148 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Hoch_0399  CDS  NC_013440  547179  549671  2493  hypothetical protein  YP_003264933  decreased coverage  0.00317128  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_0879  CDS  NC_013440  1140524  1141882  1359  hypothetical protein  YP_003265385  decreased coverage  2.97169e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_0880  CDS  NC_013440  1142029  1142580  552  hypothetical protein  YP_003265386  decreased coverage  3.27816e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1123  CDS  NC_013440  1442980  1444227  1248  PEGA domain protein  YP_003265595  decreased coverage  0.00387807  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1207  CDS  NC_013440  1583942  1586749  2808  Annexin repeat protein  YP_003265667  hitchhiker  0.00485988  decreased coverage  5.55055e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1208  CDS  NC_013440  1586770  1587225  456  hypothetical protein  YP_003265668  normal  0.0486033  decreased coverage  2.0788e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1209  CDS  NC_013440  1587527  1587925  399  hypothetical protein  YP_003265669  normal  0.0493373  decreased coverage  2.13946e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1239  CDS  NC_013440  1628712  1629341  630  hypothetical protein  YP_003265694  decreased coverage  0.00668212  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1274  CDS  NC_013440  1679447  1681051  1605  hypothetical protein  YP_003265727  decreased coverage  4.55544e-05  unclonable  2.67355e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1344  CDS  NC_013440  1784566  1785456  891  transcriptional regulator, LysR family  YP_003265793  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1345  CDS  NC_013440  1785514  1785948  435  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_003265794  decreased coverage  0.000291195  normal  0.059306  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1346  CDS  NC_013440  1785956  1786501  546  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  YP_003265795  decreased coverage  0.00138595  normal  0.058768  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1359  CDS  NC_013440  1800917  1802803  1887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_003265806  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1508  CDS  NC_013440  2047252  2048211  960  serine/threonine protein kinase  YP_003265953  unclonable  4.84572e-07  decreased coverage  4.95585e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1509  CDS  NC_013440  2048273  2050882  2610  hypothetical protein  YP_003265954  normal  0.0117758  decreased coverage  1.20178e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1562  CDS  NC_013440  2130670  2131962  1293  hypothetical protein  YP_003266006  decreased coverage  9.76159e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1563  CDS  NC_013440  2132189  2133250  1062  Peptidase M23  YP_003266007  decreased coverage  0.000282199  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1734  CDS  NC_013440  2361890  2363737  1848  hypothetical protein  YP_003266176  decreased coverage  0.00167071  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1752  CDS  NC_013440  2419188  2419349  162  hypothetical protein  YP_003266194  normal  0.790866  decreased coverage  0.000944822  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1753  CDS  NC_013440  2419443  2420813  1371  FHA domain containing protein  YP_003266195  normal  decreased coverage  0.00138455  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1754  CDS  NC_013440  2420803  2422215  1413  serine/threonine protein kinase  YP_003266196  normal  decreased coverage  0.00149548  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1785  CDS  NC_013440  2468834  2470126  1293  hypothetical protein  YP_003266227  decreased coverage  0.00200969  normal  0.820743  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1793  CDS  NC_013440  2476961  2479918  2958  SNF2-related protein  YP_003266234  decreased coverage  0.00186852  normal  0.607723  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1796  CDS  NC_013440  2484327  2484797  471  hypothetical protein  YP_003266237  decreased coverage  8.63723e-06  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1797  CDS  NC_013440  2484834  2486390  1557  hypothetical protein  YP_003266238  decreased coverage  3.20135e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1798  CDS  NC_013440  2486421  2487419  999  Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase  YP_003266239  decreased coverage  5.44657e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1870  CDS  NC_013440  2575081  2577930  2850  hypothetical protein  YP_003266311  decreased coverage  0.00747265  normal  0.613683  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1882  CDS  NC_013440  2591942  2592490  549  hypothetical protein  YP_003266322  decreased coverage  0.00948588  normal  0.985254  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1943  CDS  NC_013440  2670928  2672652  1725  Amidase  YP_003266382  normal  decreased coverage  0.00712405  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_1944  CDS  NC_013440  2672798  2674357  1560  AbgT putative transporter  YP_003266383  normal  0.432903  decreased coverage  0.00626673  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2146  CDS  NC_013440  2978447  2979931  1485  hypothetical protein  YP_003266584  decreased coverage  0.00352801  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2168  CDS  NC_013440  3017229  3018332  1104  hypothetical protein  YP_003266606  decreased coverage  0.00211632  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2234  CDS  NC_013440  3108162  3109121  960  hypothetical protein  YP_003266670  decreased coverage  0.00951961  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2414  CDS  NC_013440  3340207  3341562  1356  Polysulphide reductase NrfD  YP_003266844  decreased coverage  0.0075882  normal  0.349671  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2415  CDS  NC_013440  3341604  3343103  1500  hypothetical protein  YP_003266845  decreased coverage  0.00358029  normal  0.14874  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2569  CDS  NC_013440  3548780  3549421  642  hypothetical protein  YP_003266996  decreased coverage  1.96749e-05  decreased coverage  4.37424e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2570  CDS  NC_013440  3549418  3552264  2847  hypothetical protein  YP_003266997  unclonable  8.05341e-05  decreased coverage  1.45037e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2582  CDS  NC_013440  3566412  3567398  987  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_003267009  decreased coverage  0.0097642  normal  0.0138205  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2661  CDS  NC_013440  3668862  3669266  405  hypothetical protein  YP_003267085  decreased coverage  0.00125374  normal  0.0694453  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2679  CDS  NC_013440  3692767  3693387  621  DNA-3-methyladenine glycosylase  YP_003267103  decreased coverage  0.0045181  normal  0.46573  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2732  CDS  NC_013440  3758128  3758793  666  dephospho-CoA kinase  YP_003267154  normal  0.496123  decreased coverage  0.00115586  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2733  CDS  NC_013440  3758972  3759088  117  hypothetical protein  YP_003267155  normal  0.850808  decreased coverage  0.000995444  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2734  CDS  NC_013440  3759102  3759545  444  hypothetical protein  YP_003267156  normal  decreased coverage  0.00116349  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2735  CDS  NC_013440  3759542  3759808  267  hypothetical protein  YP_003267157  normal  decreased coverage  0.00104867  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2736  CDS  NC_013440  3759866  3762001  2136  hypothetical protein  YP_003267158  normal  decreased coverage  0.00181142  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2737  CDS  NC_013440  3762208  3763005  798  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  YP_003267159  normal  0.399344  decreased coverage  0.00114829  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2771  CDS  NC_013440  3811072  3811749  678  Peptidase M23  YP_003267191  decreased coverage  0.000396333  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2787  CDS  NC_013440  3823144  3824226  1083  hypothetical protein  YP_003267207  decreased coverage  0.0036553  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2803  CDS  NC_013440  3848158  3849471  1314  hypothetical protein  YP_003267222  decreased coverage  0.000161265  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2817  CDS  NC_013440  3865563  3866486  924  hypothetical protein  YP_003267235  decreased coverage  0.00958093  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2896  CDS  NC_013440  3946945  3947493  549  FHA domain containing protein  YP_003267309  decreased coverage  1.63435e-05  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_2971  CDS  NC_013440  4102462  4112736  10275  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase., 6- deoxyerythronolide-B synthase  YP_003267376  normal  decreased coverage  0.000594073  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3169  CDS  NC_013440  4364584  4365138  555  bifunctional deaminase-reductase domain protein  YP_003267564  decreased coverage  0.0042586  normal  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3206  CDS  NC_013440  4422429  4423082  654  hypothetical protein  YP_003267601  normal  decreased coverage  0.00578771  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3207  CDS  NC_013440  4423596  4423943  348  cytochrome c class I  YP_003267602  normal  0.565348  decreased coverage  0.00513342  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3208  CDS  NC_013440  4423968  4424405  438  hypothetical protein  YP_003267603  normal  0.609634  decreased coverage  0.00540258  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3209  CDS  NC_013440  4424455  4425222  768  hypothetical protein  YP_003267604  normal  0.410481  decreased coverage  0.00543475  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3211  CDS  NC_013440  4426309  4427295  987  hypothetical protein  YP_003267606  normal  decreased coverage  0.00540258  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3212  CDS  NC_013440  4427316  4428323  1008  Serine O-acetyltransferase  YP_003267607  normal  decreased coverage  0.0060909  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3261  CDS  NC_013440  4495915  4498056  2142  von Willebrand factor type A  YP_003267656  normal  decreased coverage  0.00897171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3265  CDS  NC_013440  4502369  4502812  444  hypothetical protein  YP_003267660  normal  0.460792  decreased coverage  0.00938661  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3269  CDS  NC_013440  4505419  4506612  1194  Phosphoglycerate kinase  YP_003267664  normal  0.891729  decreased coverage  0.00998041  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3270  CDS  NC_013440  4506622  4507629  1008  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I  YP_003267665  normal  0.518191  decreased coverage  0.00928201  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3271  CDS  NC_013440  4507827  4508222  396  type IV pilus assembly PilZ  YP_003267666  normal  decreased coverage  0.00733908  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3289  CDS  NC_013440  4534223  4535311  1089  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_003267684  decreased coverage  0.00196526  normal  0.178357  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3322  CDS  NC_013440  4587244  4588659  1416  FAD linked oxidase domain protein  YP_003267717  decreased coverage  0.00350215  normal  0.0147191  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3323  CDS  NC_013440  4588739  4590808  2070  peptidase M61 domain protein  YP_003267718  normal  0.0788147  decreased coverage  0.00902527  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3324  CDS  NC_013440  4590985  4591890  906  hypothetical protein  YP_003267719  normal  0.209402  decreased coverage  0.00689642  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3325  CDS  NC_013440  4592240  4592992  753  Protein of unknown function DUF2257  YP_003267720  normal  decreased coverage  0.00674067  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3341  CDS  NC_013440  4622997  4623617  621  microcompartments protein  YP_003267736  decreased coverage  0.00179128  normal  0.644151  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3358  CDS  NC_013440  4647715  4649511  1797  hypothetical protein  YP_003267753  decreased coverage  0.0055195  normal  0.200349  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3368  CDS  NC_013440  4657750  4659261  1512  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  YP_003267763  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3369  CDS  NC_013440  4659331  4660242  912  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  YP_003267764  decreased coverage  0.00318158  normal  0.297176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3370  CDS  NC_013440  4661267  4661485  219  hypothetical protein  YP_003267765  decreased coverage  0.00076787  normal  0.277798  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3426  CDS  NC_013440  4729090  4731069  1980  hypothetical protein  YP_003267821  decreased coverage  0.00987946  normal  0.0149918  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3550  CDS  NC_013440  4887178  4888620  1443  protein of unknown function DUF147  YP_003267945  decreased coverage  0.000131066  normal  0.0716856  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3560  CDS  NC_013440  4900955  4902040  1086  PEGA domain protein  YP_003267955  decreased coverage  0.00097994  normal  0.106355  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3561  CDS  NC_013440  4902095  4902919  825  hypothetical protein  YP_003267956  decreased coverage  0.0059096  normal  0.0968901  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3619  CDS  NC_013440  4977970  4978674  705  pentapeptide repeat protein  YP_003268014  normal  0.0594601  decreased coverage  0.000131742  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3620  CDS  NC_013440  4978715  4979395  681  hypothetical protein  YP_003268015  normal  0.0118725  decreased coverage  0.000131742  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3621  CDS  NC_013440  4979397  4979873  477  Tetratricopeptide TPR_4  YP_003268016  decreased coverage  0.00897535  decreased coverage  0.000126058  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3622  CDS  NC_013440  4979939  4980754  816  protein serine/threonine phosphatase  YP_003268017  decreased coverage  0.00717219  decreased coverage  0.000139718  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3623  CDS  NC_013440  4980935  4981783  849  hypothetical protein  YP_003268018  normal  0.0434713  decreased coverage  0.000148165  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3624  CDS  NC_013440  4981816  4983474  1659  serine/threonine protein kinase  YP_003268019  normal  0.401978  decreased coverage  0.000211559  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3639  CDS  NC_013440  5010490  5012133  1644  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  YP_003268034  decreased coverage  0.00185015  normal  0.0105552  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3659    NC_013440  5034714  5034881  168      decreased coverage  0.00683775  hitchhiker  0.00152475  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3663  CDS  NC_013440  5042417  5042896  480  hypothetical protein  YP_003268057  normal  decreased coverage  7.26508e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3664  CDS  NC_013440  5042981  5044063  1083  hypothetical protein  YP_003268058  normal  decreased coverage  8.79822e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3666  CDS  NC_013440  5044879  5045559  681  Rhs element Vgr protein  YP_003268060  normal  0.408922  decreased coverage  7.49166e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3667  CDS  NC_013440  5045631  5045939  309  hypothetical protein  YP_003268061  normal  0.260561  decreased coverage  6.27631e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3668  CDS  NC_013440  5046210  5046971  762  hypothetical protein  YP_003268062  normal  0.893177  decreased coverage  6.99053e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3669  CDS  NC_013440  5047011  5048366  1356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  YP_003268063  normal  0.163956  decreased coverage  8.14904e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3676  CDS  NC_013440  5055382  5058042  2661  HEAT domain containing protein  YP_003268070  normal  decreased coverage  0.000145397  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3677  CDS  NC_013440  5058114  5058710  597  TPR repeat-containing protein  YP_003268071  normal  decreased coverage  4.6489e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3678  CDS  NC_013440  5058748  5059023  276  hypothetical protein  YP_003268072  normal  decreased coverage  3.68662e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3737  CDS  NC_013440  5141471  5142316  846  response regulator receiver protein  YP_003268130  decreased coverage  0.00249462  normal  0.888945  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3751  CDS  NC_013440  5155510  5157387  1878  hypothetical protein  YP_003268144  decreased coverage  0.00485074  normal  0.56075  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3752  CDS  NC_013440  5157454  5158113  660  hypothetical protein  YP_003268145  decreased coverage  0.00113916  normal  0.434232  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3797  CDS  NC_013440  5216238  5216780  543  hypothetical protein  YP_003268190  decreased coverage  0.000697559  normal  0.125112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Hoch_3821  CDS  NC_013440  5261517  5262146  630  hypothetical protein  YP_003268214  decreased coverage  0.00785443  normal  0.135574  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>