108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0018 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
349 aa  715  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  100 
 
 
349 aa  715  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  36.62 
 
 
341 aa  196  4e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  36.62 
 
 
341 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  32.7 
 
 
341 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  31.75 
 
 
341 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  31.61 
 
 
345 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  32.06 
 
 
341 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  34.89 
 
 
338 aa  176  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  35.38 
 
 
341 aa  175  9e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  33.6 
 
 
401 aa  175  1e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  33.12 
 
 
345 aa  172  7e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  31.15 
 
 
341 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  31.94 
 
 
350 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  32.01 
 
 
338 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  33.12 
 
 
383 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  30.26 
 
 
352 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  31.32 
 
 
349 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.12 
 
 
389 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  32.27 
 
 
420 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.11 
 
 
393 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  31.2 
 
 
405 aa  152  6e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  29.49 
 
 
430 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  31.93 
 
 
409 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 
417 aa  149  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 
408 aa  149  1e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  31.86 
 
 
388 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  29.8 
 
 
345 aa  142  9e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  27.06 
 
 
343 aa  142  1e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  29.8 
 
 
345 aa  142  1e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
426 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  29.33 
 
 
367 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  29.44 
 
 
419 aa  139  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  31.94 
 
 
403 aa  135  7e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  29.36 
 
 
394 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  28.32 
 
 
333 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  30.54 
 
 
395 aa  133  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  30.54 
 
 
364 aa  132  1e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.65 
 
 
368 aa  131  2e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  28.42 
 
 
365 aa  131  2e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.01 
 
 
369 aa  130  5e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  28.74 
 
 
346 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.49 
 
 
391 aa  129  7e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  28.88 
 
 
358 aa  129  1e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  28.62 
 
 
387 aa  129  1e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  28.79 
 
 
364 aa  128  2e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.78 
 
 
374 aa  126  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  25.44 
 
 
361 aa  125  8e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  28.12 
 
 
360 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  26.89 
 
 
377 aa  124  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  29.94 
 
 
390 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.14 
 
 
376 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  26.46 
 
 
377 aa  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  29.32 
 
 
364 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.42 
 
 
376 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  28.14 
 
 
376 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  28.32 
 
 
376 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  27.86 
 
 
353 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  27.09 
 
 
362 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  26.27 
 
 
369 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  28.93 
 
 
367 aa  120  5e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  26.06 
 
 
378 aa  118  2e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 
374 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 
374 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  27.01 
 
 
374 aa  115  1e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.41 
 
 
359 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  27.54 
 
 
331 aa  113  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  26.12 
 
 
366 aa  110  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.62 
 
 
339 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  25.71 
 
 
377 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  28.45 
 
 
440 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  28.16 
 
 
440 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  28.45 
 
 
440 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.79 
 
 
429 aa  99.8  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  25.56 
 
 
384 aa  94.4  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  24.86 
 
 
340 aa  92  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  25.28 
 
 
384 aa  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 
333 aa  89.7  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  26.42 
 
 
435 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  24.52 
 
 
335 aa  87.4  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  29.32 
 
 
329 aa  82.4  1e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 
335 aa  77.8  2e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  27.85 
 
 
338 aa  75.1  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  23.91 
 
 
394 aa  70.5  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  44.64 
 
 
219 aa  52.8  1e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0420  Curli production assembly/transport component CsgG  30.3 
 
 
321 aa  50.1  6e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.690548  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 
143 aa  50.1  6e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0419  Curli production assembly/transport component CsgG  30.3 
 
 
321 aa  49.7  7e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  35.05 
 
 
307 aa  48.9  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  3.33433e-07 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  36.54 
 
 
377 aa  48.5  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0706  Peptidoglycan-binding LysM  38.1 
 
 
204 aa  47.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.07759e-24 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  36.21 
 
 
156 aa  46.6  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0391  curli production assembly/transport component CsgG  28.28 
 
 
320 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 
1051 aa  45.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0769  hypothetical protein  42.86 
 
 
439 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0668153  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  30.86 
 
 
543 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0695  Peptidoglycan-binding LysM  38.2 
 
 
200 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0218579  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  42.55 
 
 
357 aa  45.1  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3644  curli production assembly/transport component CsgG  37.04 
 
 
340 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.8014  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>