58 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Daud_0031  CDS  NC_010424  39142  40485  1344  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001716232  decreased coverage  3.24435e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0051  CDS  NC_010424  56360  57262  903  Allergen V5/Tpx-1 family protein  YP_001716252  decreased coverage  1.68583e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0185  CDS  NC_010424  212313  213428  1116  PilT domain-containing protein  YP_001716381  decreased coverage  1.17639e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0208  CDS  NC_010424  238127  238363  237  ribosomal protein L33  YP_001716401  decreased coverage  1.03911e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0219  CDS  NC_010424  252776  253060  285  ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45  YP_001716412  decreased coverage  1.803e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0251  CDS  NC_010424  269828  270214  387  ribosomal protein S11  YP_001716444  decreased coverage  1.18892e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0252  CDS  NC_010424  270226  270852  627  RNA-binding S4 domain-containing protein  YP_001716445  decreased coverage  3.65501e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0272  CDS  NC_010424  291930  293540  1611  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  YP_001716465  decreased coverage  0.00870047  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0281  CDS  NC_010424  302306  303802  1497  threonine synthase  YP_001716474  decreased coverage  4.57965e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0328  CDS  NC_010424  351849  352502  654  metal dependent phosphohydrolase  YP_001716518  decreased coverage  1.09078e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0481  CDS  NC_010424  520047  521399  1353  magnesium transporter  YP_001716659  decreased coverage  2.6878e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0494  CDS  NC_010424  534218  534565  348  hypothetical protein  YP_001716672  decreased coverage  2.56479e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0605  CDS  NC_010424  643352  644131  780  transcriptional repressor CodY  YP_001716771  decreased coverage  2.44841e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0623  CDS  NC_010424  662307  663425  1119  riboflavin biosynthesis protein RibD  YP_001716789  decreased coverage  1.56623e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0624  CDS  NC_010424  663406  664053  648  riboflavin synthase subunit alpha  YP_001716790  decreased coverage  0.00110444  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0810  CDS  NC_010424  854266  854604  339  hypothetical protein  YP_001716958  decreased coverage  0.000112059  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0811    NC_010424  854641  855060  420      decreased coverage  0.000166134  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0897  CDS  NC_010424  956695  958173  1479  stage IV sporulation protein A  YP_001717042  decreased coverage  0.00196828  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0899  CDS  NC_010424  958800  959090  291  hypothetical protein  YP_001717044  decreased coverage  0.000183873  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0912  CDS  NC_010424  973336  975978  2643  alanyl-tRNA synthetase  YP_001717057  decreased coverage  0.00106674  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0932  CDS  NC_010424  992233  992454  222  hypothetical protein  YP_001717077  decreased coverage  0.000776235  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0963  CDS  NC_010424  1021403  1021801  399  hypothetical protein  YP_001717107  decreased coverage  5.66967e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_0964  CDS  NC_010424  1021876  1022139  264  hypothetical protein  YP_001717108  decreased coverage  1.6688e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1110  CDS  NC_010424  1168518  1169786  1269  GTP-binding protein, HSR1-related  YP_001717253  decreased coverage  6.12987e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1164  CDS  NC_010424  1218407  1219048  642  hypothetical protein  YP_001717307  decreased coverage  5.15055e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1165  CDS  NC_010424  1219030  1219716  687  rhomboid family protein  YP_001717308  decreased coverage  0.00020927  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1186  CDS  NC_010424  1241493  1242677  1185  tryptophan synthase subunit beta  YP_001717329  decreased coverage  0.00284462  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1216  CDS  NC_010424  1275724  1277160  1437  copper amine oxidase domain-containing protein  YP_001717359  decreased coverage  6.73824e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1220  CDS  NC_010424  1283574  1283930  357  SpoVA protein  YP_001717363  decreased coverage  1.92439e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1307  CDS  NC_010424  1385244  1385507  264  hypothetical protein  YP_001717450  decreased coverage  7.42811e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1359  CDS  NC_010424  1432917  1434035  1119  queuine tRNA-ribosyltransferase  YP_001717500  decreased coverage  0.000569759  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1367  CDS  NC_010424  1444916  1445587  672  hypothetical protein  YP_001717508  decreased coverage  2.99984e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1428  CDS  NC_010424  1510350  1511402  1053  cell division protein FtsZ  YP_001717567  decreased coverage  5.40584e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1451  CDS  NC_010424  1534693  1534956  264  50S ribosomal protein L27  YP_001717589  decreased coverage  1.09711e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1551  CDS  NC_010424  1638254  1638478  225  FeoA family protein  YP_001717685  decreased coverage  9.38461e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1552  CDS  NC_010424  1638559  1639737  1179  YibE/F family protein  YP_001717686  decreased coverage  1.66872e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1599  CDS  NC_010424  1687549  1688427  879  hypothetical protein  YP_001717733  decreased coverage  1.7463e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1679  CDS  NC_010424  1775071  1775502  432  hypothetical protein  YP_001717811  decreased coverage  3.3772e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1727  CDS  NC_010424  1819043  1819648  606  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001717857  decreased coverage  0.00676958  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1733  CDS  NC_010424  1828874  1830547  1674  hypothetical protein  YP_001717862  decreased coverage  0.00187554  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1835  CDS  NC_010424  1935794  1936735  942  hypothetical protein  YP_001717960  decreased coverage  2.12032e-05  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1836  CDS  NC_010424  1936758  1937111  354  flagellar protein FhlB-like cytoplasmic domain-containing protein  YP_001717961  decreased coverage  2.19189e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1837  CDS  NC_010424  1937090  1937551  462  ribonuclease H  YP_001717962  decreased coverage  4.70607e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1876  CDS  NC_010424  1974766  1975635  870  Na+/Pi-cotransporter  YP_001718001  decreased coverage  0.00688097  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1906  CDS  NC_010424  2009443  2009778  336  hypothetical protein  YP_001718031  decreased coverage  6.62924e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1950  CDS  NC_010424  2054371  2054697  327  diverged CheY-domain  YP_001718073  decreased coverage  1.82046e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1975  CDS  NC_010424  2078252  2079436  1185  hypothetical protein  YP_001718098  decreased coverage  1.41125e-06  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1976  CDS  NC_010424  2079502  2079696  195  hypothetical protein  YP_001718099  decreased coverage  1.75321e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_1980  CDS  NC_010424  2083691  2084149  459  pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase  YP_001718103  decreased coverage  7.94867e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_2087  CDS  NC_010424  2200287  2200538  252  PRC-barrel domain-containing protein  YP_001718208  decreased coverage  0.000370117  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_2121  CDS  NC_010424  2238804  2240918  2115  copper amine oxidase domain-containing protein  YP_001718240  decreased coverage  0.000127816  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_2154  CDS  NC_010424  2269238  2270305  1068  peptide chain release factor 1  YP_001718273  decreased coverage  5.09235e-07  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_2183  CDS  NC_010424  2296538  2297026  489  AsnC family transcriptional regulator  YP_001718302  decreased coverage  0.00948662  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_R0012  tRNA  NC_010424  220296  220371  76  tRNA-Met    decreased coverage  6.64581e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_R0013  tRNA  NC_010424  220386  220461  76  tRNA-Thr    decreased coverage  6.22484e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_R0014  tRNA  NC_010424  220469  220545  77  tRNA-Met    decreased coverage  6.05229e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_R0027  tRNA  NC_010424  1169824  1169901  78  tRNA-Pro    decreased coverage  1.1857e-09  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Daud_R0048  tRNA  NC_010424  1967347  1967421  75  tRNA-Ala    decreased coverage  1.43033e-08  n/a    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>