53 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cmaq_0109  CDS  NC_009954  133817  135649  1833  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  YP_001539953  decreased coverage  6.81889e-06  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0196  CDS  NC_009954  234243  236426  2184  membrane-bound proton-translocating pyrophosphatase  YP_001540035  decreased coverage  3.66594e-07  normal  0.939441  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0197  CDS  NC_009954  236480  237721  1242  phosphopyruvate hydratase  YP_001540036  decreased coverage  9.00243e-06  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0264  CDS  NC_009954  301962  303134  1173  peptide chain release factor 1  YP_001540102  normal  decreased coverage  3.79955e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0265  CDS  NC_009954  303225  304394  1170  hypothetical protein  YP_001540103  normal  0.499335  decreased coverage  4.1207e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0296  CDS  NC_009954  334003  335352  1350  GTP-binding signal recognition particle  YP_001540134  decreased coverage  5.83511e-06  normal  0.0555503  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0323  CDS  NC_009954  361889  363142  1254  aspartate aminotransferase  YP_001540161  decreased coverage  0.00219132  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0389  CDS  NC_009954  425005  427437  2433  extracellular solute-binding protein  YP_001540225  decreased coverage  2.67846e-05  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0407  CDS  NC_009954  442939  443640  702  hypothetical protein  YP_001540242  decreased coverage  4.6827e-05  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0476  CDS  NC_009954  514859  515911  1053  electron transfer flavoprotein alpha subunit  YP_001540311  hitchhiker  3.13809e-10  decreased coverage  0.000297308  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0477  CDS  NC_009954  515908  516774  867  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  YP_001540312  hitchhiker  6.02402e-07  decreased coverage  0.000244781  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0478  CDS  NC_009954  516781  517077  297  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001540313  hitchhiker  4.49419e-06  decreased coverage  0.000160818  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0479  CDS  NC_009954  517074  518351  1278  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  YP_001540314  hitchhiker  0.000230935  decreased coverage  0.000263259  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0534  CDS  NC_009954  567994  569523  1530  hypothetical protein  YP_001540368  decreased coverage  0.000504729  normal  0.264906  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0579  CDS  NC_009954  609356  610441  1086  GHMP kinase  YP_001540410  unclonable  4.95739e-11  decreased coverage  0.000433765  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0580  CDS  NC_009954  610487  611857  1371  pyruvate kinase  YP_001540411  hitchhiker  2.49893e-06  decreased coverage  0.00109263  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0767  CDS  NC_009954  799202  800344  1143  aminotransferase class-III  YP_001540592  decreased coverage  6.33967e-05  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_0970  CDS  NC_009954  1020061  1020747  687  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001540792  decreased coverage  8.89609e-06  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1049  CDS  NC_009954  1099685  1100635  951  protein of unknown function RIO1  YP_001540868  normal  0.290796  decreased coverage  3.62034e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1050  CDS  NC_009954  1100622  1101146  525  PUA domain-containing protein  YP_001540869  normal  0.0861537  decreased coverage  2.42397e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1051  CDS  NC_009954  1101465  1101611  147  hypothetical protein  YP_001540870  normal  0.0275033  decreased coverage  1.71706e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1059  CDS  NC_009954  1108103  1108531  429  hypothetical protein  YP_001540878  decreased coverage  0.000123116  hitchhiker  4.73128e-08  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1079  CDS  NC_009954  1130372  1130680  309  twin arginine-targeting protein translocase  YP_001540898  decreased coverage  6.41532e-12  normal  0.697921  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1080  CDS  NC_009954  1130799  1132016  1218  metallophosphoesterase  YP_001540899  decreased coverage  8.06376e-10  normal  0.987184  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1125  CDS  NC_009954  1182637  1184373  1737  acylphosphatase  YP_001540943  decreased coverage  0.000234918  normal  0.35011  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1196  CDS  NC_009954  1256589  1258445  1857  hypothetical protein  YP_001541013  hitchhiker  5.31664e-06  decreased coverage  6.06716e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1217  CDS  NC_009954  1283665  1286565  2901  glycoside hydrolase family 3 protein  YP_001541034  decreased coverage  3.42609e-05  normal  0.287325  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1226  CDS  NC_009954  1297105  1297389  285  DNA/RNA-binding protein albA  YP_001541043  decreased coverage  3.59102e-07  normal  0.582935  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1259  CDS  NC_009954  1331036  1331878  843  fructose-bisphosphate aldolase  YP_001541076  hitchhiker  5.70698e-09  decreased coverage  2.91501e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1260  CDS  NC_009954  1331875  1332885  1011  6-phosphofructokinase  YP_001541077  hitchhiker  8.38364e-10  decreased coverage  4.40972e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1261  CDS  NC_009954  1332917  1334425  1509  exsB protein  YP_001541078  unclonable  4.01588e-10  decreased coverage  6.45045e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1262  CDS  NC_009954  1334479  1335042  564  small GTP-binding protein  YP_001541079  hitchhiker  5.4589e-07  decreased coverage  2.2616e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1263  CDS  NC_009954  1335039  1335521  483  hypothetical protein  YP_001541080  hitchhiker  5.0501e-06  decreased coverage  2.07728e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1302  CDS  NC_009954  1374968  1375738  771  hypothetical protein  YP_001541119  decreased coverage  6.84372e-06  normal  0.255642  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1303  CDS  NC_009954  1375781  1378051  2271  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001541120  decreased coverage  3.1195e-05  normal  0.342253  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1328  CDS  NC_009954  1402417  1404621  2205  extracellular solute-binding protein  YP_001541144  decreased coverage  0.0036093  normal  0.504414  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1364  CDS  NC_009954  1437748  1438905  1158  cystathionine gamma-synthase  YP_001541180  decreased coverage  0.00282102  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1433  CDS  NC_009954  1513623  1514645  1023  hypothetical protein  YP_001541248  hitchhiker  1.4785e-07  decreased coverage  3.26211e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1434  CDS  NC_009954  1514801  1515226  426  HEPN domain-containing protein  YP_001541249  decreased coverage  6.98422e-11  decreased coverage  2.29656e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1435  CDS  NC_009954  1515223  1515552  330  DNA polymerase beta subunit  YP_001541250  hitchhiker  4.37505e-09  decreased coverage  2.0199e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1436  CDS  NC_009954  1515554  1516579  1026  hypothetical protein  YP_001541251  hitchhiker  1.2396e-07  decreased coverage  3.04968e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1459  CDS  NC_009954  1536957  1537997  1041  glycosyl transferase group 1  YP_001541273  decreased coverage  0.00514335  hitchhiker  0.00279802  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1460  CDS  NC_009954  1538033  1538350  318  hypothetical protein  YP_001541274  decreased coverage  0.00470768  hitchhiker  0.00200676  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1475  CDS  NC_009954  1552283  1553344  1062  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  YP_001541289  decreased coverage  8.11226e-05  normal  0.134994  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1476  CDS  NC_009954  1553448  1554926  1479  polysaccharide biosynthesis protein  YP_001541290  decreased coverage  0.00634433  normal  0.154006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1577  CDS  NC_009954  1650960  1651820  861  5'-methylthioadenosine phosphorylase II  YP_001541390  decreased coverage  0.00552276  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1624  CDS  NC_009954  1698672  1700147  1476  malate dehydrogenase  YP_001541437  decreased coverage  7.77007e-09  normal  0.838633  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1656  CDS  NC_009954  1731564  1732382  819  hypothetical protein  YP_001541469  normal  0.110135  decreased coverage  0.000244781  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1657  CDS  NC_009954  1732339  1733115  777  ABC-2 type transporter  YP_001541470  normal  0.0203159  decreased coverage  0.000243184  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1658  CDS  NC_009954  1733112  1734023  912  ABC transporter related  YP_001541471  normal  0.0154883  decreased coverage  0.000224831  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1865  CDS  NC_009954  1940449  1940877  429  hypothetical protein  YP_001541672  decreased coverage  2.98888e-06  normal  0.822078  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1876  CDS  NC_009954  1951074  1952672  1599  hypothetical protein  YP_001541683  normal  decreased coverage  0.00850216  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Cmaq_1907  CDS  NC_009954  1983007  1983918  912  paREP7  YP_001541714  decreased coverage  7.96589e-08  normal  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>