116 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Aave_0160  CDS  NC_008752  177370  178008  639  hypothetical protein  YP_968546  normal  0.0163959  decreased coverage  3.25774e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0161  CDS  NC_008752  178023  179084  1062  appr-1-p processing domain-containing protein  YP_968547  normal  0.133487  decreased coverage  3.61839e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0335  CDS  NC_008752  366338  368440  2103  elongation factor G  YP_968716  normal  decreased coverage  0.000657567  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0336  CDS  NC_008752  368694  369884  1191  elongation factor Tu  YP_968717  normal  0.0999082  decreased coverage  0.000417386  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0337  CDS  NC_008752  369908  370219  312  30S ribosomal protein S10  YP_968718  hitchhiker  0.0012954  decreased coverage  0.000295628  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0338  CDS  NC_008752  370479  371153  675  50S ribosomal protein L3  YP_968719  decreased coverage  2.74222e-06  decreased coverage  0.000311926  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0339  CDS  NC_008752  371153  371773  621  50S ribosomal protein L4  YP_968720  hitchhiker  1.98449e-06  decreased coverage  0.000274158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0341  CDS  NC_008752  372085  372909  825  50S ribosomal protein L2  YP_968722  normal  0.0360298  decreased coverage  0.000304733  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0342  CDS  NC_008752  372920  373198  279  30S ribosomal protein S19  YP_968723  normal  0.0483388  decreased coverage  0.000267992  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0343  CDS  NC_008752  373209  373541  333  50S ribosomal protein L22  YP_968724  normal  0.056681  decreased coverage  0.000263918  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0344  CDS  NC_008752  373557  374438  882  30S ribosomal protein S3  YP_968725  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0345  CDS  NC_008752  374441  374857  417  50S ribosomal protein L16  YP_968726  normal  0.739822  decreased coverage  0.000284726  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0346  CDS  NC_008752  374874  375071  198  50S ribosomal protein L29  YP_968727  normal  0.767822  decreased coverage  0.000256062  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0347  CDS  NC_008752  375081  375350  270  30S ribosomal protein S17  YP_968728  normal  0.451528  decreased coverage  0.000267992  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0348  CDS  NC_008752  375491  375997  507  redoxin domain-containing protein  YP_968729  normal  0.828163  decreased coverage  0.000328891  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0349  CDS  NC_008752  376076  376645  570  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_968730  normal  decreased coverage  0.000326393  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0351  CDS  NC_008752  377416  377985  570  hypothetical protein  YP_968732  normal  decreased coverage  0.000357166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0352  CDS  NC_008752  378005  378457  453  PTS system fructose subfamily IIA component  YP_968733  normal  decreased coverage  0.000331478  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0353  CDS  NC_008752  378426  378695  270  phosphotransferase system, phosphocarrier protein HPr  YP_968734  normal  decreased coverage  0.000307134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0611  CDS  NC_008752  669630  669998  369  50S ribosomal protein L14  YP_968989  decreased coverage  0.00801409  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_0613  CDS  NC_008752  670338  670877  540  50S ribosomal protein L5  YP_968991  decreased coverage  0.00554021  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1193  CDS  NC_008752  1313453  1315261  1809  GTP-binding protein LepA  YP_969559  normal  0.417452  decreased coverage  0.00711169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1194  CDS  NC_008752  1315266  1316240  975  signal peptidase I  YP_969560  normal  0.992009  decreased coverage  0.00558378  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1195  CDS  NC_008752  1316300  1316701  402  putative transmembrane protein  YP_969561  normal  0.433545  decreased coverage  0.00478766  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1196  CDS  NC_008752  1316723  1317409  687  ribonuclease III  YP_969562  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1198  CDS  NC_008752  1318678  1319460  783  DNA repair protein RecO  YP_969564  normal  0.456888  decreased coverage  0.00478766  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1199  CDS  NC_008752  1319457  1320233  777  pyridoxine 5'-phosphate synthase  YP_969565  normal  0.39444  decreased coverage  0.00461164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1200  CDS  NC_008752  1320230  1321861  1632  holo-acyl-carrier-protein synthase  YP_969566  normal  0.174413  decreased coverage  0.00601757  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1201  CDS  NC_008752  1322086  1324134  2049  hypothetical protein  YP_969567  normal  decreased coverage  0.00706806  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1202  CDS  NC_008752  1324177  1324914  738  small-conductance mechanosensitive channel-like protein  YP_969568  normal  decreased coverage  0.00500241  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1203    NC_008752  1324987  1325951  965      normal  0.451865  decreased coverage  0.00500241  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1249  CDS  NC_008752  1370859  1373468  2610  ATPase  YP_969614  normal  0.748877  decreased coverage  0.00497256  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1252  CDS  NC_008752  1375507  1376130  624  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_969617  normal  0.216014  decreased coverage  0.00258984  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1347  CDS  NC_008752  1475458  1475691  234  hypothetical protein  YP_969712  decreased coverage  0.000144292  normal  0.101918  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1361  CDS  NC_008752  1488445  1489290  846  alpha/beta hydrolase domain-containing protein  YP_969726  normal  decreased coverage  0.00335294  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1362  CDS  NC_008752  1489523  1490779  1257  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_969727  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1368  CDS  NC_008752  1501029  1501757  729  hypothetical protein  YP_969733  decreased coverage  0.0029518  normal  0.177746  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1369  CDS  NC_008752  1501887  1502243  357  hypothetical protein  YP_969734  decreased coverage  0.00600356  normal  0.166783  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1520  CDS  NC_008752  1685377  1686153  777  hypothetical protein  YP_969883  decreased coverage  0.00374201  normal  0.360531  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1539  CDS  NC_008752  1705860  1706495  636  adenosylcobinamide kinase  YP_969902  decreased coverage  6.75661e-06  normal  0.620551  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1717  CDS  NC_008752  1877105  1877641  537  Arc domain-containing protein  YP_970078  decreased coverage  2.98141e-07  unclonable  1.00109e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1814  CDS  NC_008752  1967880  1968518  639  hypothetical protein  YP_970172  decreased coverage  0.0045868  normal  0.591821  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1886  CDS  NC_008752  2042193  2042960  768  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_970244  decreased coverage  0.000334711  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1888  CDS  NC_008752  2043615  2044340  726  NUDIX hydrolase  YP_970246  decreased coverage  0.00118194  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1889  CDS  NC_008752  2044398  2045402  1005  hypothetical protein  YP_970247  decreased coverage  0.00289969  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1907  CDS  NC_008752  2064148  2065242  1095  integrase catalytic subunit  YP_970265  normal  0.247282  decreased coverage  0.000309488  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1908  CDS  NC_008752  2065265  2065786  522  transposase, IS4 family protein  YP_970266  normal  0.221251  decreased coverage  0.000248435  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1909  CDS  NC_008752  2065837  2066940  1104  hypothetical protein  YP_970267  normal  0.0658384  decreased coverage  0.000304733  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1910  CDS  NC_008752  2066933  2068207  1275  hypothetical protein  YP_970268  unclonable  8.86145e-08  decreased coverage  0.000282496  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1944  CDS  NC_008752  2105384  2106334  951  zinc/iron permease  YP_970302  decreased coverage  0.000552942  hitchhiker  0.00979273  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1945  CDS  NC_008752  2106482  2108083  1602  argininosuccinate lyase  YP_970303  decreased coverage  7.41836e-05  normal  0.0116194  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1946  CDS  NC_008752  2108313  2109263  951  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_970304  normal  0.0175494  decreased coverage  0.00353589  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1947  CDS  NC_008752  2109347  2110093  747  LytR/AlgR family transcriptional regulator  YP_970305  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1949  CDS  NC_008752  2111250  2112707  1458  argininosuccinate lyase  YP_970307  normal  0.789721  decreased coverage  0.00358351  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1950  CDS  NC_008752  2112741  2113724  984  hypothetical protein  YP_970308  normal  decreased coverage  0.0031153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1998  CDS  NC_008752  2170514  2171353  840  uroporphyrinogen III synthase  YP_970356  normal  decreased coverage  6.49837e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_1999  CDS  NC_008752  2171388  2172344  957  porphobilinogen deaminase  YP_970357  normal  0.61051  decreased coverage  6.71123e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2000  CDS  NC_008752  2172455  2175310  2856  phosphoenolpyruvate carboxylase  YP_970358  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2018  CDS  NC_008752  2194910  2196496  1587  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  YP_970376  decreased coverage  0.00336754  hitchhiker  0.00884762  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2039  CDS  NC_008752  2220342  2223902  3561  acriflavin resistance protein  YP_970396  decreased coverage  0.00865323  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2085  CDS  NC_008752  2288153  2289658  1506  major facilitator superfamily transporter  YP_970441  decreased coverage  0.00714059  normal  0.900579  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2171  CDS  NC_008752  2387155  2388108  954  2-nitropropane dioxygenase, NPD  YP_970523  decreased coverage  0.00656202  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2285  CDS  NC_008752  2516317  2517684  1368  major facilitator superfamily transporter  YP_970637  decreased coverage  0.00827549  hitchhiker  0.000379074  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2340  CDS  NC_008752  2565005  2565796  792  hypothetical protein  YP_970690  decreased coverage  2.89954e-05  unclonable  1.85697e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2470  CDS  NC_008752  2702424  2703206  783  cyclohexadienyl dehydratase  YP_970819  decreased coverage  0.00435864  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2494  CDS  NC_008752  2731711  2732673  963  transposase, IS4 family protein  YP_970842  normal  0.0455823  decreased coverage  0.00299337  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2495    NC_008752  2732961  2733215  255      hitchhiker  0.000763366  decreased coverage  0.00249048  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2496  CDS  NC_008752  2733723  2735336  1614  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_970843  decreased coverage  8.62286e-06  decreased coverage  0.00394801  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2539  CDS  NC_008752  2788959  2789804  846  YaeC family lipoprotein  YP_970886  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2560  CDS  NC_008752  2812507  2813454  948  integrase catalytic subunit  YP_970907  normal  0.0278482  decreased coverage  0.00231503  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2561  CDS  NC_008752  2813629  2814285  657  adenylate kinase  YP_970908  normal  0.072453  decreased coverage  0.00219618  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2564  CDS  NC_008752  2815448  2816491  1044  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  YP_970911  normal  0.0664726  decreased coverage  0.00223981  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2566  CDS  NC_008752  2816931  2817557  627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  YP_970913  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2567  CDS  NC_008752  2817920  2819230  1311  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_970914  normal  decreased coverage  0.00271156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2568  CDS  NC_008752  2819361  2819945  585  superoxide dismutase  YP_970915  normal  0.28771  decreased coverage  0.00195196  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2569    NC_008752  2820007  2820321  315      normal  0.123761  decreased coverage  0.00182667  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2570  CDS  NC_008752  2820424  2820948  525  hypothetical protein  YP_970916  normal  0.0323934  decreased coverage  0.00196515  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2571  CDS  NC_008752  2821065  2821283  219  hypothetical protein  YP_970917  normal  0.0170719  decreased coverage  0.00187542  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2572  CDS  NC_008752  2821485  2822744  1260  isocitrate dehydrogenase  YP_970918  normal  0.0647268  decreased coverage  0.00287604  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2582  CDS  NC_008752  2828885  2829586  702  hypothetical protein  YP_970928  decreased coverage  0.00114965  normal  0.0286964  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2591  CDS  NC_008752  2837068  2838006  939  gluconolactonase  YP_970937  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2601  CDS  NC_008752  2848709  2849209  501  hypothetical protein  YP_970947  decreased coverage  0.00112526  normal  0.44225  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2635  CDS  NC_008752  2889923  2890183  261  50S ribosomal protein L31P  YP_970981  decreased coverage  0.00389942  normal  0.0577596  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2647  CDS  NC_008752  2909679  2910140  462  hypothetical protein  YP_970993  normal  decreased coverage  0.00167697  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2659  CDS  NC_008752  2919461  2920621  1161  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_971005  decreased coverage  0.00949388  normal  0.0744844  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2660  CDS  NC_008752  2920753  2921523  771  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_971006  decreased coverage  0.00127593  normal  0.0689416  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2803  CDS  NC_008752  3076684  3077361  678  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  YP_971145  decreased coverage  0.00595972  normal  0.551671  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_2984  CDS  NC_008752  3277378  3279201  1824  malto-oligosyltrehalose trehalohydrolase  YP_971325  normal  0.340631  decreased coverage  0.00906327  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3072  CDS  NC_008752  3385062  3387386  2325  hypothetical protein  YP_971412  decreased coverage  0.00416255  normal  0.794634  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3094  CDS  NC_008752  3414124  3414783  660  OmpW family protein  YP_971432  decreased coverage  0.000267766  normal  0.518029  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3114  CDS  NC_008752  3439123  3439587  465  putative transmembrane protein  YP_971452  decreased coverage  0.00774236  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3117  CDS  NC_008752  3441038  3441523  486  diacylglycerol kinase  YP_971455  decreased coverage  0.00354589  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3167  CDS  NC_008752  3496197  3497366  1170  putative aminotransferase  YP_971504  decreased coverage  0.0026749  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3168  CDS  NC_008752  3497383  3498249  867  putative esterase  YP_971505  decreased coverage  0.000470113  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3285  CDS  NC_008752  3632465  3634150  1686  30S ribosomal protein S1  YP_971619  decreased coverage  0.00279338  normal  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3495  CDS  NC_008752  3862506  3863546  1041  putative adenylate/guanylate cyclase  YP_971824  decreased coverage  0.00124447  normal  0.759632  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3588  CDS  NC_008752  3958870  3959148  279  hypothetical protein  YP_971913  decreased coverage  6.58538e-08  hitchhiker  0.00249048  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3595  CDS  NC_008752  3965606  3966511  906  hypothetical protein  YP_971920  normal  0.465668  decreased coverage  0.00093733  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3596  CDS  NC_008752  3966832  3967842  1011  zonular occludens toxin  YP_971921  normal  decreased coverage  0.000950615  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Aave_3597  CDS  NC_008752  3968210  3968806  597  hypothetical protein  YP_971922  normal  decreased coverage  0.000848869  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>