53 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Hlac_0056  CDS  NC_012029  56851  58905  2055  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_002564732  normal  decreased coverage  0.000344856  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0057  CDS  NC_012029  59022  59552  531  50S ribosomal protein L10e  YP_002564733  normal  0.737976  decreased coverage  0.000179775  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0229  CDS  NC_012029  247443  248768  1326  Extracellular ligand-binding receptor  YP_002564904  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0326  CDS  NC_012029  350681  351760  1080  ABC transporter related  YP_002565000  normal  0.516533  decreased coverage  0.00902644  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0451  CDS  NC_012029  468244  468954  711  5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase  YP_002565123  decreased coverage  0.00233078  normal  0.376483  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0468  CDS  NC_012029  485253  486299  1047  beta-lactamase domain protein  YP_002565140  decreased coverage  0.00306027  normal  0.41592  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0514  CDS  NC_012029  535187  536167  981  PP-loop domain protein  YP_002565186  decreased coverage  0.000618346  normal  0.660635  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0620  CDS  NC_012029  638661  638939  279  RNA polymerase dimerisation  YP_002565292  decreased coverage  0.00678824  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0667  CDS  NC_012029  683674  684672  999  dihydrodipicolinate synthase  YP_002565339  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0668  CDS  NC_012029  684669  685460  792  dihydrodipicolinate reductase  YP_002565340  normal  0.314853  decreased coverage  0.00503816  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0669  CDS  NC_012029  685518  686357  840  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_002565341  normal  0.194983  decreased coverage  0.00501049  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0670  CDS  NC_012029  686354  687715  1362  diaminopimelate decarboxylase  YP_002565342  normal  decreased coverage  0.00590114  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0671  CDS  NC_012029  687712  688641  930  diaminopimelate epimerase  YP_002565343  normal  decreased coverage  0.00498295  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0707  CDS  NC_012029  721460  722533  1074  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  YP_002565379  decreased coverage  0.000356542  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0826  CDS  NC_012029  822065  822730  666  translation initiation factor IF-6  YP_002565495  decreased coverage  0.00606754  normal  0.97826  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0827  CDS  NC_012029  822732  823010  279  50S ribosomal protein L31e  YP_002565496  decreased coverage  0.00216714  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0919  CDS  NC_012029  916069  917283  1215  GAF sensor signal transduction histidine kinase  YP_002565587  normal  decreased coverage  5.29164e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0920  CDS  NC_012029  917584  919551  1968  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_002565588  normal  0.301008  decreased coverage  2.2653e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0921  CDS  NC_012029  919624  920622  999  transposase IS4 family protein  YP_002565589  normal  decreased coverage  5.94027e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0922  CDS  NC_012029  921247  921384  138  hypothetical protein  YP_002565590  normal  decreased coverage  3.93033e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0923  CDS  NC_012029  921690  922226  537  transposase  YP_002565591  normal  0.134513  decreased coverage  4.47966e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0924  CDS  NC_012029  922301  923761  1461  adenylosuccinate lyase  YP_002565592  normal  decreased coverage  1.72429e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_0933  CDS  NC_012029  933743  934039  297  hypothetical protein  YP_002565601  decreased coverage  0.00377385  normal  0.0285087  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1186  CDS  NC_012029  1192080  1193417  1338  potassium transporter peripheral membrane component  YP_002565850  normal  0.596494  decreased coverage  2.8569e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1223  CDS  NC_012029  1233256  1233645  390  hypothetical protein  YP_002565886  normal  0.442731  decreased coverage  2.1778e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1224  CDS  NC_012029  1233669  1235039  1371  Anion-transporting ATPase  YP_002565887  normal  0.916142  decreased coverage  3.94119e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1520  CDS  NC_012029  1532512  1533399  888  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_002566178  normal  decreased coverage  0.00453579  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1589  CDS  NC_012029  1608975  1609445  471  zinc finger CHY domain protein  YP_002566245  normal  decreased coverage  0.00180134  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1592  CDS  NC_012029  1610671  1612404  1734  AAA ATPase  YP_002566248  decreased coverage  7.7927e-06  hitchhiker  0.00122285  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1598  CDS  NC_012029  1616397  1617383  987  alpha/beta hydrolase fold protein  YP_002566254  normal  decreased coverage  0.00288726  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1686  CDS  NC_012029  1706140  1706565  426  UspA domain protein  YP_002566341  decreased coverage  0.00978672  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1758    NC_012029  1774570  1775301  732      decreased coverage  0.00286359  hitchhiker  0.00927578  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1759  CDS  NC_012029  1775488  1776654  1167  transposase (ISH3)  YP_002566409  decreased coverage  0.00951972  normal  0.0115894  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1764  CDS  NC_012029  1780411  1782360  1950  threonyl-tRNA synthetase  YP_002566413  normal  decreased coverage  0.0076873  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1767  CDS  NC_012029  1784914  1785633  720  hypothetical protein  YP_002566416  normal  decreased coverage  0.00475072  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1844  CDS  NC_012029  1850668  1850856  189  Ribosomal protein L24E  YP_002566492  decreased coverage  0.00160492  normal  0.191056  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1845  CDS  NC_012029  1850857  1851336  480  nucleoside diphosphate kinase  YP_002566493  decreased coverage  0.00368258  normal  0.19562  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_1868  CDS  NC_012029  1874287  1874583  297  hypothetical protein  YP_002566516  normal  decreased coverage  0.00886199  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2001  CDS  NC_012029  1995506  1995904  399  hypothetical protein  YP_002566649  decreased coverage  0.00277886  normal  0.2486  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2042  CDS  NC_012029  2034811  2035011  201  hypothetical protein  YP_002566690  decreased coverage  0.00727146  normal  0.101298  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2043  CDS  NC_012029  2035017  2035214  198  hypothetical protein  YP_002566691  decreased coverage  0.0036097  normal  0.0659567  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2063  CDS  NC_012029  2052686  2053708  1023  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_002566711  decreased coverage  0.00929872  normal  0.185257  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2141  CDS  NC_012029  2131756  2132403  648  deoxyribose-phosphate aldolase  YP_002566788  decreased coverage  0.00973111  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2189  CDS  NC_012029  2173428  2173658  231  hypothetical protein  YP_002566836  decreased coverage  0.00164744  normal  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2227  CDS  NC_012029  2211745  2213499  1755  MutL dimerisation  YP_002566874  decreased coverage  0.000451621  normal  0.617767  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2256  CDS  NC_012029  2244256  2245617  1362  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/alpha domain I  YP_002566902  normal  0.361439  decreased coverage  0.00522565  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2305  CDS  NC_012029  2297584  2297925  342  thioredoxin  YP_002566951  decreased coverage  0.0025384  normal  0.350799  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2350  CDS  NC_012029  2346956  2347234  279  hypothetical protein  YP_002566996  normal  decreased coverage  0.00984547  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_2499  CDS  NC_012029  2475651  2476643  993  AIR synthase related protein domain protein  YP_002567142  decreased coverage  0.00696097  normal  0.39351  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_R0006  tRNA  NC_012029  56281  56354  74  tRNA-Phe    normal  decreased coverage  0.000148153  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_R0007  tRNA  NC_012029  56692  56762  71  tRNA-Pro    normal  decreased coverage  0.000136708  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_R0030  tRNA  NC_012029  1538408  1538479  72  tRNA-Ala    decreased coverage  0.00218257  normal  0.047743  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Hlac_R0034  tRNA  NC_012029  1609541  1609613  73  tRNA-Pro    normal  decreased coverage  0.00151973  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>