More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_1972 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
307 aa  627  1e-179  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  99.67 
 
 
307 aa  624  1e-178  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  96.42 
 
 
307 aa  608  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  83.06 
 
 
307 aa  527  1e-149  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  67.83 
 
 
299 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  67.12 
 
 
300 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.78 
 
 
300 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  66.11 
 
 
300 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  52.46 
 
 
279 aa  293  3e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  52.61 
 
 
285 aa  286  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  51.23 
 
 
284 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.3 
 
 
280 aa  281  8.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.93 
 
 
285 aa  281  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.35 
 
 
292 aa  277  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.64 
 
 
280 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.72 
 
 
282 aa  268  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.64 
 
 
286 aa  265  5e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.55 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 
295 aa  249  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  46.35 
 
 
350 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  48.4 
 
 
300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  47.22 
 
 
301 aa  242  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  46.55 
 
 
299 aa  240  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  43.99 
 
 
306 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  45.07 
 
 
298 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  45.07 
 
 
298 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.72 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  45.55 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  46.32 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.21 
 
 
474 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.98 
 
 
322 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.98 
 
 
322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.13 
 
 
296 aa  232  5e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.41 
 
 
295 aa  232  6e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.09 
 
 
303 aa  230  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.94 
 
 
433 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  46.26 
 
 
322 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.21 
 
 
340 aa  228  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
300 aa  228  8e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 
297 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 
297 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  45.12 
 
 
357 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.16 
 
 
356 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.94 
 
 
299 aa  226  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  44.01 
 
 
297 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
297 aa  225  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.77 
 
 
299 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.55 
 
 
301 aa  225  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  43.69 
 
 
308 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  43.45 
 
 
306 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  43.99 
 
 
309 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
298 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
303 aa  224  1e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.09 
 
 
326 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.24 
 
 
300 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  43.26 
 
 
360 aa  224  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
303 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  42.57 
 
 
301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.16 
 
 
281 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
296 aa  222  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.14 
 
 
356 aa  221  9e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  43.45 
 
 
309 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  45.16 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  43.1 
 
 
309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  45.16 
 
 
288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
303 aa  219  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.23 
 
 
302 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
303 aa  218  8.999999999999998e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 
285 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  42.23 
 
 
302 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.77 
 
 
389 aa  217  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  42.18 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.18 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.55 
 
 
311 aa  216  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
299 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.55 
 
 
321 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.36 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  38.99 
 
 
297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.18 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  41.11 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  41.97 
 
 
286 aa  212  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
291 aa  212  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  41.82 
 
 
299 aa  211  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  42.12 
 
 
313 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.61 
 
 
313 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  42.09 
 
 
284 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.25 
 
 
313 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
314 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.17 
 
 
286 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
292 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
292 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  40.7 
 
 
288 aa  210  3e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.42 
 
 
285 aa  209  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  41.72 
 
 
311 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.35 
 
 
290 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>