78 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PputGB1_0083  CDS  NC_010322  90257  91189  933  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001666335  normal  0.417966  decreased coverage  6.11556e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0084  CDS  NC_010322  91250  91756  507  peptide deformylase  YP_001666336  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0085  CDS  NC_010322  91963  93060  1098  DNA protecting protein DprA  YP_001666337  normal  0.182517  decreased coverage  6.67659e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0302  CDS  NC_010322  352081  353286  1206  hypothetical protein  YP_001666551  decreased coverage  2.20682e-07  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0336  CDS  NC_010322  388484  389254  771  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  YP_001666585  decreased coverage  3.5876e-13  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0435  CDS  NC_010322  507526  510324  2799  organic solvent tolerance protein  YP_001666682  decreased coverage  0.00337227  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0466  CDS  NC_010322  540864  542063  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001666713  decreased coverage  1.41551e-10  normal  0.218715  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0470  CDS  NC_010322  550458  551651  1194  elongation factor Tu  YP_001666717  decreased coverage  0.00495731  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0471  CDS  NC_010322  551826  552194  369  preprotein translocase subunit SecE  YP_001666718  decreased coverage  0.00697351  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0483  CDS  NC_010322  568379  568690  312  30S ribosomal protein S10  YP_001666730  decreased coverage  0.000151275  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0498  CDS  NC_010322  575185  575577  393  30S ribosomal protein S8  YP_001666745  decreased coverage  1.49249e-07  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0590  CDS  NC_010322  665804  667324  1521  aldehyde dehydrogenase  YP_001666837  decreased coverage  0.00363947  normal  0.154407  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0642  CDS  NC_010322  729468  730961  1494  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  YP_001666889  hitchhiker  4.57228e-09  decreased coverage  1.67809e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0891  CDS  NC_010322  1022096  1022296  201  FeS assembly protein IscX  YP_001667137  normal  decreased coverage  1.54478e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0892  CDS  NC_010322  1022385  1022810  426  nucleoside diphosphate kinase  YP_001667138  normal  decreased coverage  1.98835e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0895  CDS  NC_010322  1024757  1025791  1035  XRE family transcriptional regulator  YP_001667141  normal  decreased coverage  3.31112e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0989  CDS  NC_010322  1125326  1125814  489  RDD domain-containing protein  YP_001667235  decreased coverage  0.00320129  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1187  CDS  NC_010322  1346151  1346399  249  transcriptional regulator PrtN, putative  YP_001667431  decreased coverage  3.26709e-13  normal  0.224267  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1229  CDS  NC_010322  1380985  1382043  1059  hypothetical protein  YP_001667472  normal  decreased coverage  2.35297e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1230  CDS  NC_010322  1382108  1382590  483  CinA domain-containing protein  YP_001667473  normal  decreased coverage  1.25807e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1231  CDS  NC_010322  1382694  1383761  1068  recombinase A  YP_001667474  normal  decreased coverage  1.76903e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1307  CDS  NC_010322  1462524  1462964  441  hypothetical protein  YP_001667550  decreased coverage  5.04633e-14  normal  0.282911  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1381  CDS  NC_010322  1544866  1545771  906  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_001667624  normal  decreased coverage  0.000309254  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1404  CDS  NC_010322  1575478  1576068  591  isochorismatase hydrolase  YP_001667647  decreased coverage  0.00231254  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1481  CDS  NC_010322  1663680  1666940  3261  ribonuclease  YP_001667722  decreased coverage  0.00984617  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1574  CDS  NC_010322  1773361  1774440  1080  hypothetical protein  YP_001667815  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1599  CDS  NC_010322  1805810  1806376  567  RNA polymerase sigma factor SigX  YP_001667840  hitchhiker  8.68927e-07  decreased coverage  0.00213094  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1600  CDS  NC_010322  1806488  1807522  1035  OmpF family protein  YP_001667841  hitchhiker  5.17848e-08  decreased coverage  0.00289016  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1741  CDS  NC_010322  1956693  1957604  912  hypothetical protein  YP_001667980  normal  decreased coverage  1.97568e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2127  CDS  NC_010322  2376209  2377852  1644  acetolactate synthase  YP_001668364  normal  0.240788  decreased coverage  3.36537e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2178  CDS  NC_010322  2427029  2429281  2253  multi-sensor hybrid histidine kinase  YP_001668415  decreased coverage  0.00477296  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2538  CDS  NC_010322  2850672  2851808  1137  acyl-CoA dehydrogenase type 2  YP_001668773  normal  0.844573  decreased coverage  0.00557828  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2539  CDS  NC_010322  2852019  2852909  891  LysR family transcriptional regulator  YP_001668774  normal  decreased coverage  0.00516112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2543  CDS  NC_010322  2855207  2856181  975  hypothetical protein  YP_001668778  normal  0.393427  decreased coverage  0.00552754  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2544  CDS  NC_010322  2856287  2857174  888  pirin domain-containing protein  YP_001668779  normal  decreased coverage  0.0054252  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2568  CDS  NC_010322  2884449  2885411  963  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  YP_001668803  decreased coverage  0.00217021  normal  0.110427  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2604  CDS  NC_010322  2924234  2924881  648  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001668839  normal  0.526451  decreased coverage  0.0032525  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2754    NC_010322  3089193  3091398  2206      decreased coverage  0.000272762  normal  0.589094  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2829  CDS  NC_010322  3173974  3174309  336  hypothetical protein  YP_001669059  decreased coverage  0.00084686  normal  0.0916172  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2830  CDS  NC_010322  3174377  3174907  531  acetyltransferase  YP_001669060  decreased coverage  0.00579309  normal  0.0978513  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3069  CDS  NC_010322  3423216  3424166  951  AraC family transcriptional regulator  YP_001669297  decreased coverage  0.00244653  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3121  CDS  NC_010322  3495412  3496575  1164  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001669349  decreased coverage  0.00478821  normal  0.275447  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3400  CDS  NC_010322  3837134  3837988  855  prophage antirepressor  YP_001669627  decreased coverage  1.83753e-06  unclonable  1.97476e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3440  CDS  NC_010322  3859901  3860758  858  prophage antirepressor  YP_001669667  decreased coverage  1.05678e-11  unclonable  9.66468e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3518  CDS  NC_010322  3923185  3924480  1296  FAD dependent oxidoreductase  YP_001669745  decreased coverage  0.00768036  normal  0.224647  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3540  CDS  NC_010322  3943722  3944024  303  hypothetical protein  YP_001669767  normal  decreased coverage  0.00970337  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3541  CDS  NC_010322  3944032  3944202  171  hypothetical protein  YP_001669768  normal  0.943177  decreased coverage  0.00953564  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3615  CDS  NC_010322  4015767  4016021  255  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001669842  decreased coverage  0.00635954  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3666  CDS  NC_010322  4081010  4081663  654  XRE family transcriptional regulator  YP_001669893  hitchhiker  1.00264e-09  decreased coverage  1.0366e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3667  CDS  NC_010322  4081794  4082108  315  hypothetical protein  YP_001669894  hitchhiker  9.51062e-12  decreased coverage  7.50539e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3668  CDS  NC_010322  4082541  4083056  516  sigma-70 region 4 type 2  YP_001669895  hitchhiker  1.55217e-09  decreased coverage  1.11348e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3669  CDS  NC_010322  4083218  4084471  1254  arsenical pump membrane protein  YP_001669896  hitchhiker  7.51712e-07  decreased coverage  2.21941e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3722  CDS  NC_010322  4139007  4140614  1608  ABC transporter related  YP_001669948  decreased coverage  0.00680128  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3856  CDS  NC_010322  4301002  4301784  783  hypothetical protein  YP_001670082  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3892  CDS  NC_010322  4338465  4338920  456  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_001670118  decreased coverage  0.00332618  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3894  CDS  NC_010322  4339090  4339857  768  heme exporter protein CcmC  YP_001670120  decreased coverage  0.00141709  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4002  CDS  NC_010322  4455020  4456087  1068  RNA-binding S4 domain-containing protein  YP_001670228  normal  decreased coverage  6.993e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4003  CDS  NC_010322  4456361  4457131  771  segregation and condensation protein B  YP_001670229  normal  0.577747  decreased coverage  5.30322e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4004  CDS  NC_010322  4457118  4457963  846  chromosome segregation and condensation protein ScpA  YP_001670230  normal  decreased coverage  4.71575e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4005  CDS  NC_010322  4457969  4458634  666  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_001670231  normal  decreased coverage  3.84019e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4006  CDS  NC_010322  4458612  4459472  861  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001670232  normal  decreased coverage  4.4787e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4170  CDS  NC_010322  4664438  4664818  381  hypothetical protein  YP_001670394  decreased coverage  4.03496e-14  normal  0.117669  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4447  CDS  NC_010322  4981016  4981867  852  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_001670671  hitchhiker  7.94151e-09  decreased coverage  5.44491e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4448  CDS  NC_010322  4982139  4982516  378  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  YP_001670672  decreased coverage  2.22895e-14  hitchhiker  9.83981e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4449  CDS  NC_010322  4982589  4984022  1434  exonuclease I  YP_001670673  decreased coverage  4.84535e-11  hitchhiker  1.88223e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4490  CDS  NC_010322  5023783  5024244  462  FxsA  YP_001670712  decreased coverage  0.00316913  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4506  CDS  NC_010322  5041609  5042520  912  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001670728  decreased coverage  4.22778e-08  normal  0.536505  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4507  CDS  NC_010322  5042633  5043829  1197  cell division protein FtsZ  YP_001670729  decreased coverage  2.53019e-07  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4746  CDS  NC_010322  5304732  5306126  1395  restriction endonuclease EcoRII  YP_001670968  decreased coverage  0.00392459  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4777  CDS  NC_010322  5342926  5343840  915  histone deacetylase superfamily protein  YP_001670999  decreased coverage  5.99986e-13  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4919  CDS  NC_010322  5486897  5487613  717  ABC transporter related  YP_001671139  hitchhiker  8.00081e-11  decreased coverage  9.03598e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4920  CDS  NC_010322  5487610  5488485  876  ABC transporter related  YP_001671140  hitchhiker  1.08293e-06  decreased coverage  1.10275e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4921  CDS  NC_010322  5488482  5489783  1302  inner-membrane translocator  YP_001671141  normal  0.0573712  decreased coverage  1.82248e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5336  CDS  NC_010322  5960168  5961379  1212  bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  YP_001671553  normal  decreased coverage  0.00359734  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5337  CDS  NC_010322  5961385  5961840  456  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase  YP_001671554  normal  decreased coverage  0.0025141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5338  CDS  NC_010322  5961952  5963352  1401  phosphomannomutase  YP_001671555  normal  decreased coverage  0.00384224  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5396  CDS  NC_010322  6024260  6025675  1416  pyruvate carboxylase subunit A  YP_001671613  normal  decreased coverage  0.00770479  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_R0020  tRNA  NC_010322  551706  551781  76  tRNA-Trp    decreased coverage  0.00786701  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>