54 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mmar10_0002  CDS  NC_008347  1671  2789  1119  DNA polymerase III subunit beta  YP_755236  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0126  CDS  NC_008347  128196  129959  1764  hypothetical protein  YP_755360  decreased coverage  1.4479e-08  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0246  CDS  NC_008347  262475  265321  2847  TonB-dependent receptor  YP_755477  decreased coverage  3.04419e-05  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0253  CDS  NC_008347  288889  291924  3036  TonB-dependent receptor  YP_755484  decreased coverage  0.0016718  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0282  CDS  NC_008347  334060  335220  1161  peptidase M19, renal dipeptidase  YP_755513  decreased coverage  0.00197146  normal  0.781669  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0315  CDS  NC_008347  375931  378243  2313  TonB-dependent receptor  YP_755546  decreased coverage  1.63095e-06  decreased coverage  0.00695956  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0474  CDS  NC_008347  553907  555985  2079  endothelin-converting protein 1  YP_755705  decreased coverage  0.00398267  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0569  CDS  NC_008347  662244  664115  1872  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_755800  hitchhiker  0.000923464  decreased coverage  1.72451e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0571  CDS  NC_008347  665665  666264  600  hypothetical protein  YP_755802  hitchhiker  0.000101953  decreased coverage  6.00909e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0699  CDS  NC_008347  802355  802648  294  plasmid stabilization system protein  YP_755930  decreased coverage  0.00627414  normal  0.782254  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0771  CDS  NC_008347  867884  868459  576  hypothetical protein  YP_756002  decreased coverage  0.00354124  normal  0.299408  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0780  CDS  NC_008347  877205  879529  2325  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_756011  decreased coverage  0.00413354  normal  0.0431838  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0784  CDS  NC_008347  881611  882261  651  hypothetical protein  YP_756015  decreased coverage  0.00316141  normal  0.0973071  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0805  CDS  NC_008347  901560  901823  264  hypothetical protein  YP_756036  decreased coverage  0.00293347  hitchhiker  0.00716136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0806  CDS  NC_008347  901820  902248  429  hypothetical protein  YP_756037  decreased coverage  0.0040933  hitchhiker  0.00739543  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0814  CDS  NC_008347  908611  909948  1338  dihydroorotase  YP_756045  normal  decreased coverage  0.000170879  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0828  CDS  NC_008347  919465  920256  792  hypothetical protein  YP_756059  normal  decreased coverage  0.000126561  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0829  CDS  NC_008347  920362  921432  1071  endonuclease/exonuclease/phosphatase  YP_756060  normal  decreased coverage  0.000154611  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0900  CDS  NC_008347  992876  995239  2364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_756131  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0903  CDS  NC_008347  998952  999383  432  response regulator receiver protein  YP_756134  normal  0.24539  decreased coverage  0.00652104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0904  CDS  NC_008347  999423  1001006  1584  ABC transporter related  YP_756135  normal  0.467195  decreased coverage  0.00659199  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_0905  CDS  NC_008347  1001314  1002222  909  hypothetical protein  YP_756136  normal  0.59357  decreased coverage  0.00453176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1253  CDS  NC_008347  1365108  1366415  1308  major facilitator transporter  YP_756483  normal  0.717143  decreased coverage  2.11446e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1313  CDS  NC_008347  1433570  1435045  1476  cysteine desulfurase activator complex subunit SufB  YP_756543  decreased coverage  0.00972882  normal  0.48939  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1314  CDS  NC_008347  1435045  1435647  603  hypothetical protein  YP_756544  decreased coverage  3.74502e-05  normal  0.376316  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1351  CDS  NC_008347  1480487  1481845  1359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_756581  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1352  CDS  NC_008347  1481849  1483408  1560  AbgT putative transporter  YP_756582  decreased coverage  1.27247e-05  normal  0.0238452  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1427  CDS  NC_008347  1562514  1564184  1671  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_756657  hitchhiker  0.00356403  decreased coverage  2.68145e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1428  CDS  NC_008347  1564411  1565211  801  hypothetical protein  YP_756658  decreased coverage  4.77641e-10  decreased coverage  1.10484e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1429  CDS  NC_008347  1565270  1566589  1320  hypothetical protein  YP_756659  decreased coverage  3.96123e-07  hitchhiker  6.53415e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1434  CDS  NC_008347  1572382  1573425  1044  hypothetical protein  YP_756664  normal  0.0892001  decreased coverage  2.84057e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1437  CDS  NC_008347  1575906  1576406  501  cyclase/dehydrase  YP_756667  decreased coverage  0.00296077  hitchhiker  5.17245e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1465  CDS  NC_008347  1606186  1607316  1131  peptidase M14, carboxypeptidase A  YP_756695  decreased coverage  0.000868597  normal  0.0173526  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1466  CDS  NC_008347  1607321  1607773  453  hypothetical protein  YP_756696  decreased coverage  0.000321151  normal  0.0289656  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1467  CDS  NC_008347  1607888  1609741  1854  peptidyl-dipeptidase A  YP_756697  decreased coverage  0.000834106  normal  0.0509695  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1524  CDS  NC_008347  1676014  1677069  1056  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_756754  decreased coverage  0.000918163  normal  0.958533  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1525  CDS  NC_008347  1677169  1677705  537  ubiquinol-cytochrome C chaperone  YP_756755  decreased coverage  0.000222638  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1535  CDS  NC_008347  1686547  1687122  576  deaminase-reductase domain-containing protein  YP_756765  decreased coverage  0.00100509  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1536  CDS  NC_008347  1687119  1687604  486  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like protein  YP_756766  decreased coverage  9.92096e-05  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1556  CDS  NC_008347  1704938  1705423  486  activator of Hsp90 ATPase 1 family protein  YP_756786  decreased coverage  0.00676118  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1591  CDS  NC_008347  1738778  1738981  204  hypothetical protein  YP_756821  decreased coverage  4.31403e-08  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1693  CDS  NC_008347  1860731  1861996  1266  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_756923  hitchhiker  2.07824e-06  decreased coverage  0.00534917  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1694  CDS  NC_008347  1862446  1862784  339  calcium-binding EF-hand-containing protein  YP_756924  decreased coverage  6.32475e-11  hitchhiker  0.00585831  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1695  CDS  NC_008347  1862857  1865181  2325  hypothetical protein  YP_756925  decreased coverage  3.31566e-07  decreased coverage  0.00820369  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1696  CDS  NC_008347  1865350  1865622  273  Sel1 domain-containing protein  YP_756926  hitchhiker  0.000227045  decreased coverage  0.00292714  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1865  CDS  NC_008347  2037154  2037681  528  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_757095  decreased coverage  0.00546663  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1866  CDS  NC_008347  2037684  2038826  1143  queuine tRNA-ribosyltransferase  YP_757096  decreased coverage  0.000457262  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_1906  CDS  NC_008347  2087772  2089049  1278  seryl-tRNA synthetase  YP_757136  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2222  CDS  NC_008347  2424785  2425267  483  redoxin domain-containing protein  YP_757452  normal  0.641019  decreased coverage  0.00328049  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2223  CDS  NC_008347  2425366  2425953  588  hypothetical protein  YP_757453  normal  0.440526  decreased coverage  0.00358368  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2261  CDS  NC_008347  2465572  2465994  423  hypothetical protein  YP_757491  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2296  CDS  NC_008347  2500982  2501491  510  CarD family transcriptional regulator  YP_757526  decreased coverage  2.29013e-05  normal  0.715869  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2337  CDS  NC_008347  2546820  2549960  3141  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_757567  decreased coverage  0.0037806  normal  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Mmar10_2722  CDS  NC_008347  2986370  2987650  1281  tryptophan halogenase  YP_757946  normal  0.0792075  decreased coverage  0.00766625  Maricaulis maris MCS10  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>