  46.75 
 
 
454 aa  340  3e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  46.75 
 
 
454 aa  340  3e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  45.3 
 
 
464 aa  340  4e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.10293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  48.55 
 
 
455 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  44.1 
 
 
453 aa  338  9e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  45.83 
 
 
454 aa  338  1e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  45.51 
 
 
478 aa  338  1e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 
478 aa  338  2e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  44.32 
 
 
453 aa  337  2e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  46.54 
 
 
454 aa  337  3e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  45.65 
 
 
467 aa  337  3e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  45.65 
 
 
467 aa  337  3e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  45.65 
 
 
467 aa  337  3e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  46.05 
 
 
454 aa  336  4e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  44.05 
 
 
453 aa  337  4e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.14268e-09 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  46.05 
 
 
454 aa  336  4e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  48.34 
 
 
448 aa  336  5e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  43.67 
 
 
453 aa  336  5e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  1.4804e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  48.21 
 
 
444 aa  335  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4041  tRNA modification GTPase TrmE  50.66 
 
 
449 aa  334  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.934487  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  47.71 
 
 
456 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  44.27 
 
 
453 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  47.72 
 
 
456 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  44.49 
 
 
453 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  44.49 
 
 
466 aa  333  3e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  47.72 
 
 
456 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  50.78 
 
 
446 aa  333  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  44.27 
 
 
453 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  4.30527e-12 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  44.05 
 
 
453 aa  333  4e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  44.84 
 
 
453 aa  333  4e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  3.23985e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  44.05 
 
 
479 aa  332  7e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  44.05 
 
 
453 aa  332  7e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  43.52 
 
 
453 aa  330  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  2.48868e-06 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  46.89 
 
 
446 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  45.67 
 
 
464 aa  329  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  45.89 
 
 
464 aa  328  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  2.46642e-07 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  45.67 
 
 
489 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  45.34 
 
 
469 aa  328  9e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  45.45 
 
 
464 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2472  tRNA modification GTPase TrmE  45.57 
 
 
487 aa  327  3e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000689916 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  45.24 
 
 
464 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  45.41 
 
 
464 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  45.24 
 
 
464 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2312  tRNA modification GTPase TrmE  48.34 
 
 
451 aa  325  7e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00480658  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  45.67 
 
 
464 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  45.43 
 
 
466 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34747e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  42.73 
 
 
455 aa  324  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2222  tRNA modification GTPase TrmE  48.12 
 
 
451 aa  323  4e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  4.18588e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  44.63 
 
 
475 aa  323  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2143  tRNA modification GTPase TrmE  45.14 
 
 
478 aa  323  5e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0104732  hitchhiker  0.000152188 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  45.4 
 
 
486 aa  320  2e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  48.33 
 
 
446 aa  321  2e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2387  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 
465 aa  321  2e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.188748  hitchhiker  0.000106684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  42.95 
 
 
453 aa  320  4e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  45.2 
 
 
464 aa  319  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0533201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>