94 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mesil_0084  CDS  NC_014212  83049  85631  2583  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_003683539  decreased coverage  0.000306364  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0430  CDS  NC_014212  439250  439780  531  Ferritin Dps family protein  YP_003683878  decreased coverage  0.00669774  hitchhiker  0.00115538  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0431  CDS  NC_014212  440096  440386  291  histone family protein DNA-binding protein  YP_003683879  decreased coverage  0.00947903  hitchhiker  0.00103246  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0437  CDS  NC_014212  445167  445910  744  protein of unknown function DUF81  YP_003683885  normal  decreased coverage  0.000268887  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0438  CDS  NC_014212  445914  446759  846  lysine biosynthesis enzyme LysX  YP_003683886  normal  decreased coverage  0.00025755  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0450  CDS  NC_014212  454617  455054  438  hypothetical protein  YP_003683898  decreased coverage  9.85974e-05  normal  0.202591  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0577  CDS  NC_014212  564160  564435  276  Spnb5; cytoskeletal protein beta 5  YP_003684014  decreased coverage  6.55872e-07  unclonable  2.3775e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0578    NC_014212  564445  564690  246      decreased coverage  6.19553e-07  unclonable  2.35321e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0686  CDS  NC_014212  673326  673616  291  hypothetical protein  YP_003684110  decreased coverage  4.0035e-07  normal  0.0321377  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0696  CDS  NC_014212  684465  685385  921  Aldose 1-epimerase  YP_003684120  normal  decreased coverage  0.00129327  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0697  CDS  NC_014212  685594  687093  1500  xylulokinase  YP_003684121  normal  decreased coverage  0.0014259  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0698    NC_014212  687170  688029  860      normal  decreased coverage  0.0012027  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0699  CDS  NC_014212  688394  690820  2427  CRISPR-associated protein, Csm1 family  YP_003684122  normal  0.424994  decreased coverage  0.00221335  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0700  CDS  NC_014212  690830  691240  411  CRISPR-associated protein, Csm2 family  YP_003684123  normal  decreased coverage  0.00134722  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0720  CDS  NC_014212  710760  711386  627  hypothetical protein  YP_003684143  normal  0.0791956  decreased coverage  0.00135895  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0721  CDS  NC_014212  711613  712695  1083  Integrase catalytic region  YP_003684144  normal  0.208316  decreased coverage  0.00147206  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0722  CDS  NC_014212  712878  714494  1617  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_003684145  normal  0.240435  decreased coverage  0.00164487  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0723  CDS  NC_014212  714542  715564  1023  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003684146  normal  decreased coverage  0.00134722  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0724  CDS  NC_014212  715628  715939  312  hypothetical protein  YP_003684147  normal  decreased coverage  0.00113671  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0725  CDS  NC_014212  716109  716513  405  putative thiol-disulfide oxidoreductase DCC  YP_003684148  normal  decreased coverage  0.00113671  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0726  CDS  NC_014212  716742  717716  975  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_003684149  normal  decreased coverage  0.00130382  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0727    NC_014212  717713  718173  461      normal  decreased coverage  0.00121253  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0728  CDS  NC_014212  718486  719025  540  Inorganic diphosphatase  YP_003684150  normal  decreased coverage  0.0012821  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0729  CDS  NC_014212  719078  720214  1137  Integrase catalytic region  YP_003684151  normal  decreased coverage  0.00154402  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0730  CDS  NC_014212  720470  721666  1197  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  YP_003684152  normal  decreased coverage  0.00140336  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0731  CDS  NC_014212  721691  721948  258  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  YP_003684153  normal  decreased coverage  0.00109193  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0732  CDS  NC_014212  721963  723474  1512  protein of unknown function DUF112 transmembrane  YP_003684154  normal  decreased coverage  0.0015815  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0733  CDS  NC_014212  723602  724033  432  hypothetical protein  YP_003684155  normal  0.59707  decreased coverage  0.00107456  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0734  CDS  NC_014212  724045  725013  969  hypothetical protein  YP_003684156  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0735  CDS  NC_014212  725074  725760  687  transcriptional regulator, GntR family  YP_003684157  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0736  CDS  NC_014212  725902  726639  738  pseudouridine synthase  YP_003684158  hitchhiker  2.62919e-06  decreased coverage  0.00132516  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0737  CDS  NC_014212  726856  728082  1227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_003684159  decreased coverage  1.18464e-05  decreased coverage  0.00150782  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0738  CDS  NC_014212  728155  728826  672  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_003684160  decreased coverage  2.83527e-06  decreased coverage  0.00121253  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0739  CDS  NC_014212  728823  729257  435  hypothetical protein  YP_003684161  decreased coverage  1.09316e-06  decreased coverage  0.00117402  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0740  CDS  NC_014212  729259  731106  1848  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  YP_003684162  decreased coverage  4.46229e-05  decreased coverage  0.00171071  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0741  CDS  NC_014212  731436  731882  447  Protein of unknown function DUF2078, membrane  YP_003684163  hitchhiker  0.000877498  decreased coverage  0.00134722  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0742    NC_014212  732276  733052  777      hitchhiker  0.00166954  decreased coverage  0.0012821  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_0743  CDS  NC_014212  733114  734454  1341  hypothetical protein  YP_003684164  normal  0.0128528  decreased coverage  0.00133596  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1071  CDS  NC_014212  1062694  1063803  1110  Integrase catalytic region  YP_003684484  decreased coverage  4.28907e-06  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1073  CDS  NC_014212  1064246  1065334  1089  fatty acid desaturase  YP_003684486  decreased coverage  3.83129e-06  normal  0.912357  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1118  CDS  NC_014212  1110834  1111397  564  ATP/cobalamin adenosyltransferase  YP_003684531  decreased coverage  0.00598817  normal  0.855545  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1159  CDS  NC_014212  1146650  1147726  1077  Integrase catalytic region  YP_003684566  normal  0.565735  decreased coverage  0.00186464  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1160  CDS  NC_014212  1147787  1149268  1482  Carboxypeptidase Taq  YP_003684567  normal  0.263601  decreased coverage  0.00219569  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1161  CDS  NC_014212  1149404  1150651  1248  peptidase S41  YP_003684568  normal  0.724073  decreased coverage  0.00200018  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1364  CDS  NC_014212  1348151  1349617  1467  apolipoprotein N-acyltransferase  YP_003684765  decreased coverage  0.00243577  hitchhiker  0.000524625  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1365  CDS  NC_014212  1349844  1350071  228  preprotein translocase, SecG subunit  YP_003684766  decreased coverage  0.000203988  hitchhiker  0.000409461  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1366  CDS  NC_014212  1350281  1351366  1086  Integrase catalytic region  YP_003684767  decreased coverage  0.000904408  decreased coverage  7.12993e-05  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1475  CDS  NC_014212  1474674  1475855  1182  transcription termination factor NusA  YP_003684875  decreased coverage  4.77736e-05  unclonable  3.25116e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1476  CDS  NC_014212  1475955  1476386  432  protein of unknown function DUF150  YP_003684876  decreased coverage  4.65706e-05  unclonable  2.5252e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1477  CDS  NC_014212  1476527  1477363  837  transcriptional regulator, AraC family  YP_003684877  decreased coverage  0.000537918  unclonable  2.96813e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1540  CDS  NC_014212  1540691  1540825  135  ribosomal protein L34  YP_003684938  decreased coverage  4.1199e-07  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1541  CDS  NC_014212  1540946  1542016  1071  Integrase catalytic region  YP_003684939  decreased coverage  4.37148e-06  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1574  CDS  NC_014212  1572625  1573782  1158  integrase family protein  YP_003684972  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1587  CDS  NC_014212  1584990  1587497  2508  transcriptional regulator, IclR family  YP_003684982  normal  decreased coverage  0.0088004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1588  CDS  NC_014212  1587706  1589661  1956  acetate/CoA ligase  YP_003684983  normal  decreased coverage  0.0074911  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1694  CDS  NC_014212  1700623  1701888  1266  transposase mutator type  YP_003685085  decreased coverage  0.000397883  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1773  CDS  NC_014212  1760702  1760875  174  hypothetical protein  YP_003685159  decreased coverage  0.00724882  normal  0.0437188  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1774  CDS  NC_014212  1760863  1761318  456  hypothetical protein  YP_003685160  decreased coverage  0.00444737  normal  0.0453606  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1953  CDS  NC_014212  1942403  1943221  819  ABC transporter related protein  YP_003685336  decreased coverage  0.00018631  normal  0.714727  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1988  CDS  NC_014212  1982844  1984148  1305  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  YP_003685370  decreased coverage  0.00818201  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_1991  CDS  NC_014212  1986945  1987973  1029  extracellular solute-binding protein family 1  YP_003685373  decreased coverage  0.000248153  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2017  CDS  NC_014212  2013425  2015581  2157  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  YP_003685397  decreased coverage  0.000536157  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2036  CDS  NC_014212  2033553  2036828  3276  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_003685416  decreased coverage  0.00485775  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2037  CDS  NC_014212  2037341  2038000  660  transaldolase  YP_003685417  decreased coverage  0.000238451  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2046  CDS  NC_014212  2046414  2047319  906  phenazine biosynthesis protein PhzF family  YP_003685426  decreased coverage  0.00628004  normal  0.447072  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2058  CDS  NC_014212  2062103  2063095  993  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I  YP_003685438  decreased coverage  0.00878672  normal  0.657807  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2145  CDS  NC_014212  2158262  2159950  1689  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  YP_003685524  decreased coverage  0.000794715  normal  0.0157817  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2146  CDS  NC_014212  2160192  2160665  474  protein of unknown function DUF985  YP_003685525  decreased coverage  7.12763e-05  decreased coverage  0.00382026  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2168  CDS  NC_014212  2183656  2184303  648  hypothetical protein  YP_003685546  decreased coverage  0.0018571  normal  0.1932  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2169  CDS  NC_014212  2184300  2185211  912  periplasmic binding protein  YP_003685547  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2362    NC_014212  2390675  2392323  1649      decreased coverage  0.000147326  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2363  CDS  NC_014212  2390810  2391841  1032  transposase IS4 family protein  YP_003685728  decreased coverage  3.93238e-05  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2472  CDS  NC_014212  2510628  2511842  1215  Protein of unknown function DUF1800  YP_003685833  normal  0.230018  decreased coverage  0.00526107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2473  CDS  NC_014212  2511853  2513025  1173  protein of unknown function DUF1501  YP_003685834  hitchhiker  0.00189223  decreased coverage  0.00457551  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2474  CDS  NC_014212  2513288  2515705  2418  DNA gyrase, A subunit  YP_003685835  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2657  CDS  NC_014212  2696741  2698009  1269  extracellular solute-binding protein family 1  YP_003686014  decreased coverage  1.00934e-05  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2690  CDS  NC_014212  2729560  2730777  1218  translation elongation factor Tu  YP_003686045  decreased coverage  7.40208e-05  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2719  CDS  NC_014212  2761295  2762365  1071  Integrase catalytic region  YP_003686073  decreased coverage  0.00913617  normal  0.77965  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2835  CDS  NC_014212  2894308  2894634  327  hypothetical protein  YP_003686185  decreased coverage  0.00880126  normal  0.912357  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2912  CDS  NC_014212  2959448  2959861  414  ribosomal protein S12  YP_003686261  decreased coverage  1.87241e-06  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2913    NC_014212  2960161  2962441  2281      decreased coverage  0.000174755  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_2914  CDS  NC_014212  2960319  2961454  1136  transposase IS4 family protein  YP_003686262  decreased coverage  1.04805e-05  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3112  CDS  NC_014212  3160515  3163241  2727  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  YP_003686452  normal  decreased coverage  0.00950935  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3198    NC_014213  413  408      decreased coverage  3.25325e-08  unclonable  3.35198e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3227  CDS  NC_014213  28387  29310  924  extracellular solute-binding protein family 1  YP_003686554  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3228  CDS  NC_014213  29303  30121  819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_003686555  decreased coverage  0.00685083  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3275  CDS  NC_014213  66264  67387  1124  transcriptional regulator, GntR family  YP_003686597  decreased coverage  0.000360291  normal  0.033149  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3276  CDS  NC_014213  67532  68734  1203  hypothetical protein  YP_003686598  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3284  CDS  NC_014213  74338  75423  1086  hypothetical protein  YP_003686606  normal  0.693804  decreased coverage  0.00631019  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3501  CDS  NC_014213  316198  316371  174  hypothetical protein  YP_003686812  decreased coverage  4.24491e-07  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3502    NC_014213  316379  317517  1139      decreased coverage  8.50884e-06  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3503  CDS  NC_014213  317545  317919  375  hypothetical protein  YP_003686813  decreased coverage  7.42258e-07  normal  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_3531    NC_014213  346184  347308  1125      decreased coverage  1.75453e-07  unclonable  4.40048e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Mesil_R0025  tRNA  NC_014212  1349717  1349802  86  tRNA-Leu    decreased coverage  0.0001623  hitchhiker  0.000378957  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>