95 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
ECD_00095  CDS  CP001509  106787  108049  1263  cell division protein  ACT41996  decreased coverage  3.25229e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00096  CDS  CP001509  108110  109261  1152  cell division protein FtsZ  ACT41997  decreased coverage  2.823e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00111  CDS  CP001509  122983  124356  1374  aromatic amino acid transporter  ACT42012  decreased coverage  0.00136665  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00118  CDS  CP001509  137192  137554  363  hypothetical protein  ACT42019  decreased coverage  9.74405e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00142  CDS  CP001509  160581  161945  1365  poly(A) polymerase I  ACT42043  decreased coverage  2.208e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00143  CDS  CP001509  162038  162964  927  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  ACT42044  decreased coverage  9.65107e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00151  CDS  CP001509  173418  174308  891  iron-hydroxamate transporter subunit  ACT42052  decreased coverage  9.12024e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00152  CDS  CP001509  174305  176287  1983  fused iron-hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  ACT42053  decreased coverage  6.93779e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00167  CDS  CP001509  192717  193442  726  30S ribosomal protein S2  ACT42068  decreased coverage  0.00889913  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00197  CDS  CP001509  223809  224462  654  DL-methionine transporter subunit  ACT42098  decreased coverage  0.000504385  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00198  CDS  CP001509  224455  225486  1032  DL-methionine transporter subunit  ACT42099  decreased coverage  0.000236  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00199  CDS  CP001509  225674  226246  573  hypothetical protein  ACT42100  decreased coverage  0.000504385  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00421  CDS  CP001509  461138  463069  1932  DNA polymerase III subunits gamma and tau  ACT42320  decreased coverage  0.00199359  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00422  CDS  CP001509  463122  463451  330  hypothetical protein  ACT42321  decreased coverage  0.000789262  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00475  CDS  CP001509  523030  523524  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  ACT42374  decreased coverage  2.40057e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00925  CDS  CP001509  978627  979412  786  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  ACT42820  decreased coverage  0.00177111  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00926  CDS  CP001509  979409  980731  1323  condesin subunit F  ACT42821  decreased coverage  0.00351613  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_00934  CDS  CP001509  992674  994074  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  ACT42829  decreased coverage  3.19087e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01046  CDS  CP001509  1113430  1115973  2544  glucosyltransferase MdoH  ACT42941  decreased coverage  0.00471398  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01258  CDS  CP001509  1328290  1329027  738  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  ACT43146  decreased coverage  1.40624e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01259  CDS  CP001509  1329027  1329353  327  translation initiation factor Sui1  ACT43147  decreased coverage  6.86676e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01299  CDS  CP001509  1371878  1372939  1062  hypothetical protein  ACT43187  decreased coverage  2.208e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01410  CDS  CP001509  1478546  1480045  1500  L-asparagine transporter  ACT43293  decreased coverage  0.00425932  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01437  CDS  CP001509  1509440  1511137  1698  malate dehydrogenase, (decarboxylating, NAD-requiring) (malic enzyme)  ACT43319  decreased coverage  0.00511494  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01542  CDS  CP001509  1594718  1595005  288  hypothetical protein  ACT43402  decreased coverage  0.000147061  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01543  CDS  CP001509  1595421  1595609  189  cell division inhibition protein  ACT43403  decreased coverage  0.000126736  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01544  CDS  CP001509  1595606  1595797  192  predicted protein  ACT43404  decreased coverage  0.000121512  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01596  CDS  CP001509  1650446  1650886  441  conserved inner membrane protein  ACT43454  decreased coverage  0.000718501  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01597  CDS  CP001509  1650963  1651544  582  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E  ACT43455  decreased coverage  0.000885319  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01598  CDS  CP001509  1651544  1652122  579  electron transport complex protein RnfB  ACT43456  decreased coverage  0.000941545  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01618  CDS  CP001509  1670877  1671116  240  hypothetical protein  ACT43476  decreased coverage  5.68284e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01619  CDS  CP001509  1671303  1671818  516  predicted DNA-binding transcriptional regulator  ACT43477  decreased coverage  7.98557e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01681  CDS  CP001509  1739668  1739967  300  integration host factor subunit alpha  ACT43537  decreased coverage  0.00950044  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01687  CDS  CP001509  1744511  1744945  435  translation initiation factor IF-3  ACT43543  decreased coverage  0.00539573  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01731  CDS  CP001509  1788207  1789247  1041  predicted inner membrane protein  ACT43585  decreased coverage  0.000484302  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01732  CDS  CP001509  1789375  1791336  1962  DNA topoisomerase III  ACT43586  decreased coverage  0.00246982  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01792  CDS  CP001509  1851978  1852787  810  23S rRNA m1G745 methyltransferase  ACT43646  decreased coverage  7.32176e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01824  CDS  CP001509  1882376  1883245  870  predicted DNA-binding transcriptional regulator  ACT43678  decreased coverage  0.000364184  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01825  CDS  CP001509  1883373  1884815  1443  pyruvate kinase  ACT43679  decreased coverage  0.000225917  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01826  CDS  CP001509  1884946  1885917  972  lipid A biosynthesis (KDO)2-(lauroyl)-lipid IVA acyltransferase  ACT43680  decreased coverage  0.000488329  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01827  CDS  CP001509  1886037  1887296  1260  predicted peptidase  ACT43681  decreased coverage  0.000774309  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01859  CDS  CP001509  1919278  1921242  1965  fused chemotactic sensory histidine kinase in two-component regulatory system with CheB and CheY: sensory histidine kinase/signal sensing protein  ACT43713  decreased coverage  0.00492896  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01897  CDS  CP001509  1965112  1966062  951  DNA-binding transcriptional activator of cysteine biosynthesis  ACT43750  decreased coverage  0.000685239  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01898  CDS  CP001509  1966164  1967081  918  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  ACT43751  decreased coverage  0.0024282  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_01953  CDS  CP001509  2019078  2020472  1395  predicted UDP-glucose lipid carrier transferase  ACT43804  decreased coverage  0.00395931  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02087  CDS  CP001509  2144616  2145665  1050  conserved inner membrane protein  ACT43910  decreased coverage  0.00658288  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02098  CDS  CP001509  2157214  2158344  1131  fused fructose-specific PTS enzymes: IIA component/HPr component  ACT43921  decreased coverage  0.00662904  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02223  CDS  CP001509  2304334  2305854  1521  predicted inner membrane protein  ACT44045  decreased coverage  2.47482e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02388  CDS  CP001509  2482556  2483302  747  DNA replication initiation factor  ACT44208  decreased coverage  0.00844744  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02502  CDS  CP001509  2616517  2617110  594  heat shock protein  ACT44321  decreased coverage  5.06013e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02503  CDS  CP001509  2617233  2618111  879  inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase  ACT44322  decreased coverage  8.96223e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02926  CDS  CP001509  3067990  3069228  1239  fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase  ACT44730  decreased coverage  0.000150145  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02934  CDS  CP001509  3075612  3076625  1014  O-sialoglycoprotein endopeptidase  ACT44738  decreased coverage  1.55968e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_02935  CDS  CP001509  3076863  3077078  216  30S ribosomal protein S21  ACT44739  decreased coverage  3.77875e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03063  CDS  CP001509  3210773  3211339  567  3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase  ACT44867  decreased coverage  0.000264319  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03064  CDS  CP001509  3211336  3211911  576  hypothetical protein  ACT44868  decreased coverage  0.000319366  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03065  CDS  CP001509  3211880  3212437  558  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  ACT44869  decreased coverage  0.000332715  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03067  CDS  CP001509  3213217  3214650  1434  DNA-directed RNA polymerase subunit N  ACT44871  decreased coverage  0.0010606  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03090  CDS  CP001509  3238978  3239370  393  30S ribosomal protein S9  ACT44894  decreased coverage  5.57445e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03091  CDS  CP001509  3239386  3239814  429  50S ribosomal protein L13  ACT44895  decreased coverage  6.30317e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03110  CDS  CP001509  3261200  3262243  1044  cell wall structural complex MreBCD, actin-like component MreB  ACT44914  decreased coverage  1.55968e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03157  CDS  CP001509  3307323  3307715  393  30S ribosomal protein S8  ACT44961  decreased coverage  4.52809e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03158  CDS  CP001509  3307749  3308054  306  30S ribosomal protein S14  ACT44962  decreased coverage  3.09801e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03159  CDS  CP001509  3308069  3308608  540  50S ribosomal protein L5  ACT44963  decreased coverage  4.11475e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03242  CDS  CP001509  3378921  3379442  522  shikimate kinase I  ACT45045  decreased coverage  0.00034661  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03294  CDS  CP001509  3446190  3446681  492  hypothetical protein  ACT45096  decreased coverage  0.000905809  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03367  CDS  CP001509  3530780  3532429  1650  cytoplasmic trehalase  ACT45168  decreased coverage  0.00222705  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03368  CDS  CP001509  3532480  3533082  603  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  ACT45169  decreased coverage  0.000358261  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03477  CDS  CP001509  3662908  3663954  1047  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  ACT45276  decreased coverage  2.5219e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03496  CDS  CP001509  3679521  3680741  1221  bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  ACT45294  decreased coverage  1.88064e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03641  CDS  CP001509  3830882  3831574  693  predicted transcriptional regulator  ACT45435  decreased coverage  7.92391e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03649  CDS  CP001509  3843720  3845570  1851  dihydroxy-acid dehydratase  ACT45443  decreased coverage  5.70599e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03674  CDS  CP001509  3871127  3872512  1386  predicted transporter  ACT45467  decreased coverage  4.31202e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03741  CDS  CP001509  3941421  3941966  546  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  ACT45534  decreased coverage  0.00160389  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03749  CDS  CP001509  3953703  3956489  2787  DNA polymerase I  ACT45542  decreased coverage  0.000312835  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03850  CDS  CP001509  4070471  4071571  1101  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  ACT45643  decreased coverage  0.00010868  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03851    CP001509  4071940  4073784  1845      decreased coverage  4.15095e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03856  CDS  CP001509  4083995  4085179  1185  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufA)  ACT45648  decreased coverage  2.29508e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03857  CDS  CP001509  4085409  4085792  384  translocase  ACT45649  decreased coverage  5.42011e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03858  CDS  CP001509  4085794  4086339  546  transcription antitermination protein NusG  ACT45650  decreased coverage  7.83565e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_03882  CDS  CP001509  4112667  4113956  1290  phosphoribosylamine-glycine ligase  ACT45674  decreased coverage  0.000860274  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_04078  CDS  CP001509  4341442  4342080  639  predicted cell envelope opacity-associated protein  ACT45867  decreased coverage  8.1403e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_04079  CDS  CP001509  4342299  4342919  621  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase)  ACT45868  decreased coverage  9.47003e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_04127  CDS  CP001509  4397810  4398910  1101  conserved inner membrane protein  ACT45915  decreased coverage  2.45131e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_04201  CDS  CP001509  4470776  4471954  1179  predicted inner membrane protein  ACT45982  decreased coverage  2.08654e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_04239  CDS  CP001509  4519353  4519892  540  primosomal protein I  ACT46019  decreased coverage  4.79477e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_10003    CP001509  749941  750390  450      decreased coverage  3.67207e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_10004  CDS  CP001509  750421  753072  2652  T7 DNA-directed RNA polymerase  ACT42586  decreased coverage  0.000226142  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_10027  CDS  CP001509  763859  764482  624  late gene regulator  ACT42609  decreased coverage  0.00412931  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00067  tRNA  CP001509  3872615  3872691  77  tRNA-Arg    decreased coverage  4.01991e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00068  tRNA  CP001509  3872750  3872825  76  tRNA-His    decreased coverage  3.77895e-05  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00074  tRNA  CP001509  4083439  4083514  76  tRNA-Thr    decreased coverage  4.15552e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00075  tRNA  CP001509  4083523  4083607  85  tRNA-Tyr    decreased coverage  4.8411e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00076  tRNA  CP001509  4083724  4083798  75  tRNA-Gly    decreased coverage  4.23625e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
ECD_t00077  tRNA  CP001509  4083805  4083880  76  tRNA-Thr    decreased coverage  4.31752e-06  n/a    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>