45 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Apar_0197  CDS  NC_013203  233616  236993  3378  type III restriction protein res subunit  YP_003179221  normal  decreased coverage  0.000621753  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0198  CDS  NC_013203  237003  238163  1161  restriction modification system DNA specificity domain protein  YP_003179222  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0199  CDS  NC_013203  238156  239676  1521  N-6 DNA methylase  YP_003179223  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0283  CDS  NC_013203  324104  324856  753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_003179305  decreased coverage  1.06623e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0284  CDS  NC_013203  324867  325862  996  2-keto-3-deoxygluconate permease  YP_003179306  decreased coverage  1.89316e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0290  CDS  NC_013203  334856  336751  1896  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_003179312  decreased coverage  3.72175e-06  normal  0.539461  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0322  CDS  NC_013203  369447  370364  918  1-phosphofructokinase  YP_003179344  decreased coverage  0.000799963  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0402  CDS  NC_013203  464120  464887  768  FeS assembly ATPase SufC  YP_003179424  decreased coverage  7.98388e-06  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0403  CDS  NC_013203  465219  466529  1311  histidyl-tRNA synthetase  YP_003179425  decreased coverage  7.68069e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0464  CDS  NC_013203  533833  534831  999  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  YP_003179486  decreased coverage  2.7828e-07  normal  0.826743  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0489  CDS  NC_013203  559732  560868  1137  cell division protein FtsZ  YP_003179511  decreased coverage  3.9115e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0522  CDS  NC_013203  604917  605498  582  translation initiation factor IF-3  YP_003179544  decreased coverage  6.92532e-08  hitchhiker  5.79185e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0523  CDS  NC_013203  605500  605700  201  ribosomal protein L35  YP_003179545  decreased coverage  2.50837e-08  unclonable  2.65454e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0524  CDS  NC_013203  605742  606101  360  ribosomal protein L20  YP_003179546  decreased coverage  4.08752e-08  unclonable  2.74126e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0593  CDS  NC_013203  662291  662620  330  hypothetical protein  YP_003179614  decreased coverage  0.00835781  normal  0.439807  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0679  CDS  NC_013203  758042  758296  255  ribosomal protein L27  YP_003179699  decreased coverage  2.46581e-06  normal  0.202248  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0749  CDS  NC_013203  832077  832808  732  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_003179769  decreased coverage  8.01084e-08  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0889  CDS  NC_013203  994325  994987  663  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  YP_003179909  decreased coverage  3.45367e-06  normal  0.0902559  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0896  CDS  NC_013203  1000657  1002444  1788  amidohydrolase-like protein  YP_003179916  decreased coverage  0.000474495  normal  0.217334  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0953  CDS  NC_013203  1072779  1074029  1251  peptidase T  YP_003179973  decreased coverage  2.7828e-07  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0954  CDS  NC_013203  1074092  1074886  795  peptidase C26  YP_003179974  decreased coverage  2.8221e-05  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_0974  CDS  NC_013203  1099151  1102018  2868  Phosphoenolpyruvate carboxylase  YP_003179994  decreased coverage  5.78394e-05  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1139  CDS  NC_013203  1286694  1287482  789  methionine aminopeptidase, type I  YP_003180158  decreased coverage  8.63177e-07  normal  0.0264901  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1140  CDS  NC_013203  1287479  1288105  627  adenylate kinase  YP_003180159  decreased coverage  5.92914e-07  normal  0.025222  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1141  CDS  NC_013203  1288173  1289453  1281  preprotein translocase, SecY subunit  YP_003180160  decreased coverage  4.40606e-06  normal  0.0147779  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1142  CDS  NC_013203  1289453  1289899  447  ribosomal protein L15  YP_003180161  decreased coverage  4.49259e-07  normal  0.0114538  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1143  CDS  NC_013203  1289911  1290096  186  ribosomal protein L30  YP_003180162  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1144  CDS  NC_013203  1290099  1290620  522  ribosomal protein S5  YP_003180163  decreased coverage  7.88101e-07  normal  0.0120151  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1145  CDS  NC_013203  1290630  1290998  369  ribosomal protein L18  YP_003180164  decreased coverage  5.49459e-07  normal  0.0107289  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1146  CDS  NC_013203  1291067  1291603  537  ribosomal protein L6  YP_003180165  decreased coverage  1.04709e-06  hitchhiker  0.00466337  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1147  CDS  NC_013203  1291631  1292029  399  ribosomal protein S8  YP_003180166  decreased coverage  6.86706e-07  hitchhiker  0.00453997  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1188  CDS  NC_013203  1332145  1332624  480  transcription elongation factor GreA  YP_003180207  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1218  CDS  NC_013203  1363950  1365503  1554  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  YP_003180236  decreased coverage  0.000328794  normal  0.498702  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1232  CDS  NC_013203  1383977  1385338  1362  beta-lactamase domain protein  YP_003180249  decreased coverage  6.15653e-06  normal  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1304  CDS  NC_013203  1470588  1471388  801  ATP synthase F0, A subunit  YP_003180319  decreased coverage  6.5102e-05  normal  0.293813  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1326  CDS  NC_013203  1489348  1490094  747  CobB/CobQ domain protein glutamine amidotransferase  YP_003180341  decreased coverage  5.36393e-06  hitchhiker  0.000591695  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1327  CDS  NC_013203  1490087  1491499  1413  Mur ligase middle domain protein  YP_003180342  decreased coverage  3.99076e-06  decreased coverage  0.000242236  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1328  CDS  NC_013203  1491648  1495202  3555  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase  YP_003180343  normal  decreased coverage  0.000692132  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1329  CDS  NC_013203  1495596  1496258  663  hypothetical protein  YP_003180344  normal  0.450566  decreased coverage  0.000223426  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1330  CDS  NC_013203  1496311  1497900  1590  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase  YP_003180345  hitchhiker  0.00539756  decreased coverage  0.000346935  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1331  CDS  NC_013203  1498041  1498670  630  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_003180346  unclonable  5.99156e-09  decreased coverage  0.000238136  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1332  CDS  NC_013203  1498673  1499608  936  Glutamate--tRNA ligase  YP_003180347  hitchhiker  2.57577e-07  decreased coverage  0.00027046  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1333  CDS  NC_013203  1499605  1500285  681  histidine kinase  YP_003180348  hitchhiker  0.000137869  decreased coverage  0.000238136  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_1334  CDS  NC_013203  1500260  1500979  720  transcriptional regulator, GntR family  YP_003180349  hitchhiker  0.00015702  decreased coverage  0.000248139  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Apar_R0030  tRNA  NC_013203  1018306  1018381  76  tRNA-Val    decreased coverage  8.57099e-09  normal  0.523891  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>