More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0015 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  46.41 
 
 
758 aa  642  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  49.5 
 
 
904 aa  640  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  53.37 
 
 
924 aa  654  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  45.32 
 
 
853 aa  671  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  57.4 
 
 
815 aa  711  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  44 
 
 
691 aa  641  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  59.31 
 
 
845 aa  770  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  50 
 
 
894 aa  651  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  58.81 
 
 
765 aa  924  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  57.4 
 
 
815 aa  712  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  53.67 
 
 
779 aa  861  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  45.19 
 
 
831 aa  652  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  46.22 
 
 
697 aa  640  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  1.08626e-08 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  50.29 
 
 
915 aa  650  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  51.6 
 
 
836 aa  705  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  2.44427e-09 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  50.22 
 
 
894 aa  641  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  47.21 
 
 
696 aa  642  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  46.38 
 
 
747 aa  648  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  62.58 
 
 
823 aa  750  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  49.19 
 
 
849 aa  636  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  54.5 
 
 
776 aa  870  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  6.97651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  54.09 
 
 
783 aa  870  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  45.81 
 
 
767 aa  662  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  100 
 
 
851 aa  1761  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  45.64 
 
 
813 aa  664  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  59.28 
 
 
830 aa  733  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  100 
 
 
851 aa  1761  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  50.44 
 
 
977 aa  640  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  50.59 
 
 
867 aa  638  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  45.63 
 
 
760 aa  655  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  50.6 
 
 
780 aa  683  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.73362e-05  unclonable  4.69192e-08 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  59.94 
 
 
797 aa  770  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  47.18 
 
 
748 aa  656  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  3.72801e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  45.76 
 
 
831 aa  657  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  49.64 
 
 
909 aa  637  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  58.19 
 
 
799 aa  727  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  49.07 
 
 
914 aa  636  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  55.61 
 
 
758 aa  872  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.70299e-09  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  58.68 
 
 
765 aa  921  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  4.3689e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  47.7 
 
 
816 aa  651  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  44 
 
 
691 aa  641  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  60.81 
 
 
834 aa  749  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  61.37 
 
 
854 aa  750  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  50.29 
 
 
891 aa  639  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  45.18 
 
 
758 aa  668  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.50772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  50.15 
 
 
877 aa  637  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  45.82 
 
 
711 aa  654  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  54.82 
 
 
756 aa  875  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.24271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  45.63 
 
 
831 aa  655  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  59.74 
 
 
759 aa  956  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  59.33 
 
 
824 aa  741  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  61.08 
 
 
768 aa  978  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  54.68 
 
 
857 aa  710  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  56.41 
 
 
758 aa  878  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.37338e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  45.29 
 
 
751 aa  636  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  50 
 
 
896 aa  642  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  54.91 
 
 
841 aa  863  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  56.22 
 
 
757 aa  878  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  59.74 
 
 
759 aa  956  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  45.2 
 
 
710 aa  644  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  50.27 
 
 
789 aa  689  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  61.48 
 
 
783 aa  773  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  53.67 
 
 
779 aa  861  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.91579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  46.18 
 
 
793 aa  658  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0816  DNA topoisomerase I  44.93 
 
 
689 aa  649  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.996687  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  49.43 
 
 
911 aa  635  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  47.8 
 
 
820 aa  635  1e-180  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  49.85 
 
 
877 aa  634  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  49.16 
 
 
914 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  49.71 
 
 
913 aa  632  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  49.86 
 
 
922 aa  631  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  49.2 
 
 
910 aa  629  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  49.35 
 
 
910 aa  631  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  49.06 
 
 
888 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  46.49 
 
 
836 aa  625  1e-178  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  49.36 
 
 
911 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  48.31 
 
 
901 aa  626  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  46.28 
 
 
746 aa  626  1e-178  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  48.68 
 
 
885 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  49.22 
 
 
911 aa  622  1e-177  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  49.27 
 
 
961 aa  623  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  47.44 
 
 
820 aa  624  1e-177  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  49.64 
 
 
916 aa  625  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  43.18 
 
 
697 aa  622  1e-176  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  44.87 
 
 
894 aa  619  1e-176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  43.56 
 
 
859 aa  622  1e-176  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  48.81 
 
 
936 aa  620  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  44.41 
 
 
691 aa  619  1e-176  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.53126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  47.07 
 
 
849 aa  615  1e-175  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  46.02 
 
 
869 aa  615  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  48.92 
 
 
852 aa  613  1e-174  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  47.63 
 
 
884 aa  612  1e-174  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2485  DNA topoisomerase I  43.68 
 
 
692 aa  615  1e-174  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.95417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1312  DNA topoisomerase I  44.09 
 
 
692 aa  613  1e-174  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  8.76522e-06  unclonable  7.60195e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3656  DNA topoisomerase I  43.95 
 
 
692 aa  612  1e-174  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000216314  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3684  DNA topoisomerase I  43.82 
 
 
692 aa  615  1e-174  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0116868  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3574  DNA topoisomerase I  43.68 
 
 
692 aa  614  1e-174  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  2.6995e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3592  DNA topoisomerase I  43.82 
 
 
692 aa  615  1e-174  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00080901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3971  DNA topoisomerase I  43.82 
 
 
692 aa  615  1e-174  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  5.71341e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  47.99 
 
 
884 aa  615  1e-174  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>