124 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
EcDH1_0001  CDS  CP001637  33  1436  1404  chromosomal replication initiator protein DnaA  ACX37702  decreased coverage  1.36922e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0085  CDS  CP001637  87788  88834  1047  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  ACX37783  decreased coverage  3.8978e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0086  CDS  CP001637  88844  89776  933  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  ACX37784  decreased coverage  2.90393e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0193  CDS  CP001637  211869  212471  603  transcriptional regulator, LuxR family  ACX37887  decreased coverage  2.10245e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0284  CDS  CP001637  314435  315730  1296  glucose-1-phosphate adenylyltransferase  ACX37974  decreased coverage  3.50445e-13  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0323  CDS  CP001637  364544  365221  678  Shikimate kinase  ACX38013  decreased coverage  2.63169e-09  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0355  CDS  CP001637  397012  397644  633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  ACX38045  decreased coverage  0.000236327  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0392  CDS  CP001637  430494  430805  312  ribosomal protein S10  ACX38082  decreased coverage  3.18105e-14  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0393  CDS  CP001637  430838  431467  630  ribosomal protein L3  ACX38083  decreased coverage  1.56822e-13  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0394  CDS  CP001637  431478  432083  606  ribosomal protein L4/L1e  ACX38084  decreased coverage  1.62947e-13  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0395  CDS  CP001637  432080  432382  303  Ribosomal protein L25/L23  ACX38085  decreased coverage  2.25919e-14  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0434  CDS  CP001637  453974  454528  555  putative transferase  ACX38124  decreased coverage  1.21267e-13  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0446  CDS  CP001637  472519  473484  966  TIM-barrel protein, nifR3 family  ACX38135  decreased coverage  5.59244e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0475  CDS  CP001637  505113  505541  429  ribosomal protein L13  ACX38163  decreased coverage  3.8374e-15  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0476  CDS  CP001637  505557  505949  393  ribosomal protein S9  ACX38164  decreased coverage  6.01039e-14  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0520  CDS  CP001637  549083  550054  972  Polyprenyl synthetase  ACX38208  decreased coverage  9.96752e-11  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0529  CDS  CP001637  556820  558763  1944  ATP-dependent metalloprotease FtsH  ACX38217  decreased coverage  2.7152e-11  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0750  CDS  CP001637  792709  793416  708  Deoxyribonuclease I  ACX38434  decreased coverage  0.00967955  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0783  CDS  CP001637  828313  828897  585  yecA family protein  ACX38467  decreased coverage  8.63734e-15  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0860  CDS  CP001637  914287  914433  147  conserved hypothetical protein  ACX38543  decreased coverage  4.31011e-16  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_0979  CDS  CP001637  1049848  1051287  1440  beta-lactamase domain protein  ACX38662  decreased coverage  0.00228257  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1007  CDS  CP001637  1079301  1080260  960  Ribonucleoside-diphosphate reductase  ACX38688  decreased coverage  0.00862585  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1061  CDS  CP001637  1133054  1133647  594  Ribulose-phosphate 3-epimerase  ACX38735  decreased coverage  3.7652e-09  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1062  CDS  CP001637  1133702  1134943  1242  protein of unknown function DUF21  ACX38736  decreased coverage  7.90091e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1063  CDS  CP001637  1135009  1135875  867  cytochrome c assembly protein  ACX38737  decreased coverage  5.02411e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1098  CDS  CP001637  1175961  1176440  480  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  ACX38772  decreased coverage  0.00219404  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1099  CDS  CP001637  1176638  1178437  1800  GTP-binding protein LepA  ACX38773  decreased coverage  0.000732833  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1100  CDS  CP001637  1178453  1179427  975  signal peptidase I  ACX38774  decreased coverage  0.00559358  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1159  CDS  CP001637  1248160  1249530  1371  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  ACX38833  decreased coverage  1.02008e-12  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1173  CDS  CP001637  1264941  1265687  747  DnaA regulatory inactivator Hda  ACX38847  decreased coverage  0.00363629  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1259  CDS  CP001637  1356300  1357715  1416  glutamyl-tRNA synthetase  ACX38933  decreased coverage  1.07097e-12  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1306  CDS  CP001637  1406510  1407841  1332  hypothetical protein  ACX38979  decreased coverage  0.00057234  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1373  CDS  CP001637  1475417  1476754  1338  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  ACX39045  decreased coverage  0.00215992  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1374  CDS  CP001637  1476807  1479533  2727  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  ACX39046  decreased coverage  0.00828707  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1442  CDS  CP001637  1560812  1563484  2673  Hpt sensor signal transduction histidine kinase  ACX39112  decreased coverage  3.73023e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1473  CDS  CP001637  1594467  1596227  1761  type III restriction protein res subunit  ACX39143  decreased coverage  8.7246e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1489  CDS  CP001637  1613364  1614494  1131  phosphocarrier, Hpr family  ACX39159  decreased coverage  2.51354e-10  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1500  CDS  CP001637  1626093  1627142  1050  conserved hypothetical protein  ACX39170  decreased coverage  4.52069e-11  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1561  CDS  CP001637  1699655  1700509  855  class II aldolase, tagatose bisphosphate family  ACX39229  decreased coverage  0.00268792  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1563  CDS  CP001637  1701810  1702262  453  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  ACX39231  decreased coverage  0.00172388  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1566  CDS  CP001637  1703780  1705135  1356  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  ACX39233  decreased coverage  0.00428994  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1592  CDS  CP001637  1735841  1736422  582  deoxycytidine triphosphate deaminase  ACX39257  decreased coverage  0.00335404  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1593  CDS  CP001637  1736444  1738297  1854  AsmA family protein  ACX39258  decreased coverage  0.00514431  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1610  CDS  CP001637  1756502  1757896  1395  Undecaprenyl-phosphate glucose phosphotransferase  ACX39275  decreased coverage  1.3392e-12  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1628  CDS  CP001637  1776787  1778193  1407  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  ACX39292  decreased coverage  0.00766748  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1656  CDS  CP001637  1801744  1803276  1533  conserved hypothetical protein  ACX39320  decreased coverage  0.00614982  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1682  CDS  CP001637  1839121  1839903  783  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  ACX39344  decreased coverage  3.61446e-13  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1749  CDS  CP001637  1899435  1900013  579  flagellar transcriptional activator FlhC  ACX39408  decreased coverage  0.0010889  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1750  CDS  CP001637  1900140  1901027  888  flagellar motor protein MotA  ACX39409  decreased coverage  0.00519867  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1783  CDS  CP001637  1934642  1935628  987  periplasmic solute binding protein  ACX39442  decreased coverage  9.35054e-12  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1784  CDS  CP001637  1935644  1936966  1323  Peptidase M23  ACX39443  decreased coverage  4.97391e-10  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1820  CDS  CP001637  1971043  1971252  210  cold-shock DNA-binding domain protein  ACX39478  decreased coverage  3.76643e-12  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1836  CDS  CP001637  1987211  1987906  696  peptidase M22 glycoprotease  ACX39494  decreased coverage  2.8735e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1864  CDS  CP001637  2016049  2016462  414  methionine-R-sulfoxide reductase  ACX39522  decreased coverage  4.80706e-15  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1878  CDS  CP001637  2030470  2031513  1044  selenide, water dikinase  ACX39536  decreased coverage  2.47238e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1879  CDS  CP001637  2031518  2033479  1962  DNA topoisomerase III  ACX39537  decreased coverage  4.11002e-09  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1888  CDS  CP001637  2041239  2042405  1167  extracellular solute-binding protein family 1  ACX39546  decreased coverage  0.00824785  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1924  CDS  CP001637  2077840  2078382  543  translation initiation factor IF-3  ACX39581  decreased coverage  6.76935e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1925  CDS  CP001637  2078479  2078676  198  ribosomal protein L35  ACX39582  decreased coverage  3.59648e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1926  CDS  CP001637  2078729  2079085  357  ribosomal protein L20  ACX39583  decreased coverage  8.81806e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1965  CDS  CP001637  2120821  2121057  237  LPP repeat-containing protein  ACX39622  decreased coverage  8.12979e-16  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1976  CDS  CP001637  2132351  2133607  1257  conserved hypothetical protein  ACX39633  decreased coverage  4.18237e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_1977  CDS  CP001637  2133648  2135021  1374  MATE efflux family protein  ACX39634  decreased coverage  1.739e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2012  CDS  CP001637  2169337  2171559  2223  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  ACX39669  decreased coverage  0.000275301  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2013  CDS  CP001637  2171552  2172130  579  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  ACX39670  decreased coverage  1.44398e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2014  CDS  CP001637  2172130  2172711  582  electron transport complex, RnfABCDGE type, A subunit  ACX39671  decreased coverage  1.34268e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2015  CDS  CP001637  2172788  2173228  441  conserved hypothetical protein  ACX39672  decreased coverage  7.26557e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2036  CDS  CP001637  2196448  2196783  336  GlpM family protein  ACX39693  decreased coverage  0.000115017  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2064  CDS  CP001637  2225770  2226966  1197  integrase family protein  ACX39721  decreased coverage  0.00115414  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2083  CDS  CP001637  2234174  2235223  1050  protein of unknown function DUF1277  ACX39739  decreased coverage  0.000880511  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2084  CDS  CP001637  2235237  2235989  753  antitermination protein  ACX39740  decreased coverage  5.8866e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2141  CDS  CP001637  2288477  2289625  1149  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  ACX39794  decreased coverage  8.30223e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2159  CDS  CP001637  2315402  2315983  582  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  ACX39811  decreased coverage  0.00101458  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2193  CDS  CP001637  2352498  2353997  1500  amino acid permease-associated region  ACX39843  decreased coverage  3.36047e-10  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2229    CP001637  2387765  2388765  1001      decreased coverage  0.00186252  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2265  CDS  CP001637  2435635  2436624  990  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  ACX39912  decreased coverage  0.00127737  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2295  CDS  CP001637  2463685  2464494  810  RecT protein  ACX39939  decreased coverage  1.33363e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2298  CDS  CP001637  2465243  2466478  1236  integrase family protein  ACX39942  decreased coverage  2.53071e-05  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2325  CDS  CP001637  2494163  2495560  1398  protein of unknown function DUF463 YcjX family protein  ACX39969  decreased coverage  1.52241e-11  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2344  CDS  CP001637  2512862  2514127  1266  4-aminobutyrate aminotransferase  ACX39987  decreased coverage  0.00720647  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2383  CDS  CP001637  2555576  2556457  882  PHP domain protein  ACX40026  decreased coverage  0.00108738  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2398  CDS  CP001637  2569408  2570661  1254  TrkA-N domain protein  ACX40041  decreased coverage  0.00329227  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2405  CDS  CP001637  2576864  2578540  1677  extracellular solute-binding protein family 5  ACX40048  decreased coverage  9.00492e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2406  CDS  CP001637  2578779  2579075  297  hypothetical protein  ACX40049  decreased coverage  1.44323e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2415  CDS  CP001637  2588328  2589272  945  Patatin  ACX40056  decreased coverage  0.000138692  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2437  CDS  CP001637  2613508  2614764  1257  glutamyl-tRNA reductase  ACX40077  decreased coverage  3.04893e-09  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2457  CDS  CP001637  2636407  2638143  1737  sodium/hydrogen exchanger  ACX40097  decreased coverage  3.99384e-09  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2516  CDS  CP001637  2687753  2689123  1371  adenylosuccinate lyase  ACX40152  decreased coverage  0.00611502  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2531  CDS  CP001637  2703113  2704312  1200  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  ACX40167  decreased coverage  3.06464e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2597  CDS  CP001637  2768869  2770422  1554  periplasmic glucan biosynthesis protein MdoG  ACX40233  decreased coverage  4.03052e-07  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2610  CDS  CP001637  2779545  2780099  555  cytoplasmic chaperone TorD family protein  ACX40246  decreased coverage  0.000111004  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2611  CDS  CP001637  2780123  2780860  738  PHP domain protein  ACX40247  decreased coverage  5.86023e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2672  CDS  CP001637  2847862  2848980  1119  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  ACX40305  decreased coverage  5.45248e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2697  CDS  CP001637  2874625  2875167  543  protein of unknown function DUF1379  ACX40330  decreased coverage  4.57658e-15  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2720  CDS  CP001637  2904793  2905497  705  chromosome segregation and condensation protein MukE  ACX40353  decreased coverage  6.71612e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2721  CDS  CP001637  2905478  2906800  1323  chromosome segregation and condensation protein MukF  ACX40354  decreased coverage  8.2112e-06  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2733  CDS  CP001637  2919235  2919918  684  cytidylate kinase  ACX40366  decreased coverage  3.97985e-10  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2734  CDS  CP001637  2920091  2920855  765  peptidase M48 Ste24p  ACX40367  decreased coverage  1.5723e-08  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2753  CDS  CP001637  2943906  2947895  3990  cell divisionFtsK/SpoIIIE  ACX40386  decreased coverage  0.000229654  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
EcDH1_2777  CDS  CP001637  2976652  2977167  516  putative lipoprotein  ACX40410  decreased coverage  0.0075332  n/a    Escherichia coli DH1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>