88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dd1591_0132  CDS  NC_012912  152049  153944  1896  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  YP_003002504  decreased coverage  0.00107286  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0168  CDS  NC_012912  205810  207204  1395  putative transport protein YifK  YP_003002540  decreased coverage  0.00228239  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0169  CDS  NC_012912  207977  208315  339  steroid delta-isomerase domain-containing protein  YP_003002541  decreased coverage  0.000661955  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0170  CDS  NC_012912  208574  209938  1365  adenylosuccinate lyase  YP_003002542  decreased coverage  0.00265741  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0179  CDS  NC_012912  217804  218772  969  porphobilinogen deaminase  YP_003002551  decreased coverage  0.00121296  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0199  CDS  NC_012912  239427  240776  1350  sn-glycerol-3-phosphate transporter  YP_003002571  decreased coverage  0.000543007  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0359  CDS  NC_012912  396810  397367  558  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  YP_003002728  decreased coverage  0.0044685  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0360  CDS  NC_012912  397357  397929  573  SUA5/yciO/yrdC domain protein  YP_003002729  decreased coverage  0.00353678  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0925  CDS  NC_012912  1073108  1074715  1608  type I restriction-modification system, M subunit  YP_003003282  decreased coverage  0.000528021  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0985  CDS  NC_012912  1137363  1137929  567  fructose-1-phosphatase  YP_003003337  decreased coverage  0.000117667  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0986  CDS  NC_012912  1137926  1138354  429  hypothetical protein  YP_003003338  decreased coverage  9.95466e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_0987  CDS  NC_012912  1138425  1139987  1563  glutamate--cysteine ligase  YP_003003339  decreased coverage  0.000558415  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1029  CDS  NC_012912  1184210  1184698  489  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  YP_003003381  decreased coverage  0.000533716  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1103  CDS  NC_012912  1275626  1276120  495  DNA-binding transcriptional regulator IscR  YP_003003454  decreased coverage  0.00126529  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1127  CDS  NC_012912  1298349  1299812  1464  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  YP_003003478  decreased coverage  0.00407073  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1276  CDS  NC_012912  1446268  1447521  1254  extracellular solute-binding protein family 1  YP_003003618  decreased coverage  0.000485827  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1277  CDS  NC_012912  1447595  1448902  1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_003003619  decreased coverage  0.00078522  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1278  CDS  NC_012912  1448910  1449809  900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_003003620  decreased coverage  0.000378819  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1279  CDS  NC_012912  1449815  1451014  1200  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  YP_003003621  decreased coverage  0.000518384  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1280  CDS  NC_012912  1451151  1453208  2058  Beta-galactosidase  YP_003003622  decreased coverage  0.00156008  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1327  CDS  NC_012912  1509709  1510983  1275  enterobactin exporter EntS  YP_003003669  decreased coverage  0.00590508  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1538  CDS  NC_012912  1755920  1756807  888  flagellar motor protein MotA  YP_003003871  decreased coverage  0.00177397  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1718  CDS  NC_012912  1968809  1969159  351  hypothetical protein  YP_003004050  decreased coverage  0.000856261  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1719  CDS  NC_012912  1969261  1969941  681  ribonuclease T  YP_003004051  decreased coverage  0.00130888  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1720  CDS  NC_012912  1970073  1970480  408  lactoylglutathione lyase  YP_003004052  decreased coverage  0.000901416  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1721    NC_012912  1970736  1970984  249      decreased coverage  0.000733194  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1722  CDS  NC_012912  1971158  1971595  438  transcriptional regulator SlyA  YP_003004053  decreased coverage  0.00118206  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1723  CDS  NC_012912  1972020  1972487  468  17 kDa surface antigen  YP_003004054  decreased coverage  0.00134301  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1830  CDS  NC_012912  2090276  2090407  132  hypothetical protein  YP_003004160  decreased coverage  0.00158156  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1831  CDS  NC_012912  2090417  2090536  120  hypothetical protein  YP_003004161  decreased coverage  0.00163294  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1947  CDS  NC_012912  2229038  2229922  885  HtpX domain protein  YP_003004275  decreased coverage  0.00129769  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_1948  CDS  NC_012912  2230206  2231372  1167  Oligogalacturonide lyase  YP_003004276  decreased coverage  0.000264473  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2070  CDS  NC_012912  2381090  2381710  621  outer membrane lipoprotein LolB  YP_003004395  decreased coverage  0.00533994  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2117  CDS  NC_012912  2439867  2440871  1005  acyltransferase 3  YP_003004440  decreased coverage  0.00661626  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2188  CDS  NC_012912  2513719  2513895  177  hypothetical protein  YP_003004510  decreased coverage  0.00707101  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2190  CDS  NC_012912  2515616  2515939  324  dsDNA-mimic protein  YP_003004512  decreased coverage  0.00748564  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2191  CDS  NC_012912  2516046  2517050  1005  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_003004513  decreased coverage  0.00505633  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2251  CDS  NC_012912  2578628  2579650  1023  high-affinity zinc transporter periplasmic component  YP_003004573  decreased coverage  0.000558415  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2340  CDS  NC_012912  2676443  2677132  690  cytidylate kinase  YP_003004661  decreased coverage  0.000158492  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2447  CDS  NC_012912  2802301  2804073  1773  sulfatase  YP_003004767  decreased coverage  0.00465294  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2448    NC_012912  2804411  2805186  776      decreased coverage  0.00172953  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2450  CDS  NC_012912  2806881  2807627  747  short chain dehydrogenase  YP_003004769  decreased coverage  0.00157623  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2519  CDS  NC_012912  2877780  2878814  1035  ABC transporter related  YP_003004838  decreased coverage  0.00672274  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_2971  CDS  NC_012912  3383506  3383715  210  twin-arginine translocation protein, TatA/E family subunit  YP_003005272  decreased coverage  0.00309368  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3050  CDS  NC_012912  3479281  3479424  144  50S ribosomal protein L36  YP_003005351  decreased coverage  0.00253924  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3072  CDS  NC_012912  3502431  3503900  1470  muropeptide transporter  YP_003005373  decreased coverage  0.000553099  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3073  CDS  NC_012912  3504436  3505389  954  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  YP_003005374  decreased coverage  0.000192778  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3074  CDS  NC_012912  3505410  3507401  1992  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  YP_003005375  decreased coverage  0.000742797  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3157  CDS  NC_012912  3597286  3599703  2418  outer membrane protein assembly factor YaeT  YP_003005458  decreased coverage  0.0017892  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3188  CDS  NC_012912  3629005  3630243  1239  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_003005489  decreased coverage  0.00703451  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3274  CDS  NC_012912  3724263  3725660  1398  histidine kinase  YP_003005573  decreased coverage  0.000371883  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3275  CDS  NC_012912  3725663  3726361  699  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_003005574  decreased coverage  0.000116561  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3276    NC_012912  3726619  3727032  414      decreased coverage  8.18234e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3277  CDS  NC_012912  3727013  3727894  882  cysteine synthase B  YP_003005575  decreased coverage  0.000158492  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3278  CDS  NC_012912  3727983  3728882  900  Dyp-type peroxidase family  YP_003005576  decreased coverage  0.000160029  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3550  CDS  NC_012912  4025932  4027326  1395  hypothetical protein  YP_003005838  decreased coverage  0.00024339  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3551  CDS  NC_012912  4027365  4027772  408  hypothetical protein  YP_003005839  decreased coverage  7.05173e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3552  CDS  NC_012912  4027791  4028903  1113  glycosyl transferase group 1  YP_003005840  decreased coverage  0.000192778  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3787  CDS  NC_012912  4283537  4284286  750  monofunctional biosynthetic peptidoglycan transglycosylase  YP_003006066  decreased coverage  0.000192778  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3788  CDS  NC_012912  4284283  4284936  654  isoprenoid biosynthesis protein with amidotransferase-like domain  YP_003006067  decreased coverage  0.000203972  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3835  CDS  NC_012912  4334798  4335841  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_003006114  decreased coverage  0.00197853  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3836  CDS  NC_012912  4336156  4338102  1947  regulatory protein CsrD  YP_003006115  decreased coverage  0.00572517  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3837  CDS  NC_012912  4338255  4339241  987  quinone oxidoreductase, YhdH/YhfP family  YP_003006116  decreased coverage  0.00134301  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3893  CDS  NC_012912  4400259  4400417  159  hypothetical protein  YP_003006172  decreased coverage  6.24593e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3898  CDS  NC_012912  4410012  4411463  1452  potassium transporter  YP_003006177  decreased coverage  0.000274395  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3899  CDS  NC_012912  4411504  4412118  615  hypothetical protein  YP_003006178  decreased coverage  0.00283954  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_3963  CDS  NC_012912  4482220  4482816  597  nucleoid occlusion protein  YP_003006242  decreased coverage  0.000172432  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4163  CDS  NC_012912  4698125  4698769  645  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  YP_003006438  decreased coverage  0.00525738  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4171  CDS  NC_012912  4712498  4713430  933  ribokinase  YP_003006446  decreased coverage  0.000241058  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4172  CDS  NC_012912  4713507  4714397  891  D-ribose transporter subunit RbsB  YP_003006447  decreased coverage  0.000287299  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4187  CDS  NC_012912  4730661  4731044  384  F0F1 ATP synthase subunit I  YP_003006462  decreased coverage  8.26403e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4189  CDS  NC_012912  4731907  4732146  240  F0F1 ATP synthase subunit C  YP_003006464  decreased coverage  6.79423e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_4267  CDS  NC_012912  4813073  4813213  141  50S ribosomal protein L34  YP_003006536  decreased coverage  5.37896e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0008  tRNA  NC_012912  207352  207428  77  tRNA-Arg    decreased coverage  0.000368398  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0009  tRNA  NC_012912  207511  207586  76  tRNA-His    decreased coverage  0.000412211  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0010  tRNA  NC_012912  207605  207690  86  tRNA-Leu    decreased coverage  0.000415832  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0011  tRNA  NC_012912  207718  207794  77  tRNA-Pro    decreased coverage  0.000391408  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0027  tRNA  NC_012912  1136739  1136831  93  tRNA-Ser    decreased coverage  6.24593e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0028  tRNA  NC_012912  1136839  1136915  77  tRNA-Arg    decreased coverage  5.95949e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0029  tRNA  NC_012912  1136973  1137049  77  tRNA-Arg    decreased coverage  5.79365e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0030  tRNA  NC_012912  1137107  1137183  77  tRNA-Arg    decreased coverage  5.90323e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0031  rRNA  NC_012912  1157791  1159320  1530  16S ribosomal RNA    decreased coverage  0.00344888  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0056  tRNA  NC_012912  2804152  2804228  77  tRNA-Pro    decreased coverage  0.000765486  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0062  tRNA  NC_012912  3356864  3356940  77  tRNA-Met    decreased coverage  0.000650555  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0063  tRNA  NC_012912  3356951  3357035  85  tRNA-Leu    decreased coverage  0.000661955  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0064  tRNA  NC_012912  3357090  3357164  75  tRNA-Gln    decreased coverage  0.00065623  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0065  tRNA  NC_012912  3357201  3357275  75  tRNA-Gln    decreased coverage  0.000612595  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Dd1591_R0091  tRNA  NC_012912  4400071  4400146  76  tRNA-Thr    decreased coverage  6.24593e-05  n/a    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>