More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_4312 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
513 aa  959    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  93.18 
 
 
513 aa  890    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  91.03 
 
 
513 aa  813    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  73.05 
 
 
519 aa  570  1e-161  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  61.18 
 
 
509 aa  545  1e-154  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  57.73 
 
 
508 aa  524  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  59.57 
 
 
511 aa  523  1e-147  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  56.69 
 
 
534 aa  499  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  58.82 
 
 
527 aa  486  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  57.7 
 
 
507 aa  483  1e-135  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  56.76 
 
 
520 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  56.76 
 
 
520 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  56.76 
 
 
520 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.6 
 
 
522 aa  442  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  55.77 
 
 
512 aa  438  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  55.92 
 
 
537 aa  432  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  51.46 
 
 
507 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  52.22 
 
 
510 aa  424  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  53.8 
 
 
503 aa  417  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.18 
 
 
506 aa  413  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.9 
 
 
592 aa  415  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  52.4 
 
 
539 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  52.9 
 
 
509 aa  409  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  47.54 
 
 
517 aa  350  3e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.69 
 
 
531 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  53.11 
 
 
442 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.98 
 
 
552 aa  281  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.57 
 
 
567 aa  281  3e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  32.26 
 
 
568 aa  280  4e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.49 
 
 
553 aa  259  1e-67  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.74 
 
 
592 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.6 
 
 
610 aa  245  1.9999999999999999e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  31.63 
 
 
546 aa  238  2e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.6 
 
 
550 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.83 
 
 
594 aa  231  3e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.41 
 
 
556 aa  230  4e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.97 
 
 
547 aa  229  6e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.36 
 
 
562 aa  229  7e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  33.75 
 
 
576 aa  226  6e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.8 
 
 
548 aa  223  7e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.42 
 
 
588 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.61 
 
 
582 aa  213  5.999999999999999e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.32 
 
 
573 aa  212  1e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.02 
 
 
573 aa  211  3e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.29 
 
 
601 aa  210  5e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 
603 aa  209  8e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.91 
 
 
590 aa  206  7e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  33.92 
 
 
584 aa  206  1e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.79 
 
 
573 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 
584 aa  204  2e-51  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 
584 aa  205  2e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.49 
 
 
573 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  32.41 
 
 
583 aa  203  5e-51  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  33.76 
 
 
601 aa  203  7e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  31.39 
 
 
549 aa  196  9e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 
598 aa  191  2.9999999999999997e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.99 
 
 
1017 aa  179  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.25 
 
 
583 aa  177  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  33.85 
 
 
550 aa  152  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  30.49 
 
 
530 aa  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  26.61 
 
 
816 aa  145  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  30.63 
 
 
803 aa  145  2e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  35.06 
 
 
531 aa  144  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  31.34 
 
 
552 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  31.57 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  29.37 
 
 
535 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  33.5 
 
 
532 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  28.81 
 
 
664 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.77 
 
 
533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  32.52 
 
 
533 aa  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  37.62 
 
 
522 aa  139  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 
532 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  29.98 
 
 
584 aa  137  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  32.5 
 
 
514 aa  136  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  33.43 
 
 
622 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  35.51 
 
 
622 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  33.02 
 
 
537 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  26.8 
 
 
719 aa  133  6.999999999999999e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  27.36 
 
 
932 aa  133  7.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  35.23 
 
 
630 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 
558 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  32.53 
 
 
542 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  28.86 
 
 
551 aa  130  7.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  34.28 
 
 
558 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 
532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  32.16 
 
 
570 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 
578 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  31.73 
 
 
561 aa  127  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 
648 aa  126  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  33.65 
 
 
568 aa  127  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  31.75 
 
 
542 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  30.89 
 
 
651 aa  124  3e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  29.6 
 
 
538 aa  124  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  31.34 
 
 
574 aa  123  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  24.46 
 
 
545 aa  123  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 
534 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 
552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  32.37 
 
 
572 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  31.52 
 
 
566 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  30.31 
 
 
539 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>