42 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pisl_0101  CDS  NC_008701  94853  96934  2082  phosphoribosylformylglycinamidine synthase II  YP_929627  decreased coverage  0.00123844  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0123  CDS  NC_008701  115158  115823  666  hypothetical protein  YP_929649  decreased coverage  0.00966496  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0226  CDS  NC_008701  212051  213871  1821  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  YP_929750  decreased coverage  0.00295512  normal  0.636245  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0253  CDS  NC_008701  249720  250142  423  signal-transduction protein  YP_929776  decreased coverage  0.00276555  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0256  CDS  NC_008701  251104  251655  552  carbonic anhydrase  YP_929779  decreased coverage  0.00337984  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0257  CDS  NC_008701  251779  252333  555  hypothetical protein  YP_929780  decreased coverage  0.00139853  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0279  CDS  NC_008701  279621  280589  969  argininosuccinate synthase  YP_929801  decreased coverage  0.00305758  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0597  CDS  NC_008701  546184  547485  1302  GTP-binding signal recognition particle  YP_930118  decreased coverage  0.000223356  hitchhiker  3.71893e-06  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0598  CDS  NC_008701  547500  547952  453  hypothetical protein  YP_930119  decreased coverage  0.00015884  hitchhiker  1.11516e-05  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0599  CDS  NC_008701  547973  549214  1242  putative pseudouridylate synthase  YP_930120  decreased coverage  0.00101881  hitchhiker  1.93518e-05  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0612  CDS  NC_008701  561907  562836  930  malate dehydrogenase  YP_930133  normal  decreased coverage  1.09591e-09  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0613  CDS  NC_008701  562867  563238  372  hypothetical protein  YP_930134  normal  decreased coverage  6.43106e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0614  CDS  NC_008701  563288  564022  735  glutaredoxin-like domain-containing protein  YP_930135  normal  decreased coverage  8.80654e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0615  CDS  NC_008701  564022  564579  558  RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase  YP_930136  normal  decreased coverage  6.2895e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0616  CDS  NC_008701  564605  565447  843  CBS domain-containing protein  YP_930137  normal  decreased coverage  8.48956e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0617  CDS  NC_008701  565415  565960  546  hypothetical protein  YP_930138  normal  decreased coverage  5.47661e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0701  CDS  NC_008701  634708  635847  1140  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  YP_930222  decreased coverage  0.000485708  normal  0.0226668  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0703  CDS  NC_008701  638539  641922  3384  DNA-directed RNA polymerase subunit B  YP_930224  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0796  CDS  NC_008701  718431  718967  537  hypothetical protein  YP_930315  normal  decreased coverage  4.95407e-06  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1024  CDS  NC_008701  923999  925210  1212  FAD dependent oxidoreductase  YP_930541  decreased coverage  3.24501e-05  unclonable  1.04901e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1025  CDS  NC_008701  925207  925374  168  hypothetical protein  YP_930542  decreased coverage  1.52486e-06  unclonable  2.33838e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1026  CDS  NC_008701  925430  926578  1149  succinyl-CoA synthetase subunit beta  YP_930543  decreased coverage  2.27763e-05  unclonable  8.1657e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1151  CDS  NC_008701  1040055  1042175  2121  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_930665  normal  decreased coverage  2.46627e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1365  CDS  NC_008701  1240337  1240606  270  hypothetical protein  YP_930870  decreased coverage  1.59924e-07  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1366  CDS  NC_008701  1240941  1241408  468  oxidoreductase, molybdopterin binding  YP_930871  decreased coverage  3.22712e-07  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1439  CDS  NC_008701  1309276  1309680  405  translation initiation factor IF-2 subunit beta  YP_930939  normal  0.121861  decreased coverage  0.00662959  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1440  CDS  NC_008701  1309680  1310504  825  hypothetical protein  YP_930940  normal  0.0416786  decreased coverage  0.00780704  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1488  CDS  NC_008701  1354975  1355538  564  hypothetical protein  YP_930987  decreased coverage  0.00714419  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1520  CDS  NC_008701  1386464  1387168  705  ABC transporter related  YP_931018  decreased coverage  1.16911e-06  normal  0.55124  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1521  CDS  NC_008701  1387159  1387887  729  ABC transporter related  YP_931019  decreased coverage  1.2745e-06  normal  0.429613  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1661  CDS  NC_008701  1509112  1510164  1053  hypothetical protein  YP_931156  normal  0.311984  decreased coverage  0.00222329  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1822  CDS  NC_008701  1655711  1657579  1869  molybdopterin oxidoreductase  YP_931313  decreased coverage  0.00253094  hitchhiker  1.2263e-09  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1823  CDS  NC_008701  1657601  1658305  705  TatD-related deoxyribonuclease  YP_931314  decreased coverage  0.00210636  hitchhiker  3.67552e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1824  CDS  NC_008701  1658293  1659132  840  bis(5'nucleosyl)-tetraphosphatase, ApaH  YP_931315  decreased coverage  0.000920246  hitchhiker  1.32724e-12  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1825  CDS  NC_008701  1659178  1659708  531  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_931316  normal  0.0453985  decreased coverage  3.12471e-14  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1952  CDS  NC_008701  1766635  1767198  564  hypothetical protein  YP_931442  decreased coverage  5.33143e-07  decreased coverage  3.2409e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1953  CDS  NC_008701  1767322  1768473  1152  peptidase M16 domain-containing protein  YP_931443  hitchhiker  2.84183e-05  decreased coverage  7.56789e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1961  CDS  NC_008701  1777287  1777865  579  hypothetical protein  YP_931451  decreased coverage  6.57017e-07  hitchhiker  3.06549e-13  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1967  CDS  NC_008701  1783932  1785542  1611  alpha amylase, catalytic region  YP_931457  decreased coverage  7.20647e-06  hitchhiker  1.27887e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1968  CDS  NC_008701  1785579  1785908  330  GTP cyclohydrolase I  YP_931458  decreased coverage  1.45372e-07  hitchhiker  1.37829e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1994  CDS  NC_008701  1809043  1812549  3507  molybdopterin oxidoreductase  YP_931484  decreased coverage  0.00248434  normal  0.623022  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_2013  CDS  NC_008701  1824063  1824833  771  ABC-2 type transporter  YP_931503  decreased coverage  1.19274e-05  normal  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>