118 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Athe_0006  CDS  NC_012034  4135  6087  1953  DNA gyrase, B subunit  YP_002571945  decreased coverage  2.73734e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0014  CDS  NC_012034  23094  23876  783  hypothetical protein  YP_002571953  decreased coverage  1.08222e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0015  CDS  NC_012034  23999  24190  192  hypothetical protein  YP_002571954  decreased coverage  7.31921e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0016  CDS  NC_012034  24318  25628  1311  hypothetical protein  YP_002571955  decreased coverage  1.29291e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0017  CDS  NC_012034  25632  26405  774  hypothetical protein  YP_002571956  decreased coverage  1.00891e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0022  CDS  NC_012034  31520  33979  2460  LexA repressor  YP_002571959  decreased coverage  1.8035e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0050  CDS  NC_012034  67252  67884  633  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  YP_002571985  decreased coverage  3.02941e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0088  CDS  NC_012034  109990  110649  660  hypothetical protein  YP_002572021  decreased coverage  6.1303e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0118  CDS  NC_012034  140606  140995  390  transcriptional regulator, GntR family  YP_002572049  decreased coverage  8.89333e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0119  CDS  NC_012034  141262  141849  588  hypothetical protein  YP_002572050  decreased coverage  2.13582e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0181  CDS  NC_012034  223549  225336  1788  extracellular solute-binding protein family 1  YP_002572106  decreased coverage  4.97192e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0230  CDS  NC_012034  279209  279766  558  hypothetical protein  YP_002572153  decreased coverage  1.28695e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0251  CDS  NC_012034  302429  304633  2205  ABC-type bacteriocin transporter  YP_002572174  decreased coverage  0.000911417  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0271  CDS  NC_012034  319224  319481  258  hypothetical protein  YP_002572192  decreased coverage  1.42448e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0297  CDS  NC_012034  342619  343452  834  hypothetical protein  YP_002572210  decreased coverage  2.22565e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0328  CDS  NC_012034  374336  375736  1401  hypothetical protein  YP_002572241  decreased coverage  0.00489922  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0463  CDS  NC_012034  530141  530617  477  SsrA-binding protein  YP_002572368  decreased coverage  1.43287e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0470  CDS  NC_012034  541284  541853  570  hypothetical protein  YP_002572375  decreased coverage  4.50661e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0471  CDS  NC_012034  542185  542343  159  hypothetical protein  YP_002572376  decreased coverage  8.37687e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0535  CDS  NC_012034  605538  606566  1029  3D domain protein  YP_002572434  decreased coverage  4.18011e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0571  CDS  NC_012034  644008  644790  783  MscS Mechanosensitive ion channel  YP_002572470  decreased coverage  0.000639441  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0572  CDS  NC_012034  644828  646546  1719  prolyl-tRNA synthetase  YP_002572471  decreased coverage  0.00211854  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0590  CDS  NC_012034  664424  664822  399  CrcB protein  YP_002572489  decreased coverage  3.37717e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0664  CDS  NC_012034  749043  749924  882  branched-chain amino acid aminotransferase  YP_002572561  decreased coverage  0.000154508  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0699  CDS  NC_012034  783869  785134  1266  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  YP_002572587  decreased coverage  6.32921e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0782  CDS  NC_012034  872424  872786  363  hypothetical protein  YP_002572670  decreased coverage  8.14853e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0790  CDS  NC_012034  880710  882011  1302  diaminopimelate decarboxylase  YP_002572678  decreased coverage  9.40034e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0801  CDS  NC_012034  890949  892892  1944  threonyl-tRNA synthetase  YP_002572689  decreased coverage  0.00121365  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0821  CDS  NC_012034  916146  917906  1761  Aldehyde ferredoxin oxidoreductase  YP_002572709  decreased coverage  6.02903e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0822  CDS  NC_012034  917881  918111  231  thiamineS protein  YP_002572710  decreased coverage  3.95067e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0823  CDS  NC_012034  918119  918799  681  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_002572711  decreased coverage  2.72432e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0859  CDS  NC_012034  957914  958705  792  cobalt transport protein  YP_002572746  decreased coverage  7.07607e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0860  CDS  NC_012034  958702  959451  750  ABC transporter related  YP_002572747  decreased coverage  6.37207e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0874  CDS  NC_012034  973763  974338  576  pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, gamma subunit  YP_002572757  decreased coverage  7.29207e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_0933  CDS  NC_012034  1034502  1035065  564  glycerol-3-phosphate responsive antiterminator, GlpP  YP_002572811  decreased coverage  4.87081e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1005  CDS  NC_012034  1102453  1103793  1341  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002572879  decreased coverage  7.60178e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1054  CDS  NC_012034  1148507  1149379  873  tRNA pseudouridine synthase B  YP_002572928  decreased coverage  1.56302e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1121  CDS  NC_012034  1213331  1214614  1284  GTPase ObgE  YP_002572995  decreased coverage  1.27765e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1122  CDS  NC_012034  1214723  1214908  186  hypothetical protein  YP_002572996  decreased coverage  7.52599e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1123  CDS  NC_012034  1215024  1215311  288  protein of unknown function UPF0044  YP_002572997  decreased coverage  9.3514e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1157  CDS  NC_012034  1249445  1249681  237  acyl carrier protein  YP_002573031  decreased coverage  5.67099e-10  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1173  CDS  NC_012034  1266152  1267801  1650  hydroxylamine reductase  YP_002573046  decreased coverage  3.2867e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1203  CDS  NC_012034  1296201  1296320  120  hypothetical protein  YP_002573076  decreased coverage  2.65898e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1204  CDS  NC_012034  1296322  1296837  516  translation initiation factor IF-3  YP_002573077  decreased coverage  2.44125e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1205  CDS  NC_012034  1296864  1297061  198  50S ribosomal protein L35  YP_002573078  decreased coverage  4.157e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1245  CDS  NC_012034  1335203  1335709  507  transcriptional regulator, CarD family  YP_002573118  decreased coverage  6.22315e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1251  CDS  NC_012034  1340783  1341361  579  metal dependent phosphohydrolase  YP_002573124  decreased coverage  6.64219e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1266  CDS  NC_012034  1356737  1358494  1758  pyruvate kinase  YP_002573139  decreased coverage  1.0731e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1285  CDS  NC_012034  1375847  1377991  2145  UvrD/REP helicase  YP_002573158  decreased coverage  9.16129e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1306  CDS  NC_012034  1396733  1397533  801  septum site-determining protein MinD  YP_002573179  decreased coverage  1.07586e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1339  CDS  NC_012034  1426145  1426927  783  pyrroline-5-carboxylate reductase  YP_002573212  decreased coverage  1.3369e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1340  CDS  NC_012034  1426939  1427376  438  Ribonuclease H  YP_002573213  decreased coverage  1.54889e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1363  CDS  NC_012034  1447692  1448309  618  transcriptional regulator, TraR/DksA family  YP_002573236  decreased coverage  2.85999e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1391  CDS  NC_012034  1475665  1475994  330  Peptidoglycan-binding LysM  YP_002573264  decreased coverage  1.3388e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1401  CDS  NC_012034  1482636  1482884  249  CopG domain protein DNA-binding domain protein  YP_002573272  decreased coverage  6.17665e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1402  CDS  NC_012034  1483044  1484438  1395  glucuronate isomerase  YP_002573273  decreased coverage  1.12502e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1431  CDS  NC_012034  1511420  1511782  363  hypothetical protein  YP_002573302  decreased coverage  0.000121796  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1456  CDS  NC_012034  1542256  1542927  672  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_002573327  decreased coverage  0.000183373  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1484  CDS  NC_012034  1565517  1566143  627  protein of unknown function DUF47  YP_002573355  decreased coverage  5.48446e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1485  CDS  NC_012034  1566136  1567134  999  phosphate transporter  YP_002573356  decreased coverage  1.64623e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1553  CDS  NC_012034  1642810  1643841  1032  heat-inducible transcription repressor HrcA  YP_002573424  decreased coverage  1.53808e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1554  CDS  NC_012034  1643952  1645082  1131  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  YP_002573425  decreased coverage  7.69723e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1576  CDS  NC_012034  1668237  1669853  1617  hypothetical protein  YP_002573445  decreased coverage  4.69738e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1618  CDS  NC_012034  1718403  1720424  2022  DNA ligase, NAD-dependent  YP_002573485  decreased coverage  1.64842e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1627  CDS  NC_012034  1726702  1727523  822  transcriptional regulator, AraC family  YP_002573494  decreased coverage  1.16038e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1628  CDS  NC_012034  1727589  1728020  432  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_002573495  decreased coverage  2.13352e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1641  CDS  NC_012034  1738523  1739080  558  signal peptidase I  YP_002573508  decreased coverage  3.47267e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1642  CDS  NC_012034  1739173  1741536  2364  MutS2 family protein  YP_002573509  decreased coverage  5.90377e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1708  CDS  NC_012034  1796655  1798862  2208  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein  YP_002573575  decreased coverage  0.00336009  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1761  CDS  NC_012034  1835398  1836510  1113  2-alkenal reductase  YP_002573627  decreased coverage  3.80843e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1801  CDS  NC_012034  1873771  1874490  720  cell division ATP-binding protein FtsE  YP_002573667  decreased coverage  2.1053e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1814  CDS  NC_012034  1888436  1889155  720  uridylate kinase  YP_002573680  decreased coverage  4.87081e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1884  CDS  NC_012034  1991451  1993163  1713  type II secretion system protein E  YP_002573745  decreased coverage  6.26903e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1896  CDS  NC_012034  2005039  2005989  951  periplasmic binding protein  YP_002573757  decreased coverage  7.91854e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1897  CDS  NC_012034  2006032  2006352  321  glycine cleavage H-protein  YP_002573758  decreased coverage  2.81988e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1917  CDS  NC_012034  2022362  2023282  921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_002573778  decreased coverage  7.94188e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1925  CDS  NC_012034  2032104  2032847  744  hypothetical protein  YP_002573786  decreased coverage  1.01879e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1942  CDS  NC_012034  2049187  2049987  801  extracellular solute-binding protein family 3  YP_002573802  decreased coverage  2.37139e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_1960  CDS  NC_012034  2072945  2073868  924  homoserine kinase  YP_002573820  decreased coverage  1.60344e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2044  CDS  NC_012034  2158436  2159227  792  FAD-dependent thymidylate synthase  YP_002573894  decreased coverage  3.90103e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2045  CDS  NC_012034  2159329  2160348  1020  primosome, DnaD subunit  YP_002573895  decreased coverage  9.03409e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2046  CDS  NC_012034  2160335  2161372  1038  DNA replication protein DnaC  YP_002573896  decreased coverage  8.31596e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2047  CDS  NC_012034  2161418  2161840  423  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_002573897  decreased coverage  9.07097e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2062  CDS  NC_012034  2179263  2181101  1839  glycosyl transferase, WecB/TagA/CpsF family  YP_002573912  decreased coverage  4.6039e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2086  CDS  NC_012034  2209280  2210818  1539  Beta-glucuronidase  YP_002573936  decreased coverage  0.000473091  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2104  CDS  NC_012034  2229628  2232174  2547  preprotein translocase, SecA subunit  YP_002573953  decreased coverage  2.51511e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2144  CDS  NC_012034  2277149  2277889  741  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  YP_002573992  decreased coverage  0.000102302  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2160  CDS  NC_012034  2290318  2291454  1137  flagellar motor switch protein  YP_002574008  decreased coverage  0.000995507  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2180  CDS  NC_012034  2307541  2308851  1311  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase Gid  YP_002574028  decreased coverage  0.00339849  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2181  CDS  NC_012034  2308857  2310938  2082  DNA topoisomerase I  YP_002574029  decreased coverage  0.0024842  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2196  CDS  NC_012034  2324150  2324563  414  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_002574044  decreased coverage  2.83618e-07  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2211  CDS  NC_012034  2342196  2342495  300  protein of unknown function DUF1634  YP_002574058  decreased coverage  2.37451e-06  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2229  CDS  NC_012034  2362287  2363957  1671  ribulokinase  YP_002574074  decreased coverage  0.00201608  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2265  CDS  NC_012034  2401386  2402372  987  Monosaccharide-transporting ATPase  YP_002574110  decreased coverage  2.67957e-08  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2288  CDS  NC_012034  2420767  2421531  765  tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit  YP_002574131  decreased coverage  0.00198385  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2339  CDS  NC_012034  2480051  2481070  1020  rod shape-determining protein MreB  YP_002574182  decreased coverage  0.000198225  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2340  CDS  NC_012034  2481236  2482654  1419  carboxyl-terminal protease  YP_002574183  decreased coverage  0.000278022  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2357  CDS  NC_012034  2501918  2502670  753  glutamate synthase alpha subunit domain protein  YP_002574200  decreased coverage  8.00072e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2364  CDS  NC_012034  2510839  2511846  1008  sodium/calcium exchanger membrane region  YP_002574207  decreased coverage  6.67432e-05  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Athe_2365  CDS  NC_012034  2511917  2512438  522  hypothetical protein  YP_002574208  decreased coverage  3.5405e-09  n/a    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>