107 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cyan8802_0054  CDS  NC_013161  57221  58279  1059  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  YP_003135861  decreased coverage  3.10792e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0131  CDS  NC_013161  140844  142163  1320  peptidase M24  YP_003135937  normal  0.366962  decreased coverage  1.08006e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0173  CDS  NC_013161  173421  174638  1218  geranylgeranyl reductase  YP_003135977  decreased coverage  6.08264e-05  normal  0.261316  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0174  CDS  NC_013161  174811  175422  612  hypothetical protein  YP_003135978  decreased coverage  0.000116874  normal  0.337608  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0208  CDS  NC_013161  204041  205033  993  transposase IS4 family protein  YP_003136012  normal  decreased coverage  0.000590832  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0209  CDS  NC_013161  205768  207426  1659  Tetratricopeptide domain protein  YP_003136013  normal  decreased coverage  0.000260586  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0210  CDS  NC_013161  207455  208681  1227  hypothetical protein  YP_003136014  normal  0.143544  decreased coverage  0.000680857  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0211  CDS  NC_013161  208818  209120  303  hypothetical protein  YP_003136015  normal  0.0106447  decreased coverage  0.000473791  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0212  CDS  NC_013161  209101  209541  441  putative transcription regulator with HTH domain  YP_003136016  hitchhiker  9.89875e-05  decreased coverage  0.000480644  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0213  CDS  NC_013161  209617  210048  432  protein of unknown function DUF29  YP_003136017  unclonable  7.62882e-07  decreased coverage  0.000484269  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0226  CDS  NC_013161  220163  220555  393  30S ribosomal protein S11  YP_003136030  decreased coverage  1.19719e-05  normal  0.0238771  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0444  CDS  NC_013161  440918  441880  963  cysteine synthase A  YP_003136238  normal  decreased coverage  0.00894315  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0445  CDS  NC_013161  442004  442696  693  heat shock protein DnaJ domain protein  YP_003136239  normal  decreased coverage  0.00756538  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0446  CDS  NC_013161  442693  443073  381  protein of unknown function DUF156  YP_003136240  normal  decreased coverage  0.00705358  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0516  CDS  NC_013161  506363  509683  3321  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  YP_003136300  normal  0.835535  decreased coverage  2.84408e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0517  CDS  NC_013161  509895  510551  657  Ion transport 2 domain protein  YP_003136301  hitchhiker  0.000756398  decreased coverage  8.51094e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0518    NC_013161  510769  511248  480      hitchhiker  1.45792e-05  decreased coverage  6.77118e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0655  CDS  NC_013161  660173  661501  1329  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  YP_003136432  decreased coverage  0.000525307  normal  0.106062  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0656  CDS  NC_013161  661514  662395  882  hypothetical protein  YP_003136433  decreased coverage  2.04034e-05  normal  0.152912  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0671  CDS  NC_013161  676589  677011  423  hypothetical protein  YP_003136448  decreased coverage  0.00781419  normal  0.913535  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0690  CDS  NC_013161  695504  696232  729  integral membrane protein interacts with FtsH  YP_003136466  decreased coverage  0.000220469  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0691  CDS  NC_013161  696357  696533  177  HLIP; single helix LHC light protein  YP_003136467  decreased coverage  5.95991e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0721  CDS  NC_013161  721352  722116  765  protein of unknown function DUF820  YP_003136495  decreased coverage  0.00402744  normal  0.197954  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0746  CDS  NC_013161  746088  746315  228  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  YP_003136520  decreased coverage  0.00442486  normal  0.715051  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0747  CDS  NC_013161  746486  746713  228  hypothetical protein  YP_003136521  decreased coverage  0.00125994  normal  0.978885  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0756  CDS  NC_013161  756950  757231  282  hypothetical protein  YP_003136530  decreased coverage  0.00817316  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_0986  CDS  NC_013161  1008581  1009444  864  cyanophycinase  YP_003136755  normal  decreased coverage  0.00665374  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1079  CDS  NC_013161  1106512  1106808  297  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_003136846  decreased coverage  5.08915e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1132  CDS  NC_013161  1162502  1162975  474  chromosome segregation and condensation protein, ScpB  YP_003136897  decreased coverage  0.000469648  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1133  CDS  NC_013161  1163062  1163385  324  hypothetical protein  YP_003136898  decreased coverage  0.000353333  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1254  CDS  NC_013161  1275592  1276311  720  hypothetical protein  YP_003137012  normal  decreased coverage  0.000323841  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1256  CDS  NC_013161  1277339  1277824  486  Phycobilisome protein  YP_003137014  normal  decreased coverage  0.000277966  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1257  CDS  NC_013161  1277976  1278482  507  hypothetical protein  YP_003137015  normal  decreased coverage  0.000280029  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1258  CDS  NC_013161  1278514  1279128  615  hypothetical protein  YP_003137016  normal  decreased coverage  0.000323841  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1432  CDS  NC_013161  1462250  1462705  456  hypothetical protein  YP_003137184  decreased coverage  9.37611e-06  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1433  CDS  NC_013161  1462677  1462970  294  hypothetical protein  YP_003137185  decreased coverage  6.94019e-06  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1562  CDS  NC_013161  1602758  1604833  2076  elongation factor G  YP_003137307  decreased coverage  0.00909597  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1714  CDS  NC_013161  1752399  1752971  573  protein of unknown function DUF552  YP_003137451  decreased coverage  0.00287605  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1715  CDS  NC_013161  1753055  1753870  816  pyrroline-5-carboxylate reductase  YP_003137452  decreased coverage  0.000826167  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1716  CDS  NC_013161  1753877  1754101  225  hypothetical protein  YP_003137453  decreased coverage  0.00129927  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1765  CDS  NC_013161  1800156  1800782  627  transcription antitermination protein NusG  YP_003137501  decreased coverage  4.35083e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1766  CDS  NC_013161  1800782  1801018  237  preprotein translocase, SecE subunit  YP_003137502  decreased coverage  0.000113804  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1916  CDS  NC_013161  1940648  1940989  342  XisI protein  YP_003137642  decreased coverage  0.00487175  normal  0.6255  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1917  CDS  NC_013161  1941164  1941655  492  membrane protein of uknown function UCP014873  YP_003137643  decreased coverage  0.00615975  normal  0.88974  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1919  CDS  NC_013161  1942709  1943296  588  protein of unknown function DUF820  YP_003137645  decreased coverage  0.00741747  normal  0.675029  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_1972  CDS  NC_013161  1992934  1993692  759  protein of unknown function DUF820  YP_003137698  decreased coverage  2.13894e-05  normal  0.0132156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2075  CDS  NC_013161  2088881  2089891  1011  tryptophanyl-tRNA synthetase  YP_003137798  decreased coverage  0.00113563  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2118  CDS  NC_013161  2124814  2126766  1953  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_003137840  decreased coverage  0.000251378  normal  0.316515  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2207  CDS  NC_013161  2216029  2217027  999  hypothetical protein  YP_003137923  decreased coverage  0.000153099  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2225  CDS  NC_013161  2239845  2242382  2538  histidine kinase  YP_003137940  decreased coverage  0.0086849  normal  0.197777  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2227  CDS  NC_013161  2243033  2244193  1161  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  YP_003137942  decreased coverage  0.00779456  normal  0.342492  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2228  CDS  NC_013161  2244312  2244740  429  TOBE domain protein  YP_003137943  decreased coverage  0.00741747  normal  0.417465  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2296  CDS  NC_013161  2311737  2313098  1362  FeS-containing organism-specific oxidoreductase  YP_003138008  decreased coverage  0.00042763  normal  0.0619176  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2297  CDS  NC_013161  2313109  2313261  153  hypothetical protein  YP_003138009  decreased coverage  0.000172126  normal  0.0437319  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2360  CDS  NC_013161  2370223  2371233  1011  DNA-cytosine methyltransferase  YP_003138069  decreased coverage  0.00768264  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2370  CDS  NC_013161  2381466  2382056  591  phosphoheptose isomerase  YP_003138079  decreased coverage  8.61187e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2371  CDS  NC_013161  2382078  2383004  927  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_003138080  decreased coverage  0.000177562  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2372  CDS  NC_013161  2383146  2384300  1155  arsenical-resistance protein  YP_003138081  decreased coverage  3.47723e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2373  CDS  NC_013161  2384491  2384826  336  transcriptional regulator, ArsR family  YP_003138082  decreased coverage  3.54964e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2374  CDS  NC_013161  2384876  2385829  954  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  YP_003138083  decreased coverage  0.000195271  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2508  CDS  NC_013161  2532844  2534559  1716  beta-lactamase domain protein  YP_003138209  decreased coverage  0.00548626  normal  0.224479  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2509  CDS  NC_013161  2534710  2535207  498  hypothetical protein  YP_003138210  decreased coverage  0.000566175  normal  0.406315  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2620  CDS  NC_013161  2644800  2645324  525  hypothetical protein  YP_003138317  decreased coverage  2.04034e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2621  CDS  NC_013161  2645444  2646556  1113  oxidoreductase domain protein  YP_003138318  decreased coverage  0.000494817  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2862  CDS  NC_013161  2889796  2890971  1176  hypothetical protein  YP_003138547  hitchhiker  0.000423917  decreased coverage  0.000103772  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2863  CDS  NC_013161  2890968  2891579  612  protein of unknown function DUF820  YP_003138548  unclonable  1.18606e-06  decreased coverage  9.38837e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2864  CDS  NC_013161  2891727  2894246  2520  phosphoenolpyruvate synthase  YP_003138549  hitchhiker  0.00890686  decreased coverage  0.000201975  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_2865  CDS  NC_013161  2894553  2898152  3600  hypothetical protein  YP_003138550  normal  0.739863  decreased coverage  0.00031468  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3032  CDS  NC_013161  3066169  3069183  3015  putative signal transduction protein with Nacht domain  YP_003138713  decreased coverage  0.00461923  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3103  CDS  NC_013161  3173800  3175104  1305  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003138781  decreased coverage  0.00979206  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3161  CDS  NC_013161  3227835  3230096  2262  FG-GAP repeat protein  YP_003138835  decreased coverage  0.000585686  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3197  CDS  NC_013161  3270426  3271550  1125  aldo/keto reductase  YP_003138870  decreased coverage  3.51042e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3198  CDS  NC_013161  3271603  3272034  432  hypothetical protein  YP_003138871  decreased coverage  7.6227e-06  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3261  CDS  NC_013161  3336791  3336982  192  hypothetical protein  YP_003138934  decreased coverage  0.000152013  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3262  CDS  NC_013161  3336966  3337238  273  protein of unknown function DUF497  YP_003138935  decreased coverage  0.000202958  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3263  CDS  NC_013161  3337372  3337560  189  hypothetical protein  YP_003138936  decreased coverage  0.000197967  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3264  CDS  NC_013161  3337698  3340136  2439  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_003138937  decreased coverage  0.00381617  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3284  CDS  NC_013161  3354400  3354969  570  protein of unknown function DUF820  YP_003138954  decreased coverage  0.000638939  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3285  CDS  NC_013161  3355020  3356504  1485  peptidase M50  YP_003138955  decreased coverage  0.00379295  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3496  CDS  NC_013161  3565900  3567111  1212  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  YP_003139155  decreased coverage  0.00139853  normal  0.352296  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3566  CDS  NC_013161  3633990  3634577  588  hypothetical protein  YP_003139220  decreased coverage  0.000539162  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3567  CDS  NC_013161  3634986  3635972  987  RNA polymerase sigma factor  YP_003139221  decreased coverage  3.19642e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3640    NC_013161  3712296  3712412  117      decreased coverage  0.00283033  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3651  CDS  NC_013161  3725864  3726523  660  protein of unknown function DUF820  YP_003139299  decreased coverage  0.000176001  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3654  CDS  NC_013161  3727728  3729710  1983  serine/threonine protein kinase  YP_003139302  decreased coverage  0.00230151  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3778  CDS  NC_013161  3888591  3889166  576  hypothetical protein  YP_003139420  decreased coverage  9.55715e-06  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3918  CDS  NC_013161  4033453  4034631  1179  succinyldiaminopimelate transaminase  YP_003139557  decreased coverage  6.86397e-05  normal  0.381945  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3919  CDS  NC_013161  4034621  4035055  435  protein of unknown function UPF0102  YP_003139558  decreased coverage  1.43067e-05  normal  0.216721  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3920  CDS  NC_013161  4035165  4035383  219  transcriptional regulator, XRE family  YP_003139559  decreased coverage  8.06628e-06  normal  0.211868  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3957    NC_013161  4074205  4074300  96      hitchhiker  0.000889581  decreased coverage  0.00023022  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3959  CDS  NC_013161  4076387  4076995  609  hypothetical protein  YP_003139597  decreased coverage  2.22103e-05  hitchhiker  0.00082788  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3973  CDS  NC_013161  4089302  4089799  498  Peroxiredoxin  YP_003139611  normal  decreased coverage  0.000360978  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3974  CDS  NC_013161  4089855  4090331  477  hypothetical protein  YP_003139612  normal  decreased coverage  0.000376984  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3975  CDS  NC_013161  4090365  4090505  141  hypothetical protein  YP_003139613  normal  decreased coverage  0.000326307  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3976  CDS  NC_013161  4090551  4091138  588  protein of unknown function DUF820  YP_003139614  normal  decreased coverage  0.000363639  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3977  CDS  NC_013161  4091177  4091806  630  NmrA family protein  YP_003139615  normal  decreased coverage  0.000385201  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3978  CDS  NC_013161  4092053  4092763  711  hypothetical protein  YP_003139616  normal  0.68136  decreased coverage  0.000385201  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_3980  CDS  NC_013161  4094525  4095523  999  phosphoribulokinase  YP_003139618  unclonable  2.34967e-06  decreased coverage  0.00010781  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_4064  CDS  NC_013161  4188104  4188460  357  protein of unknown function DUF1622  YP_003139696  decreased coverage  0.00544086  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan8802_4067  CDS  NC_013161  4190452  4190979  528  hypothetical protein  YP_003139699  decreased coverage  0.00646217  normal  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>