More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_R0029 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  96.83 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 87 bp  103  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 85 bp  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  95.24 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 85 bp  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 85 bp  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 85 bp  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  95.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  95.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 86 bp  93.7  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 86 bp  93.7  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  90.28 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  90.28 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0016  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>