88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Veis_0070  CDS  NC_008786  85661  86503  843  squalene/phytoene synthase  YP_994881  decreased coverage  0.00181146  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0255  CDS  NC_008786  278765  280093  1329  hypothetical protein  YP_995064  decreased coverage  0.00498316  normal  0.579724  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0318  CDS  NC_008786  362532  363395  864  regulatory proteins, IclR  YP_995126  decreased coverage  5.83044e-05  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0514  CDS  NC_008786  581184  582095  912  pyruvate carboxyltransferase  YP_995316  decreased coverage  0.00792422  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0666  CDS  NC_008786  744941  745636  696  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_995467  normal  0.948597  decreased coverage  0.000102721  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0667  CDS  NC_008786  745773  747197  1425  amino acid permease-associated region  YP_995468  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0668    NC_008786  747318  748346  1029      normal  decreased coverage  8.61804e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0669  CDS  NC_008786  748373  749149  777  DeoR family transcriptional regulator  YP_995469  normal  decreased coverage  8.86161e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0670  CDS  NC_008786  749664  750140  477  hypothetical protein  YP_995470  normal  0.217425  decreased coverage  8.00314e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0671  CDS  NC_008786  750109  750351  243  hypothetical protein  YP_995471  normal  0.24751  decreased coverage  7.78301e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0672  CDS  NC_008786  750498  751871  1374  HipA domain-containing protein  YP_995472  normal  0.0157438  decreased coverage  0.000108623  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0674  CDS  NC_008786  753562  754368  807  ABC-2 type transporter  YP_995474  hitchhiker  0.000817714  decreased coverage  0.000103692  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0675  CDS  NC_008786  754641  755765  1125  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_995475  hitchhiker  2.84999e-05  decreased coverage  0.000114839  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0676  CDS  NC_008786  755779  757560  1782  hypothetical protein  YP_995476  unclonable  3.31835e-07  decreased coverage  0.00015571  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0677  CDS  NC_008786  757788  758351  564  hypothetical protein  YP_995477  hitchhiker  7.94579e-06  decreased coverage  0.000114839  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0678  CDS  NC_008786  758380  760542  2163  general secretion pathway protein D  YP_995478  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0679  CDS  NC_008786  760682  761398  717  hypothetical protein  YP_995479  hitchhiker  0.000567702  decreased coverage  0.000108623  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0680  CDS  NC_008786  761395  761952  558  general secretion pathway protein M  YP_995480  hitchhiker  0.000310274  decreased coverage  0.000103692  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0879  CDS  NC_008786  979655  980470  816  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_995676  decreased coverage  0.000193962  normal  0.966578  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0880  CDS  NC_008786  980470  981639  1170  Formyl-CoA transferase  YP_995677  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0882  CDS  NC_008786  982033  983178  1146  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_995679  decreased coverage  0.000390729  normal  0.405813  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0970  CDS  NC_008786  1083952  1084974  1023  extracellular solute-binding protein  YP_995766  decreased coverage  2.73849e-06  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0971  CDS  NC_008786  1085342  1085617  276  hypothetical protein  YP_995767  decreased coverage  2.21887e-06  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_0972  CDS  NC_008786  1086031  1087002  972  hypothetical protein  YP_995768  decreased coverage  1.40362e-05  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1182  CDS  NC_008786  1310843  1312858  2016  hypothetical protein  YP_995972  decreased coverage  0.0023926  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1266  CDS  NC_008786  1407265  1407579  315  50S ribosomal protein L23  YP_996052  decreased coverage  3.10284e-08  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1318  CDS  NC_008786  1463694  1464434  741  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  YP_996103  decreased coverage  5.87821e-05  hitchhiker  0.0091617  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1319  CDS  NC_008786  1464502  1465467  966  import inner membrane translocase, subunit Tim44  YP_996104  decreased coverage  2.59831e-05  hitchhiker  0.00890559  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1337  CDS  NC_008786  1482937  1483548  612  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_996122  normal  0.168271  decreased coverage  0.000121431  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1338  CDS  NC_008786  1483590  1484534  945  ornithine cyclodeaminase  YP_996123  normal  0.175069  decreased coverage  0.000124855  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1458  CDS  NC_008786  1630077  1631429  1353  CRISPR-associated Csy1 family protein  YP_996236  decreased coverage  5.89655e-05  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_1459  CDS  NC_008786  1631532  1635035  3504  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein  YP_996237  decreased coverage  0.00343785  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2072  CDS  NC_008786  2355361  2356152  792  hypothetical protein  YP_996840  normal  decreased coverage  0.00109635  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2073  CDS  NC_008786  2356462  2357865  1404  major facilitator superfamily transporter  YP_996841  normal  decreased coverage  0.0013865  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2074  CDS  NC_008786  2357966  2358739  774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_996842  normal  decreased coverage  0.00108701  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2075  CDS  NC_008786  2358755  2359408  654  HAD family hydrolase  YP_996843  normal  decreased coverage  0.00099021  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2076  CDS  NC_008786  2359405  2360907  1503  carbohydrate kinase, FGGY  YP_996844  normal  decreased coverage  0.00125408  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2077  CDS  NC_008786  2360923  2361924  1002  inner-membrane translocator  YP_996845  normal  decreased coverage  0.00110578  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2316    NC_008786  2618591  2619651  1061      decreased coverage  0.000290431  normal  0.432172  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2441  CDS  NC_008786  2775688  2777481  1794  ABC transporter related  YP_997205  decreased coverage  0.00999176  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2508  CDS  NC_008786  2840131  2841018  888  LysR family transcriptional regulator  YP_997271  decreased coverage  0.000736174  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2509  CDS  NC_008786  2841069  2841215  147  hypothetical protein  YP_997272  decreased coverage  0.000105194  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2553  CDS  NC_008786  2884132  2885250  1119  extracellular solute-binding protein  YP_997316  decreased coverage  4.3545e-07  normal  0.0689271  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2565  CDS  NC_008786  2896287  2899208  2922  ankyrin  YP_997328  decreased coverage  0.00388007  normal  0.0998723  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2567  CDS  NC_008786  2899922  2901580  1659  chaperonin GroEL  YP_997330  decreased coverage  0.000164094  normal  0.0779546  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2575  CDS  NC_008786  2909232  2910674  1443  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  YP_997338  normal  decreased coverage  0.00303774  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2576  CDS  NC_008786  2910668  2912920  2253  type I secretion system ATPase  YP_997339  normal  decreased coverage  0.00352017  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2585  CDS  NC_008786  2923962  2925875  1914  ABC transporter related  YP_997348  normal  0.695823  decreased coverage  0.00374434  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2586  CDS  NC_008786  2925903  2926154  252  hypothetical protein  YP_997349  normal  decreased coverage  0.00246421  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2587  CDS  NC_008786  2926348  2929017  2670  outer membrane protein  YP_997350  normal  decreased coverage  0.00407649  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2767  CDS  NC_008786  3118250  3119515  1266  phage integrase family protein  YP_997525  normal  decreased coverage  0.00105965  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2768  CDS  NC_008786  3119613  3120785  1173  hypothetical protein  YP_997526  normal  decreased coverage  0.00105965  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2769  CDS  NC_008786  3120782  3121108  327  hypothetical protein  YP_997527  normal  0.487675  decreased coverage  0.000879118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2770  CDS  NC_008786  3121118  3121453  336  hypothetical protein  YP_997528  normal  decreased coverage  0.000909852  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2844  CDS  NC_008786  3195429  3196442  1014  hypothetical protein  YP_997599  decreased coverage  1.26793e-05  normal  0.912153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2845  CDS  NC_008786  3196439  3196993  555  hypothetical protein  YP_997600  decreased coverage  8.43291e-05  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2889  CDS  NC_008786  3232963  3233781  819  fatty acid hydroxylase  YP_997643  decreased coverage  0.00520579  normal  0.0784368  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2951  CDS  NC_008786  3300006  3300848  843  hypothetical protein  YP_997704  decreased coverage  0.000312913  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_2952  CDS  NC_008786  3300845  3301780  936  hypothetical protein  YP_997705  decreased coverage  0.000115352  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3074  CDS  NC_008786  3423262  3423672  411  biopolymer transport protein ExbD/TolR  YP_997825  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3075  CDS  NC_008786  3423676  3424395  720  MotA/TolQ/ExbB proton channel  YP_997826  decreased coverage  0.00179933  normal  0.181057  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3076  CDS  NC_008786  3424420  3425124  705  TonB family protein  YP_997827  decreased coverage  0.00417889  normal  0.18008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3124  CDS  NC_008786  3472706  3474394  1689  30S ribosomal protein S1  YP_997873  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3125  CDS  NC_008786  3474454  3474792  339  histone family protein DNA-binding protein  YP_997874  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3126  CDS  NC_008786  3475023  3475340  318  hypothetical protein  YP_997875  normal  0.095308  decreased coverage  0.00800037  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3127  CDS  NC_008786  3475491  3475829  339  hypothetical protein  YP_997876  normal  0.338224  decreased coverage  0.00835036  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3128  CDS  NC_008786  3475841  3477397  1557  N-6 DNA methylase  YP_997877  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3349  CDS  NC_008786  3727044  3727382  339  hypothetical protein  YP_998093  decreased coverage  0.000920139  normal  0.437854  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3350  CDS  NC_008786  3727379  3727690  312  putative transcriptional regulator  YP_998094  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3371  CDS  NC_008786  3743543  3745069  1527  amidophosphoribosyltransferase  YP_998112  decreased coverage  0.00440111  normal  0.186489  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3392  CDS  NC_008786  3761894  3762856  963  periplasmic solute binding protein  YP_998131  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3574  CDS  NC_008786  3952063  3952929  867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_998310  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3886  CDS  NC_008786  4279024  4280088  1065  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_998611  normal  0.062552  decreased coverage  0.00498431  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3887  CDS  NC_008786  4280284  4281018  735  peptidase C39, bacteriocin processing  YP_998612  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3890  CDS  NC_008786  4282799  4283221  423  hypothetical protein  YP_998615  hitchhiker  1.98458e-05  decreased coverage  0.00417199  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_3891  CDS  NC_008786  4283178  4283861  684  hypothetical protein  YP_998616  decreased coverage  1.3182e-07  decreased coverage  0.00420458  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4011  CDS  NC_008786  4400142  4401170  1029  inner-membrane translocator  YP_998734  decreased coverage  0.00177528  normal  0.0855218  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4012  CDS  NC_008786  4401167  4402027  861  inner-membrane translocator  YP_998735  decreased coverage  0.00312938  normal  0.0849999  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4013  CDS  NC_008786  4402068  4403243  1176  extracellular ligand-binding receptor  YP_998736  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4343  CDS  NC_008786  4785745  4786062  318  hypothetical protein  YP_999064  decreased coverage  0.00915448  normal  0.970201  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4344  CDS  NC_008786  4786204  4788744  2541  hypothetical protein  YP_999065  decreased coverage  0.000873034  normal  0.549716  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4436  CDS  NC_008786  4898986  4900044  1059  LysR family transcriptional regulator  YP_999157  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4461    NC_008786  4929617  4930123  507      decreased coverage  0.0024854  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4575  CDS  NC_008786  5066261  5067502  1242  cell division protein FtsZ  YP_999291  decreased coverage  0.00213965  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4792  CDS  NC_008786  5292723  5293187  465  6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase  YP_999502  decreased coverage  0.00226063  normal  0.0320166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_4964  CDS  NC_008786  5493245  5494960  1716  extracellular solute-binding protein  YP_999669  decreased coverage  0.000193242  normal  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_5023  CDS  NC_008771  9425  10141  717  VirB8 family protein  YP_980120  decreased coverage  0.00032583  n/a    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Veis_5024  CDS  NC_008771  10145  11128  984  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_980121  decreased coverage  0.001184  n/a    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>