57 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dvul_0098  CDS  NC_008751  117604  118131  528  hypothetical protein  YP_965549  decreased coverage  0.00649909  normal  0.447908  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0485  CDS  NC_008751  615167  618286  3120  hypothetical protein  YP_965935  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0552  CDS  NC_008751  694242  695165  924  hypothetical protein  YP_966002  decreased coverage  0.00285947  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0708  CDS  NC_008751  874510  875040  531  translation initiation factor IF-3  YP_966158  decreased coverage  2.338e-05  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0709  CDS  NC_008751  875210  875407  198  50S ribosomal protein L35  YP_966159  decreased coverage  1.32711e-06  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0895  CDS  NC_008751  1103696  1104160  465  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_966343  decreased coverage  0.000178384  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0896  CDS  NC_008751  1104160  1104963  804  UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase  YP_966344  decreased coverage  0.00167632  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0973  CDS  NC_008751  1196627  1198828  2202  histidine kinase  YP_966421  normal  decreased coverage  0.000797186  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0974  CDS  NC_008751  1198984  1200492  1509  amino acid permease-associated region  YP_966422  normal  decreased coverage  0.000600657  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0975  CDS  NC_008751  1200981  1201832  852  hypothetical protein  YP_966423  normal  decreased coverage  0.000600657  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0976  CDS  NC_008751  1201895  1202506  612  hypothetical protein  YP_966424  normal  decreased coverage  0.000617061  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0977  CDS  NC_008751  1202499  1203233  735  hypothetical protein  YP_966425  normal  decreased coverage  0.000649549  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0992  CDS  NC_008751  1219342  1219902  561  cupin 2 domain-containing protein  YP_966440  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1035  CDS  NC_008751  1269680  1270837  1158  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_966482  decreased coverage  0.00140437  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1144  CDS  NC_008751  1390856  1394071  3216  SNF2-related protein  YP_966591  decreased coverage  0.00377305  normal  0.635598  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1178  CDS  NC_008751  1443588  1443917  330  anti-sigma-factor antagonist  YP_966625  decreased coverage  4.18281e-05  normal  0.248441  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1186  CDS  NC_008751  1455233  1455664  432  hypothetical protein  YP_966633  hitchhiker  1.10214e-05  decreased coverage  0.000713842  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1187  CDS  NC_008751  1456065  1457321  1257  hypothetical protein  YP_966634  unclonable  2.36385e-07  decreased coverage  0.000174597  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1188  CDS  NC_008751  1457431  1458057  627  peptide methionine sulfoxide reductase  YP_966635  hitchhiker  0.000171924  decreased coverage  0.000921348  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1189  CDS  NC_008751  1458185  1459408  1224  hypothetical protein  YP_966636  hitchhiker  0.00874894  decreased coverage  0.00120085  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1190  CDS  NC_008751  1459928  1461316  1389  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_966637  normal  decreased coverage  0.00107478  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1193  CDS  NC_008751  1463198  1465123  1926  ABC transporter related  YP_966640  normal  0.280066  decreased coverage  0.00112176  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1194  CDS  NC_008751  1465660  1466982  1323  Na+/H+ antiporter NhaC  YP_966641  normal  0.453429  decreased coverage  0.00097014  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1295  CDS  NC_008751  1583405  1585720  2316  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_966741  decreased coverage  0.000170719  normal  0.104593  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1311  CDS  NC_008751  1600280  1601602  1323  peptidase M23B  YP_966756  decreased coverage  0.000378808  hitchhiker  0.00124242  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1312  CDS  NC_008751  1601683  1602111  429  signal transduction protein  YP_966757  decreased coverage  2.02163e-07  decreased coverage  0.000166712  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1313  CDS  NC_008751  1602375  1602968  594  protein-L-isoaspartate O-methyltransferase  YP_966758  decreased coverage  0.000117774  decreased coverage  0.000182851  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1314  CDS  NC_008751  1602972  1603565  594  hypothetical protein  YP_966759  hitchhiker  0.00346276  decreased coverage  0.000188073  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1344  CDS  NC_008751  1639120  1639863  744  hypothetical protein  YP_966789  decreased coverage  0.00606517  normal  0.54274  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1388  CDS  NC_008751  1689310  1690281  972  biotin synthase  YP_966833  decreased coverage  0.00378301  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1507  CDS  NC_008751  1794874  1795464  591  OstA family protein  YP_966951  normal  0.167722  decreased coverage  0.000611674  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1508  CDS  NC_008751  1795474  1796118  645  hypothetical protein  YP_966952  normal  0.164893  decreased coverage  0.000649549  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1509  CDS  NC_008751  1796115  1796642  528  3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase  YP_966953  normal  0.154844  decreased coverage  0.000600657  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1510  CDS  NC_008751  1796632  1797453  822  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  YP_966954  normal  0.0743191  decreased coverage  0.0006331  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1511  CDS  NC_008751  1797523  1799166  1644  CTP synthetase  YP_966955  normal  0.174656  decreased coverage  0.000112124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1512  CDS  NC_008751  1799423  1800232  810  phosphoribosylformylglycinamidine synthase I  YP_966956  normal  0.0681129  decreased coverage  0.000672493  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1513  CDS  NC_008751  1800285  1800758  474  hypothetical protein  YP_966957  normal  0.112294  decreased coverage  0.000600657  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1514  CDS  NC_008751  1800904  1801326  423  hypothetical protein  YP_966958  normal  0.16148  decreased coverage  0.000551588  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1515  CDS  NC_008751  1801427  1801672  246  hypothetical protein  YP_966959  normal  0.105746  decreased coverage  0.000524096  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1516  CDS  NC_008751  1801674  1803209  1536  phosphoglyceromutase  YP_966960  normal  0.0683605  decreased coverage  0.000804177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1549  CDS  NC_008751  1839178  1840248  1071  sigma-70 region 2 domain-containing protein  YP_966993  decreased coverage  3.54786e-06  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1654  CDS  NC_008751  1962572  1963606  1035  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_967098  decreased coverage  1.22259e-06  normal  0.141809  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1705  CDS  NC_008751  2014725  2015600  876  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_967149  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1768  CDS  NC_008751  2065061  2067136  2076  elongation factor G  YP_967212  decreased coverage  0.000685465  normal  0.842753  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1890  CDS  NC_008751  2201606  2202880  1275  major facilitator superfamily transporter  YP_967334  decreased coverage  0.00250834  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1992  CDS  NC_008751  2324812  2325687  876  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  YP_967435  decreased coverage  7.76799e-07  normal  0.337398  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1993  CDS  NC_008751  2326005  2326940  936  hypothetical protein  YP_967436  decreased coverage  7.06568e-07  normal  0.324635  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2084  CDS  NC_008751  2423329  2423952  624  guanylate kinase  YP_967527  normal  0.338387  decreased coverage  0.00871463  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2085  CDS  NC_008751  2423952  2424212  261  hypothetical protein  YP_967528  normal  0.922965  decreased coverage  0.00778946  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2123  CDS  NC_008751  2465698  2466978  1281  hypothetical protein  YP_967566  decreased coverage  0.00645364  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2124  CDS  NC_008751  2466993  2467328  336  hypothetical protein  YP_967567  decreased coverage  0.00131981  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2349  CDS  NC_008751  2740846  2741145  300  hypothetical protein  YP_967792  decreased coverage  0.000193848  normal  0.0119208  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2350  CDS  NC_008751  2741275  2741736  462  hypothetical protein  YP_967793  decreased coverage  0.000367866  normal  0.0123481  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2522  CDS  NC_008751  2949201  2949866  666  TrkA domain-containing protein  YP_967965  decreased coverage  0.000136868  normal  0.0316786  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_3066  CDS  NC_008741  150894  151745  852  polysaccharide deacetylase  YP_961265  decreased coverage  0.00688884  n/a    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_3067  CDS  NC_008741  151798  153120  1323  putative lipoprotein  YP_961266  decreased coverage  0.00656744  n/a    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_3078  CDS  NC_008741  169754  170455  702  hypothetical protein  YP_961277  decreased coverage  0.00778281  n/a    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>